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Die Entscheidung, dass das Stargate für immer begraben werden soll, scheint endgültig. Das SG-1 Team begibt sich jedoch auf eine letzte unautorisierte Reise durch das Stargate. Diese Tat bringt die Truppe unweigerlich vor das Kriegsgericht, sollten sie je zur Erde zurückkehren können. Das Team landet in dem Pyramiden-Raumschiff der Goa'Uld, dass die Erde angreifen wird. Ausgerechnet in diesem Moment wird das Stargate außer Betrieb gesetzt und die Verbindung des Teams zur Erde ist nun endgültig abgeschnitten.
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Die Zerstörung der Erde durch die Goa'Uld scheint unabwendbar. Einige der führenden Köpfe Amerikas werden deshalb durch das Stargate auf die Alphaseite gebracht, um dort eine neue Welt zu kolonialisieren und den Fortbestand der menschlichen Rasse zu sichern. Unterdessen schmuggeln sich O'Neill und sein Team an Bord eines Raumschiffs unter dem Kommando von Apophis' Sohn Klorel. Im Kampf gegen die Goa'Uld erhalten sie überraschend Unterstützung von Bra'Tac, der die Jaffa von der Herrschaft der Goa'Uld befreien will.