Starbuck trifft auf einer Feier seiner alten Liebe Aurora wieder. Er verabredet sich mit der Kampfpilotin auf dem Raumschiff Celestra und muss dort feststellen, dass eine Meuterei in vollem Gange ist.
Die Galactica empfängt ein mysteriöses Signal, das von der Erde stammen könnte. Commander Adama sieht darin eine Falle der Zylonen und versucht, den Robotern mit einem eigenen Angriff zuvorzukommen.
Nach jahrelanger Suche hat die Galactica endlich den sagenumwobenen Planeten Erde gefunden. Laut Wunderkind Dr. Zee würde eine Landung allerdings einen Angriff der Zylonen provozieren.
Atlantis und mit ihm das Stargate-Team und die Athosianer werden von einem aufkommenden Sturm bedroht. Nur noch eine sofortige Evakuierung kann das Überleben sichern. Tatsächlich gelingt es, auf den Planeten der Maranianer überzusiedeln. Doch diese sind offenbar den Neuankömmlingen nicht so wohl gesonnen, wie es zunächst den Anschein hat.
Major Sheppard (Joe Flanigan) konnte der feindlichen Übernahme von Atlantis durch die Genii gerade noch entkommen. Dagegen sind Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) und Dr. McKay (David Hewlett) in der Hand von Kommandant Kolya (Robert Davi). Bisher sind die beiden Mitglieder der Stargate-Crew nur noch am Leben, weil Kolya auf deren Hilfe bei der Aktivierung des Schutzschildes zur Verteidigung der Stadt gegen den Sturm angewiesen ist. Unterdessen versuchen Dr. Beckett (Paul McGillion), Lieutenant Ford (Rainbow Sun Francks) und Teyla (Rachel Luttrell) das Auge des Tornados zu erreichen.
Ein gigantischer Satellit gibt der Stargate-Crew Rätsel auf. Zu dessen genaueren Inspektion starten Major Sheppard (Joe Flanigan) und Dr. McKay (David Hewlett) mit zwei weiteren Wissenschaftlern auf eine Erkundungstour. Schon bald wird klar, dass der Satellit als Waffenbasis zur Verteidigung gegen die Wraith eingesetzt wurde. Als von einem nahen Planeten ein Notruf abgesetzt wird, eilen die Forscher zu Hilfe. Doch dort erwartet sie ein Wraith, der offenbar den Abschuss seines Raumschiffes vor 10000 Jahren überlebte.
Bisher konnten die Bewohner von Atlantis die Umgebung der Stadt noch nicht nach Sturmschäden überprüfen. Nun macht sich Dr. McKay (David Hewlett) mit einigen Kollegen auf den Weg. Doch plötzlich sterben zwei seiner Männer. Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) vermutet sofort einen Zusammenhang mit dem von McKay entdeckten, mysteriösen Labor der Antiker außerhalb von Atlantis. Offenbar sind die Toten dort mit einem rätselhaften Virus infiziert worden.
Als Major Sheppard (Joe Flanigan) bei einem Flug mit dem "Puddel Jumper One" von den Wraith attackiert wird, gelingt es ihm wie durch Geisterhand zu entkommen. Offenbar wurde er durch eine geheime Waffe vor dem Angriff gerettet. Bei seinen Nachforschungen gelangt er auf den Planeten Proculis. Den Bewohnern dort und ihrer Hohenpriesterin Chaya (Leonor Varela) sind die Wraith völlig unbekannt. Ein Zufluchtsort von den grausamen Gegnern scheint gefunden.
An Dr. Elizabeth Weirs (Torri Higginson) Geburtstag wird diese mit einem sehr speziellen Geschenk überrascht: In einem der Atlantis-Räume findet Major Sheppard (Joe Flanigan) eine alte Frau, die wiederbelebt werden muss. Diese behauptet, sie wäre Dr. Elizabeth Weir und in der Zeit 10000 Jahre in die Welt der Antiker zurückgereist zu sein.
Die Stargate-Crew vermutet auf dem Planeten Dagan ein ZPM, mit dem der Schutzschild von Atlantis wieder mit Energie aufgeladen werden könnte. Zusammen mit der Sudarianerin Allina (Jana Mitsoula) gelingt es Major Sheppard (Joe Flanigan), die für die Ortsbestimmung der Energiequelle nötigen Steinplatten zu finden. Doch dann wird die Suche jäh unterbrochen, als plötzlich der Kommandant der Genii, Kolya (Robert Davi), vor Allina und Sheppard steht.
Die Atlantis-Crew ist verzweifelt: Drei gewaltige Wraith-Basisschiffe haben direkten Kurs auf Atlantis genommen, doch ohne ein neues Z.P.M. kann das Schutzschild der Stadt nicht aktiviert werden. Also ist man den Wraith hilflos ausgeliefert. Dr. McKay (David Hewltt) schlägt vor, ein Wurmloch zur Erde aufzubauen. Das könnte zwar nur für Sekunden aufrechterhalten werden, doch die Zeit würde reichen, um Hilfe von der Erde zu erbeten.
Teyla (Rachel Luttrell) hat immer wieder schreckliche Alpträume von den Wraith. In ihrer Verzweiflung sucht sie die Psychologin Dr. Kate Heightmeyer (Claire Rankin) auf. Diese rät ihr, sich auf den Weg nach Athos zu machen und des Rätsels Lösung dort zu suchen. In ihrer Heimat wendet sich Teyla an die weise Charin (Brenda McDonald), die ihr von seltsamen Vorgängen in der Vergangenheit berichtet. Offenbar wurden zahlreiche Athosianer einst von den Wraith entführt und für Experimente missbraucht.
Die Wraith sind noch immer im Kurs auf Atlantis und nicht mehr weit entfernt. Für die Bewohner wird die Zeit knapp. Die Stadt muss dringend evakuiert werden. Gleichzeitig haben Dr. McKay (David Hewlett) und Dr. Radek Zelenka die Idee, den vor einiger Zeit entdeckten Satelliten zu mobilisieren, der einst als Waffenbasis zur Verteidigung gegen die Wraith eingesetzt wurde.
Die Lage in Atlantis wird immer heikler. Die Wraith rücken an und die Stargate-Crew ist verzweifelt. Da bekommt das Team unerwartete Hilfe. Colonel Everett (Clayton Landey) wird von der Erde in die Pegasus-Galaxie gesandt. Mit nuklearen Waffen kann er jedoch nur kurze Zeit den Angreifern Herr werden. Dann hat Major Sheppard (Joe Flanigan) eine Idee. Doch diese entpuppt sich bald schon als große Gefahr.
Atlantis wird von den grausamen Wraith belagert. Die Stargate-Crew will sich aber nicht einfach geschlagen geben. Von der Erde erreicht das Team außerdem Hilfe durch Raumschiff Daedalus und dessen Mannschaft um Colonel Steven Caldwell (Mitch Pileggi). Mit der Unterstützung fällt die Verteidigung leichter, doch ein Ende der Angriffe ist nicht in Sicht. Lieutenant Aiden Ford (Rainbow Sun Francks) scheint unterdessen nach seinem Zusammenstoß mit den Wraith seltsam verändert zu sein.
Als in der Daedalus mehrere Männer unter mysteriösen Umständen ums Leben kommen, hegt Dr. McKay (David Hewlett) einen schrecklichen Verdacht. Das Raumschiff wurde offensichtlich von einem Tod bringenden Virus der Wraith infiziert, um die Macht über die Daedalus zu übernehmen. Die Bekämpfung des Eindringlings stellt sich als äußerst schwierig heraus.
Auf einem fremden Planeten stößt das Stargate-Team auf einen toten Wraith. Offenbar wurde der Alien wegen seiner Enzyme getötet. Es ist schnell klar, dass der verschwundene Lieutenant Ford (Rainbow Sun Francks) dahinter stecken muss. Doch auf der Suche nach Ford geraten Teyla (Rachel Luttrell) und Major Sheppard (Joe Flanigan) in die Hände eines sogenannten 'Runners'. Dieser trägt seit Jahren einen Peilsender der Wraith im Körper und ist so ständig auf der Flucht vor den Außerirdischen. Er hat eine besondere Forderung an seine Gefangenen.
Dr. McKay (David Hewlett) und Lieutenant Laura Cadman (Jaime Ray Newman) geraten in die Schusslinie gegen die Wraith. Eigentlich müssten beide rematerialisiert werden, doch die Energie reicht nur aus, um McKay zu neuem Leben zu erwecken. Dann wird plötzlich klar, dass in dessen Körper auch Laura Cadmans Bewusstsein fortlebt.
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