Mulder muss mit einem Geiselnehmer verhandeln. Dieser behauptet, wiederholt von Außerirdischen entführt worden zu sein und von ihnen kontrolliert zu werden. Im Gegensatz zu allen anderen geht Mulder auf die Behauptungen des Psychopathen ein.
Der ehemalige FBI-Agent Duane Barry bringt Scully in seine Gewalt. Er behauptet, immer wieder von Außerirdischen entführt zu werden. Offenbar will er sich von den Aliens freikaufen, indem er Scully opfert. Mulder nimmt die Verfolgung auf.
Jesse Blue stellt den Starsheriffs eine teuflische Falle. Er schickt April & Co. zum angeblichen Aufenthaltsort ihres gefangen genommenen Vaters. Dort warten jedoch schon schwer bewaffnete Outrider.
Die Stargate-Crew vermutet auf dem Planeten Dagan ein ZPM, mit dem der Schutzschild von Atlantis wieder mit Energie aufgeladen werden könnte. Zusammen mit der Sudarianerin Allina (Jana Mitsoula) gelingt es Major Sheppard (Joe Flanigan), die für die Ortsbestimmung der Energiequelle nötigen Steinplatten zu finden. Doch dann wird die Suche jäh unterbrochen, als plötzlich der Kommandant der Genii, Kolya (Robert Davi), vor Allina und Sheppard steht.
Die Atlantis-Crew ist verzweifelt: Drei gewaltige Wraith-Basisschiffe haben direkten Kurs auf Atlantis genommen, doch ohne ein neues Z.P.M. kann das Schutzschild der Stadt nicht aktiviert werden. Also ist man den Wraith hilflos ausgeliefert. Dr. McKay (David Hewltt) schlägt vor, ein Wurmloch zur Erde aufzubauen. Das könnte zwar nur für Sekunden aufrechterhalten werden, doch die Zeit würde reichen, um Hilfe von der Erde zu erbeten.
Teyla (Rachel Luttrell) hat immer wieder schreckliche Alpträume von den Wraith. In ihrer Verzweiflung sucht sie die Psychologin Dr. Kate Heightmeyer (Claire Rankin) auf. Diese rät ihr, sich auf den Weg nach Athos zu machen und des Rätsels Lösung dort zu suchen. In ihrer Heimat wendet sich Teyla an die weise Charin (Brenda McDonald), die ihr von seltsamen Vorgängen in der Vergangenheit berichtet. Offenbar wurden zahlreiche Athosianer einst von den Wraith entführt und für Experimente missbraucht.
Die Wraith sind noch immer im Kurs auf Atlantis und nicht mehr weit entfernt. Für die Bewohner wird die Zeit knapp. Die Stadt muss dringend evakuiert werden. Gleichzeitig haben Dr. McKay (David Hewlett) und Dr. Radek Zelenka die Idee, den vor einiger Zeit entdeckten Satelliten zu mobilisieren, der einst als Waffenbasis zur Verteidigung gegen die Wraith eingesetzt wurde.
Die Lage in Atlantis wird immer heikler. Die Wraith rücken an und die Stargate-Crew ist verzweifelt. Da bekommt das Team unerwartete Hilfe. Colonel Everett (Clayton Landey) wird von der Erde in die Pegasus-Galaxie gesandt. Mit nuklearen Waffen kann er jedoch nur kurze Zeit den Angreifern Herr werden. Dann hat Major Sheppard (Joe Flanigan) eine Idee. Doch diese entpuppt sich bald schon als große Gefahr.
Daniel und Teal'C reisen nach Abydos, und treffen dort auf Daniels Frau Sha'Re, die er nicht mehr gesehen hat, seit sie von den Goa'Uld entführt wurde. Dabei erfahren sie, dass Sha'Re ungewollt schwanger von Apophis ist. Dieser will das Baby später als seine neue Hülle verwenden, was die Drei versuchen zu verhindern. Währenddessen sind Jack und Sam in Washington, um eine Ehrenmedaille entgegenzunehmen. Dort teilt ihnen ein Reporter mit, dass er geheime Informationen über das Stargate-Programm hat, die er veröffentlichen will.
Während SG-1 einen unbekannten Planeten erforscht, wird das Team plötzlich von Insekten angegriffen. Sie entkommen durch das Sternentor, doch Teal'C wird gestochen. Seine DNS gleicht sich immer mehr der von Insekten an. Bevor Teal'C genauer untersucht werden kann, flüchtet er auf die Straße. Inzwischen kehren Jack und der Rest des Teams auf den Planeten zurück, um mehr über die Insekten zu erfahren. Sie finden heraus, dass diese Tiere ihre Opfer genetisch in ihre Nachkommen verwandeln, anstatt sich im gewohnten Sinne fortzupflanzen.
Sam hat einen ungewöhnlichen Traum, in dem sie durch die Augen von Jolinar sieht, der kurz vor seinem Tod ihren Körper besetzt hatte. Dadurch hat Sam Informationen erhalten, die den Menschen bisher verborgen blieben und die SG-1 jetzt helfen, um mit den kontaktscheuen Tok'Ra Kontakt aufzunehmen. Sam begleitet das Team auf seiner Mission, obwohl ihr krebskranker Vater bereits im Sterben liegt. Sie findet heraus, dass Martouf und Jolinar sehr lange Partner waren und hofft darauf ein Bündnis zwischen Tok'Ra und Menschen schließen zu können.
Die Tok'ra wollen sich mit SG 1 nicht verbünden, da sie keine Vorteile für sich selbst darin sehen und den Menschen misstrauen. Zudem will keiner der Erdlinge dem kranken Selmak (Joy Coghill) als Hülle dienen. Zu allem Übel beginnen auch noch die Goa'uld die Tok'ra anzugreifen. Sam (Armanda Tapping) hat eine Idee: Ihr schwerkranker Vater könnte Selmaks neue Hülle werden, da der Tok'ra ihrem Vater das Leben retten würde. Als Sam und ihr Vater mit Jack zurückkehren, kann die Verbindung der beiden Lebewesen jedoch nur schwierig hergestellt werden.
Jack O'Neill (Richard Dean Anderson) und sein Team suchen auf einem unbekannten Planeten nach dem vermissten SG-11-Team. Außerdem wollen sie mit den Bewohnern über ein Metall verhandeln, das auf dem Planeten abgebaut wird. Tonane (Rodney A. Grant), einer der Einheimischen, nimmt sich SG-1 an und unterstützt sie bei ihrer Suche. Doch die Einheimischen, die 'Geister', sind mit dem Abbau ihres Metalls nicht einverstanden und lassen daher alle Menschen, die nach dem Trinium suchen, verschwinden. Auch SG-1 soll zuerst nicht verschont werden.
Als eine Gruppe, die sich als SG 1 ausgibt, einen Stein stiehlt, der auf dem Planeten Madrona das Klima kontrolliert, steht den Bewohnern des Planeten der sichere Tod bevor. Jack (Richard Dean Anderson) und sein Team machen daraufhin eine beängstigende Entdeckung: Auf der Erde existiert ein zweites intaktes Stargate, das von höchster Stelle aktiviert wurde, um einen anderen mächtigen Stein zu entwenden, mit dem man das Klima auf der Erde stark beeinflussen kann.
Auf einem Planeten findet das SG-1-Team in einer Stätte von Außerirdischen alte Inschriften, die das Team entziffern soll. O'Neill blickt durch ein Betrachtungsgerät und beginnt kurz darauf die Sprache der Außerirdischen zu sprechen. Von Minute zu Minute wird sein Wissen über die außerirdische Kultur größer. Daniel findet heraus, dass Jack nun im Besitz des Wissens der "Alten" ist, die die Sternentore einst erbaut haben. Dieses Wissen ist jedoch für den menschlichen Verstand zu komplex ist und wird O'Neill vermutlich töten.
Mit einer waghalsigen Aktion versucht SG-1 die Mitglieder von SG-10 aus einem Schwarzen Loch zu retten und bringt sich dabei selbst in höchste Lebensgefahr. Teal'C und Daniel werden bei einer Explosion schwer verletzt. Die beiden Stargate-Kommandos geraten daraufhin in eine unwirkliche Ebene, in der das Raum-Zeit-Kontinuum durcheinander ist und haben so keine Möglichkeit mit der Basis Kontakt aufzunehmen. Das Pentagon schickt O'Neills früheren Kollegen Colonel Cromwell durch das Stargate, um SG-1 zu helfen.
Daniels Seele wird durch eine Maschine mit der des früheren Goa'Uld-Feindes Machello vertauscht und er findet sich sterbend im Krankenhaus wieder. In der Gestalt von Daniel kann Machello aus der Stargate Zentrale fliehen und genießt das Leben auf der Erde. Während das SG-1-Team nach einer Lösung sucht, um den Wechsel rückgängig zu machen und Daniel zu retten, vertauschen auch Jack und Teal'C versehentlich ihre Seelen. Als sie Machello in Daniels Körper finden, teilt dieser ihnen mit, dass eine Rückkehr in die ursprünglichen Körper unmöglich ist.
Der frühere Goa'Uld Anführer Apophis, sucht in der Basis des Stargate-Teams Unterschlupf, als er von den tödlichen Strahlen der Goa'Uld verfolgt wird. Trotz seiner früheren Gewaltverbrechen gewährt SG- 1 ihm Schutz. Apophis liegt im Sterben und bietet dem Team das ganze Wissen der Goa'Uld an, sollten sie ihm einen neuen Körper besorgen. Als Jack jedoch das Angebot entschieden ablehnt, erzählt Apophis die ganze Wahrheit. Er wird von dem Todesgott Sokar verfolgt, dem Apophis einst in Ägypten besiegt hatte. Nun will Sokar sich rächen und tötet jeden, der sich zwischen ihn und Apophis stellt.
Jesse Blue stellt den Starsheriffs eine teuflische Falle. Er schickt April & Co. zum angeblichen Aufenthaltsort ihres gefangen genommenen Vaters. Dort warten jedoch schon schwer bewaffnete Outrider.
Captain Pike kommt einem Shuttle zu Hilfe und trifft dabei auf seine alte Flamme Alora vom Planeten Majalis. Dessen Bewohner führen ein paradiesisches Leben - und zahlen dafür einen hohen Preis.
Die Enterprise verfolgt Raumpiraten, die Kolonisten gekidnappt haben - und gerät in eine Falle. Piraten-Captain Angel will mit der Aktion ihren Geliebten aus vulkanischer Gefangenschaft freipressen.
Solides Prequel zum Stargate-Film: Forscherin Catherine Langford (Ellie Gall) versucht die finsteren Pläne von Nazi-Okkultisten zu vereiteln, die das Stargate zu ihren Zwecken missbrauchen wollen.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Mulder untersucht eine Mordserie, in der die Zahl Drei eine geheimnisvolle Rolle zu spielen scheint: alle drei Monate passieren drei Morde. Bald stößt er auf John, der sich selbst als "Sohn" bezeichnet und als Teil einer unheiligen Dreieinigkeit.
Scullys Mutter und auch Mulder haben beinahe jede Hoffnung aufgegeben, die verschwundene Scully jemals lebend wiederzusehen. Da erfahren sie, dass sie auf der Intensivstation eines Krankenhauses im Koma liegt. Niemand weiß, wer sie dort eingeliefert hat. Zudem liefert die Untersuchung ihres Blutes merkwürdige Ergebnisse.
Ein Forscherteam, das einen entlegenen Vulkankrater untersucht, setzt einen rätselhaften Hilferuf ab. Teammitglied Dr. Pierce macht sich mit Mulder und Scully auf den Weg, um der Sache nachzugehen. Die Forscher verhalten sich jedoch recht merkwürdig.
Eine Sekte steht im Verdacht, Jugendliche zu entführen. Mulder und Scully haben Zweifel und nehmen eigene Ermittlungen auf. Bei einem Arzt finden sie einen rätselhaften Impfstoff. Mulder vermutet, dass die Entführten als Versuchskaninchen missbraucht wurden.
In einem Pflegeheim geschehen seltsame Dinge. Eine Schwester behauptet, von einem Unsichtbaren vergewaltigt worden zu sein. Die Patienten, die an Alzheimer leiden, sind ungewöhnlich agil. Mulder und Scully wollen der Sache auf den Grund gehen.
Eine rätselhafte Mordserie beschäftigt Mulder und Scully. Vor genau 50 Jahren hielt bereits einmal eine ähnliche Serie das FBI in Atem. Der Verdacht fällt auf den mutmaßlichen Mörder von damals. Doch der gebrechliche Greis ist körperlich nicht mehr zu solchen Taten fähig.
Mulder und Scully werden vom FBI nach Minneapolis beordert. Bei einem Fall von Leichenschändung soll es sich um das Werk von Aliens handeln. Mulder vermutet allerdings einen gefährlichen Fetischisten am Werk, dessen Trieb wahrscheinlich eskalieren wird. Dann wird er sich nicht mehr mit Leichen begnügen, sondern beginnen, selbst zu morden. Eine fieberhafte Suche nach dem Täter beginnt.
In einem Wald bei Milford Haven in New Hampshire wird die verstümmelte Leiche eines jungen Mannes gefunden. Mulder und Scully übernehmen den Fall. Dabei kommen sie einer mörderischen Sekte von Teufelsanbetern auf die Spur.
In einem Durchgangslager für haitianische Flüchtlinge häufen sich Fälle von Voodoo-Zauber und Leichendiebstählen. Der Leiter Wharton scheint zu brutalen Gegenmaßnahmen zu greifen, um die Machenschaften zu unterbinden. Doch Mulder und Scully finden bald heraus, dass auch Wharton des Voodoo-Zaubers mächtig ist.