Ein merkwürdiger Mann hat Gerüchte über das Sternentor gehört und bittet im Stargate-Center telefonisch um nähere Auskünfte. Jack O'Neill trifft sich mit Martin Lloyd. Dieser behauptet ein Außerirdischer zu sein und vergessen zu haben, wo sich sein Raumschiff befindet. Jack hält Lloyd für einen harmlosen verrückten, bis etwas unvorhergesehenes passiert.
Im Stargate-Center wurde aus zwei defekten Goa'uld-Gleitern ein neues Schiff entwickelt. Beim Jungfernflug werden die beiden Piloten Jack O'Neill und Teal'c aus dem Schiff ins All geschleudert. Verzweifelt versuchen Sam und Daniel ihre Kollegen zu finden, doch sie können nicht einmal den Kurs des Raumschiffs nachvollziehen. Die beiden bitten die Tok'ra um Hilfe, doch selbst das höher entwickelte Volk kann nicht sofort eingreifen.
Lt. Scott, Eli, Chloe und Greer sind in den Ruinen des unterirdischen Labyrinths gefangen. Die Destiny entfernt sich von ihnen mit Lichtgeschwindigkeit. Wie können sie gerettet werden?
Die X-Akten sind geschlossen. Mulder und Scully wurden in andere Abteilungen versetzt. Von Senator Matheson bekommt Mulder den Tipp, dass ein Radioteleskop in Puerto Rico eigenartige Signale empfängt. Mulder reist auf eigene Faust dorthin, um der Sache nachzugehen.
In der Kanalisation von Newark wird die halb verweste Leiche eines Mannes gefunden. Der Fall wird Mulder übergeben. Scully stößt bei der Obduktion der Leiche auf einen wurmähnlichen Parasiten. Wenig später entdeckt man in der städtischen Kläranlage ein menschengroßes wurmähnliches Geschöpf.
In der Kleinstadt Fletcher in Pennsylvania drehen unbescholtene Bürger plötzlich durch und begehen Morde. Der einzige Zusammenhang zwischen den Morden sieht Mulder darin, dass in allen Fällen elektronische Geräte mit digitalen Displays zerstört wurden. Wurden den Tätern auf diese Weise unterschwellige Botschaften vermittelt, die sie zum Töten aufforderten?
Von Mr. X wird Mulder auf den mysteriösen Tod des Wissenschaftlers Dr. Grissom aufmerksam gemacht. Für den Fall erhält er einen neuen Partner: Alex Krycek. Gemeinsam kommen sie einem geheimen medizinischen Projekt der Army auf die Spur. Dabei wurde einigen Soldaten durch einen chirurgischen Eingriff das Schlafbedürfnis genommen.
Mulder muss mit einem Geiselnehmer verhandeln. Dieser behauptet, wiederholt von Außerirdischen entführt worden zu sein und von ihnen kontrolliert zu werden. Im Gegensatz zu allen anderen geht Mulder auf die Behauptungen des Psychopathen ein.
Der ehemalige FBI-Agent Duane Barry bringt Scully in seine Gewalt. Er behauptet, immer wieder von Außerirdischen entführt zu werden. Offenbar will er sich von den Aliens freikaufen, indem er Scully opfert. Mulder nimmt die Verfolgung auf.
Mulder untersucht eine Mordserie, in der die Zahl Drei eine geheimnisvolle Rolle zu spielen scheint: alle drei Monate passieren drei Morde. Bald stößt er auf John, der sich selbst als "Sohn" bezeichnet und als Teil einer unheiligen Dreieinigkeit.
Scullys Mutter und auch Mulder haben beinahe jede Hoffnung aufgegeben, die verschwundene Scully jemals lebend wiederzusehen. Da erfahren sie, dass sie auf der Intensivstation eines Krankenhauses im Koma liegt. Niemand weiß, wer sie dort eingeliefert hat. Zudem liefert die Untersuchung ihres Blutes merkwürdige Ergebnisse.
Ein Forscherteam, das einen entlegenen Vulkankrater untersucht, setzt einen rätselhaften Hilferuf ab. Teammitglied Dr. Pierce macht sich mit Mulder und Scully auf den Weg, um der Sache nachzugehen. Die Forscher verhalten sich jedoch recht merkwürdig.
Eine Sekte steht im Verdacht, Jugendliche zu entführen. Mulder und Scully haben Zweifel und nehmen eigene Ermittlungen auf. Bei einem Arzt finden sie einen rätselhaften Impfstoff. Mulder vermutet, dass die Entführten als Versuchskaninchen missbraucht wurden.
In einem Pflegeheim geschehen seltsame Dinge. Eine Schwester behauptet, von einem Unsichtbaren vergewaltigt worden zu sein. Die Patienten, die an Alzheimer leiden, sind ungewöhnlich agil. Mulder und Scully wollen der Sache auf den Grund gehen.
Eine rätselhafte Mordserie beschäftigt Mulder und Scully. Vor genau 50 Jahren hielt bereits einmal eine ähnliche Serie das FBI in Atem. Der Verdacht fällt auf den mutmaßlichen Mörder von damals. Doch der gebrechliche Greis ist körperlich nicht mehr zu solchen Taten fähig.
Mulder und Scully werden vom FBI nach Minneapolis beordert. Bei einem Fall von Leichenschändung soll es sich um das Werk von Aliens handeln. Mulder vermutet allerdings einen gefährlichen Fetischisten am Werk, dessen Trieb wahrscheinlich eskalieren wird. Dann wird er sich nicht mehr mit Leichen begnügen, sondern beginnen, selbst zu morden. Eine fieberhafte Suche nach dem Täter beginnt.
In einem Wald bei Milford Haven in New Hampshire wird die verstümmelte Leiche eines jungen Mannes gefunden. Mulder und Scully übernehmen den Fall. Dabei kommen sie einer mörderischen Sekte von Teufelsanbetern auf die Spur.
In einem Durchgangslager für haitianische Flüchtlinge häufen sich Fälle von Voodoo-Zauber und Leichendiebstählen. Der Leiter Wharton scheint zu brutalen Gegenmaßnahmen zu greifen, um die Machenschaften zu unterbinden. Doch Mulder und Scully finden bald heraus, dass auch Wharton des Voodoo-Zaubers mächtig ist.
Erster Teil der actiongeladenen Zukunftsvision nach dem Jugend-Bestseller von James Dashner. - Gefangen im Labyrinth: Ein Aufzug bringt den Jugendlichen Thomas (Dylan O'Brien) ohne Erinnerung auf eine Lichtung zu 60 anderen Jungs. Umgeben ist sie von einem geheimnisvollen Labyrinth voller tödlicher Gefahren. Wie und warum sind sie dort gelandet? Und wie kann ihnen die Flucht gelingen? Bald kommt es auf der Lichtung zu Spannungen. Bis mit Teresa (Kaya Scodelario) auch noch das erste Mädchen auftaucht.
Book und Tarka versuchen die Waffe fertigzustellen, mit der sie die Anomalie aus dunkler Materie vernichten wollen. Burnham wird die Barzanerin Nhan zugeteilt.
Captain Burnham und die Discovery-Crew müssen Spezies 10-C kontaktieren und dazu die Galaktische Barriere durchbrechen. Book erfährt unterdessen Tarkas wahre Beweggründe.
Es bleiben nur wenige Stunden, bis die Anomalie die Erde erreicht. Während Burnham nach einem Weg sucht, mit Spezies 10-C zu kommunizieren, infiltrieren Book und Tarka die Discovery.
Die Discovery-Crew muss den Kontakt mit Spezies 10-C herstellen, die für die Anomalie verantwortlich ist. Doch ein erster Versuch misslingt. Kann der Rosettastein weiterhelfen?
Auf der Erde und Ni'Var läuft die Evakuierung an. Während Präsidentin T'Rina telepathischen Kontakt zu Spezies 10-C aufnimmt, will Tarka die Anomalie mit Books Schiff zerstören.