Das Auftauchen zweier identisch aussehender Frauen sorgt in Kansas City für Unruhe. Wo auch immer sich die beiden gemeinsam zeigen, kommt es zu Schlägereien und Unglücksfällen. Mulder und Scully versuchen, dem rätselhaften Fall auf den Grund zu gehen - und kommen dabei nicht ungeschoren davon.
In Missouri geraten Mulder und Scully in einen unheimlichen Fall: Ein heruntergekommener Taugenichts und Gelegenheitsarbeiter hat offenbar die Fähigkeit, seine Wünsche wahr werden zu lassen - auch wenn er sich nur dummes Zeug wünscht. Noch interessanter ist für die Agenten eine geheimnisvolle Unbekannte, die offenbar verschiedenen Menschen immer wieder die Erfüllung dreier Wünsche anbietet.
Kurz nach Scullys Rückkehr aus Afrika wird Mulder aus dem Krankenhaus entführt. Er findet sich im Auto des geheimnisvollen Rauchers wieder. Der bietet ihm an, ein völlig neues Leben zu beginnen. Scully findet unterdessen weitere unglaubliche Details über die Texte auf dem UFO heraus.
Ein ungewöhnlicher Mord ruft Fox Mulder und Dana Scully auf den Plan. Dem Opfer, einem Angestellten eines Hamburger-Restaurants, wurde das Gehirn ausgesaugt. Mulder hat bald Derwood Spinks, einen Kollegen des Getöteten in Verdacht.
Vier ehemalige FBI-Leute begehen in ganz verschiedenen Gegenden des Landes innerhalb eines halben Jahres Selbstmord. Ihre Leichen verschwinden nach der Beerdigung aus den Gräbern. Mulder stellt bald einen Zusammenhang mit der berühmten Millennium-Gruppe her. Er bittet den ehemaligen FBI-Profiler Black um Hilfe, der einst Mitglied der Gruppe war.
In einer Kleinstadt in Virginia kommen nacheinander ein Deputy und ein Lehrer durch unvorstellbare Gewalteinwirkung ums Leben Eines der Verbrechen geschah in aller Öffentlichkeit, ohne dass ein einziger Zeuge etwas gesehen hat. Mulder kommt einem Schüler auf die Spur, der über erschreckende Fähigkeiten verfügt.
Der unscheinbare Hausmeister Henry Weems scheint vom Glück verfolgt zu werden: Er überlebt nicht nur den Sturz von einem Wolkenkratzer, sondern auch zwei Attentate der Mafia. Mulder und Scully glauben allerdings nicht an Zufälle. Sie gehen der ungewöhnlichen Geschichte nach und stoßen schnell auf ein dunkles Geheimnis.
Mit Hilfe eines Gefängnisgeistlichen gelingt dem Frauenmörder Pfaster die Flucht aus dem Knast. Scully gerät in höchste Gefahr, denn der Killer hatte es schon einmal auf sie abgesehen. Gemeinsam mit Mulder unterstützt sie die US-Marshals bei der Jagd auf Pfaster.
Der "Unglaubliche Maleeni", ein berühmter Zauberkünstler, hat in Kalifornien seinen letzten Auftritt. Kurz darauf stirbt er unter rätselhaften Umständen: Maleeni verliert buchstäblich seinen Kopf. Mulder und Scully reisen an, um das Ende des großen Magiers zu untersuchen - und erleben die hohe Kunst der Zauberei aus nächster Nähe.
In einer Kleinstadt in Tennessee stirbt ein junger Mann an einer Unzahl von Schlangenbissen. Da die Tiere um diese Jahreszeit für gewöhnlich in Winterstarre verharren, scheint an der Sache etwas faul zu sein. Mulder und Scully nehmen Ermittlungen auf.
Mulder untersucht die Entführung eines Mädchens in Kalifornien. Kurz darauf gibt es von ihm kein Lebenszeichen mehr. Scully findet ihn schließlich völlig verstört auf. Mulder glaubt, dass es zwischen dem Fall und dem Verschwinden seiner Schwester eine Verbindung gibt.
Das entführte Mädchen Amber Lynn wurde noch immer nicht gefunden. Der Hellseher Harold Pillar bietet Mulder und Scully seine Hilfe an. Gemeinsam mit ihm stößt Mulder auf Hinweise, was mit seiner vermissten Schwester Samantha geschehen ist.
Die Gefahr durch die Replikatoren ist noch lange nicht gebannt. Das Stargate-Team ist vollauf mit der Evakuierung der Planeten beschäftigt, die auf dem Weg zum Heimatplaneten der Replikatoren liegen. Zudem müssen sie sich selbst für den Kampf rüsten. Colonel Sheppard schließt unterdessen ein ungewöhnliches Bündnis: Der Anführer der Wraith will dem Stargate-Team Kampfschiffe zur Verfügung stellen.
Nach dem Kampf gegen die Replikatoren entdeckt das Atlantis-Team ein Schiff der Wraith, das verlassen und führungslos im All treibt. Es gehört offenbar Todd, dem Alliierten des Teams. An Bord entdeckt Sheppard eine Karte, die den Weg zu einem rätselhaften Planeten weist, den die Wraith offenbar als heilig betrachten.
In Atlantis schalten sich plötzlich sämtliche Systeme ab. Alle Bewohner werden dort eingeschlossen, wo sie sich gerade befinden. Offenbar sind Dr. McKays Arbeiten an dem Quarantäne-System Schuld an dem technischen Ausfall. Doch McKay ist ebenfalls gefangen und kann nichts unternehmen, um seine Kollegen zu befreien.
Colonel Sheppard und Dr. McKay besuchen einen wichtigen Handelspartner von Atlantis, einen Planeten mit mittelalterlicher Zivilisation. Dort soll die 13-jährige Prinzessin Harmony zur neuen Herrscherin gekrönt werden. Doch zuvor muss sie zu den Ruinen des Tempels von Laros pilgern. Weil die Reise nicht ungefährlich ist, sollen Sheppard und McKay die Prinzessin begleiten. Mitten im Wald verschwindet Sheppard plötzlich spurlos.
Colonel Sheppards Vater ist gestorben. Sheppard und Ronon reisen umgehend zur Erde. Doch die beiden haben kaum Zeit, an der Trauerfeier teilzunehmen. Eine mysteriöse junge Frau namens Ava Dixon bittet sie um Hilfe. Sie berichtet, ihr Vorgesetzter, der mit Naniten experimentiert, habe einen Replikator in menschlicher Gestalt erschaffen. Kurz danch sei der Replikator aus dem Labor geflohen und habe bereits zwei Menschen umgebracht. Sheppard soll den Replikator stoppen, bevor weiteres Unheil geschieht.
Una Chin-Riley scheint auf der Kiley 279 verschollen zu sein, wo sich rivalisierende Mächte bekämpfen. Captain Pike zögert keinen Moment, seine Erste Offizierin zu retten.
Ein Komet rast auf einen bewohnten Planeten zu, begleitet von einem Raumschiff. Muss Captain Pike tatenlos zusehen oder gibt es einen Weg, den Himmelskörper zu stoppen?
SYFY zu Gast auf der Star Wars Celebration: Auf dieser Fan-Convention können kleine und große Sternenkrieger ihrer Begeisterung für die beliebteste Science-Fiction-Saga aller Zeiten nachgehen. Mit dabei: Kostüme und Kulissen, Fan-Artikel, Frage-Antwort-Runden mit den Machern der Filme und vieles, vieles mehr.
Nach einer Pandemie droht jetzt ein Krieg zwischen Menschen und hyperintelligenten Affen: bildgewaltige Fortsetzung des Prequels zur berühmten Affen-Saga.
Dr. Jay Felger programmiert Avenger, einen Computervirus, der jedes Stargate des Netzwerks schließen kann. General Hammond willigt ein, diesen Virus zu testen und Felger zielt auf ein Stargate einer Minenwelt, die Ba'al gehört. Doch der Virus löst einen Zusammenbruch aller Stargates des Netzwerks aus, wodurch Daniel in einem Hochwassergebiet festsitzt und Teal'c und Jack O'Neill in einem Feuergefecht gefangen sind.
SG-1 wird von einer Gruppe Jaffa angegriffen, jedoch von sechs weiblichen Jaffa gerettet. Die Anführerin der Gruppe führt das Team zu einem Außenposten, der von Jaffa-Kriegerinnen besiedelt ist. Gemeinsam haben sie weibliche Neugeborene der Jaffa vor Moloc in Sicherheit gebracht, der sie töten wollte. Da die Mädchen aber ab einem bestimmten Alter nicht ohne Goa'uld Symbionten überleben können, überfallen die Jaffa Frauen Patrouillen, um deren Symbionten zu stehlen. Sam verabreicht den Mädchen Tretonin, doch als die Behandlung fehl schlägt, gerät die Situation außer Kontrolle.
Teal'c und Bra'tac versuchen zwei Systemlords der Goa'uld aufzuspüren, als sie von einem finsteren Krieger angegriffen werden. Nach einem erbitterten Kampf fällt dieser schließlich. Als Sam und Selmak ihm die Rüstung abnehmen, finden sie darunter einen künstlichen Goa'uld Wirt, der aber völlig intakt ist. Vermutlich starb der Krieger gar nicht durch Kampfverletzungen, sondern durch einen Herzinfarkt.
Daniel und sein Begleiter, der Archäologe Dr. Lee, werden im Urwald von Honduras verschleppt. Die Entführer haben es auf einen seltsamen Würfel abgesehen, den ihre Opfer im Dschungel gefunden haben. Das SG-1 Team versucht verzweifelt mehr über Daniels Versteck zu erfahren und erfährt von einem Agenten namens Burke, der behauptet zu wissen, wo Daniel gefangen gehalten wird. Jake O'Neill macht sich auf den Weg nach Honduras, um seinen Kollegen zu retten, gerät dort aber fürchterlich mit Burke aneinander.
Das SG-1 soll die "Prometheus" aus dem All bergen. Doch es kommt zu Komplikationen, als das Schiff von einem unbekannten Raumkreuzer angegriffen wird. Sam rettet sich in ihrer Verzweiflung in eine sonderbare Gaswolke, verliert aber während des Angriffs das Bewusstsein. Als sie wieder erwacht findet sie sich allein an Bord der "Prometheus" wieder. Zudem sind alle Rettungsfahrzeuge verschwunden. Zwar hat sie genügend Vorräte an Bord, um bis zu ihrer Rettung zu überleben, doch hat sie eine schwere Gehirnerschütterung und die Gaswolke zersetzt den Rumpf der 'Prometheus'.
Jonas Quinn kehrt zum Stargate-Team zurück und bittet um Hilfe: Er hat eine Naquadah-Ader entdeckt, die sich unterirdisch in hoch radioaktives Naquadria verwandelt. Doch Naquadria ist eine sehr instabile Substanz und Quinn befürchtet, dass es zu einer Explosion kommen könnte, die das Ende des Planeten Langaria bedeuten würde. Zusammen mit Kianna, seiner beruflichen und privaten Partnerin, und Sam macht sich Jonas auf den Weg, um eine Lösung zu suchen. Nach kurzer Zeit der Zusammenarbeit findet Sam jedoch heraus, dass Kianna eine Spion für Baal ist.
Major Samantha Carter, das kluge und starke weibliche Mitglied des SG1-Teams, wird schwach bei einem Polizisten, dem sie ihre Mitarbeit beim Team verheimlichen muss. Und auch Wissenschaftler Daniel befasst sich mit Herzensangelegenheiten. Immer wieder träumt er von seiner Freundin und deren Entführung durch die Goa'uld. Und eines Tages steht er dem Goa'uld gegenüber, der sie als Geisel verschleppte.
Alpha-Seite, die geheime außerirdische Basis der Erde, wird von den Goa'Uld ausfindig gemacht und angegriffen. Bei der darauf folgenden Evakuierung und Selbstzerstörung der Basis verschwinden 90 Leute der Besatzung, unter ihnen Major Carter, die sich auf Alpha-Seite befand um einen neuen Waffen-Prototyp zu entwickeln. Teal'c und Jack machen sich auf die Suche nach ihr, nicht wissend, ob sie überhaupt noch am Leben ist.
Anlässlich des 1000. Trips durch das Stargate erhält Dokumentar-Filmer Emmet Bregman die Erlaubnis, einen Filmbericht über die Arbeit des Stargate-Kommandos zu drehen. General Hammond stimmt notgedrungen zu, ist aber, wie das gesamte Team, wenig begeistert von den ungeladenen Gästen. Zumal man befürchtet, dass diese bei einem Einsatz ziemlich im Weg sein dürften. Tatsächlich wird die SG-1 plötzlich in Alarmbereitschaft versetzt.