Mit Scullys Hilfe hat Mulder seinen Tod vorgetäuscht, um ungestört weiterermitteln zu können. Aber das Täuschungsmanöver fliegt auf und Mulder muss sich daraufhin in einer öffentlichen Anhörung verantworten. Unterdessen spielt ihm der Raucher neue Informationen zu. Dadurch kommt Mulder den Drahtziehern des Komplotts innerhalb des FBI auf die Spur.
1989 lernen sich Mulder und seine späteren Freunde vom "Einsamen Schützen" unter seltsamen Umständen kennen: Auf einer Computermesse wird Byers von der mysteriösen Susanne Modeski um Hilfe gebeten. Er willigt ein, sich in das Computernetz des Pentagon zu hacken. Kurz darauf taucht Mulder auf, der auf der Suche nach der angeblich hochgradig psychotischen Modeski ist. Aber die behauptet, Beweise für eine Verschwörung auf höchster Regierungsebene zu haben.
Commander Eagle enthüllt nach dem hinterlistigen Angriff der Outrider die neue Geheimwaffe des Kavallerieoberkommandos: den Ramrod 2. Dieser soll den wiedervereinten Starsheriffs zum Sieg verhelfen.
Die Allianz mit den Wraith war nicht von langer Dauer: Zwei Wraith-Schiffe befinden sich direkt auf dem Weg zur Erde. Zu allem Übel wurden Dr. McKay und Ronon Dex gekidnappt. Das Atlantis-Team sucht fieberhaft nach einem Weg, die Angreifer aufzuhalten. Colonel Sheppard konnte sich gerade noch mit seiner F-302 unbemerkt an eines der Schiffe heften. Dr. Weir macht sich unterdessen ebenfalls zur Verfolgung auf, obwohl die Daedalus schwer beschädigt wurde.
Colonel Sheppard und das Stargate-Team sind nach Atlantis zurückgekehrt. Aber dort erwartet sie bereits das nächste Problem: Die Besatzung des gekaperten Wraith-Schiffes wurde durch das Retrovirus in Menschen verwandelt. Nun muss die Atlantis-Crew entscheiden, was mit den menschlichen Wraith geschehen soll. Unterdessen kündigt sich neuer Ärger ein: Richard Woolsey von der IOA ist eingetroffen, um die Situation in Atlantis genauer unter die Lupe nehmen.
Major Sheppard und sein Team stoßen während einer Erkundungsmission auf ein merkwürdiges kleines Dorf. Dessen Bewohner scheinen ihrem Anführer Lucius völlig hörig zu sein. Auch Dr. Beckett lässt sich von Lucius schnell einwickeln und erklärt sich bereit, ihn nach Atlantis mitzunehmen. Ein schlimmer Fehler. Mithilfe einer Droge gelingt es dem hinterlistigen Scharlatan in kurzer Zeit sämtliche Bewohner abhängig zu machen.
Während einer Mission auf einem fremden Planeten geraten Colonel Sheppard, Teyla und Ronon in einen Hinterhalt und werden gefangen genommen. Es stellt sich heraus, dass Ronon bereits zuvor auf dem Planeten war und damals unbeabsichtigt die Wraith auf die Bewohner aufmerksam machte. Als die Wraith angriffen, konnten die Siedler einen Pakt aushandeln: Sie versprachen, Ronon an die Wraith auszuliefern, sollte er jemals wieder den Planeten betreten.
Das Atlantis-Team entdeckt die Koordinaten eines alten Außenpostens der Antiker. Dr. Weir und Colonel Sheppard machen sich sofort auf den Weg und sind verblüfft als sie tatsächlich lebende Antiker antreffen. Dr. Weirs Hoffnung, endlich Verbündete im Kampf gegen die Wraith gefunden zu haben, wird aber sofort jäh zerstört. Denn Oberoth, der Anführer der Basis, verweigert kategorisch jede Hilfe. Schlimmer noch: Als das Atlantis-Team wieder abreisen will, lässt er es gefangen nehmen.
General Hammond will seinen Posten abgeben, was Jack O'Neill nachdenklich macht. Während der neue General Bauer sein Team auflöst, beginnt Jack zu recherchieren und findet heraus, das General Hammond nicht freiwillig zurückgetreten ist. Hammond hatte nach Ansicht der Regierung nicht skrupellos genug gehandelt und zu wenig neue, für die Erde nützliche Technologien beschafft. Bauer beginnt sofort mit seiner neuen Strategie und befiehlt Sam eine Bombe zu bauen, die ganze Planeten zerstören kann.
Im Jahre 2010 ist die Erde ein friedlicher Planet, auf dem es weder Kriege noch Krankheiten gibt. Die Aschen hatten die Herrschaft übernommen und die Erde in diese Idylle verwandelt. Doch der Schein trügt, wie Sam und ihr Ehemann Joe herausfinden, denn die Aschen wollen die Menschen langsam, aber sicher zerstören. Auch ihre Kollegen von SG-1 sind zuerst ratlos, da die Aschen alle wichtigen Positionen besetzt haben.
Ein Sandsturm auf dem Planeten Abydos flüstert Daniels Namen. SG-1 entdeckt in dem mysteriösen Wirbelsturm einen ungewöhnlich kleinen Jungen, der anscheinend sehr intelligent und weise ist. Da er mit dem genetischen Gedächtnis der Goa'uld versehen, ist, könnte er eine mächtige und wirkungsvolle Waffe gegen die bisher unbesiegbaren Feinde werden.
Daniel (Michael Shanks) und andere SG-Mitglieder leiden unter starken Depressionen. Als sich der erste das Leben nimmt, reisen Jack O'Neill, Sam und Teal'c zu einem Tempel, in dem alle Patienten gewesen sind. Doch auch ihr Gemütszustand verändert sich rasch und es geht ihnen nur innerhalb des Tempels gut. Mithilfe eines Fremden, der scheinbar nicht von dem hellen Licht in dem Tempel beeinflusst wurde, suchen die Drei einen Weg, sich von dem Tempel innerlich lösen zu können.
Sam lernt in der Air Force Academy die junge, sehr talentierte aber auch sehr rebellische Jennifer kennen. Sie scheint sich jedoch durch ihren Dickkopf alle Karrierechancen zu verbauen. Da Sam sich der Frau sehr nahe fühlt, nimmt sie sie mit in das Stargate-Center um ihr neuen Mut zu geben und sie auf den richtigen Weg zu bringen. Jennifer begleitet Sam sogar durch das Sternentor und ihre Mithilfe ist schneller gefragt, als erwartet.
Eine Sonde, die einen unbekannten Planeten erforschen soll, sendet unnatürliche Signale aus. Als die SG-Teams bemerken, dass sich ein Wesen in ihrem Computersystem eingenistet hat, ist es bereits zu spät, denn ihre Versuche, das Programm zu löschen scheitern. In einem kleinen Raum breitet sich der Virus aus. Als Sam und Daniel versuchen, mit dem Wesen Kontakt aufzunehmen, ergreift es Besitz von Sam, um in ihr unendliche Datenmengen speichern zu können. Nun kann das Wesen nur zur Strecke gebracht werden, wenn auch Sam stirbt.
Vor einiger Zeit hatte SG-1 einen Planeten aus der Sklaverei der Goa'uld befreit. Als sie zurückkehren müssen sie jedoch feststellen, dass die Goa'uld erneut auf dem Planeten eingefallen sind, um ihre Sklaven zurückzuerobern. Obwohl sie das Stargate verschlossen hielten, um sich so vor einem Angriff ihrer Todesfeinde zu schützen. Nur den Himmel konnten sie nicht vor ihren Peinigern schützen. Die Goa'ulds kamen mit ihren riesigen Raumschiffen.
Jack O'Neill und sein Team konnten ein pyramidenförmiges Schiff der Goa'uld erbeuten. Da die Tok'ra vor den Goa'uld bedroht werden und dringend ihren Heimatplaneten verlassen müssen, stellt SG-1 ihren Verbündeten das riesige Schiff zur Verfügung. Auch Apophis wollen sie durch ein Täuschungsmanöver endlich einen schweren Schlag versetzen. Doch die Goa'uld kommen viel früher, als erwartet.
Das SG-1-Team ist zusammen mit Sams Vater, dem Tok'Ra Jacob, so weit von der Erde entfernt, dass eine Rückkehr schier unmöglich scheint. Teal'C scheint tot zu sein, was die Stimmung in der Mannschaft trübt. Als sie nach einem Ausweg suchen, hat Jacob die Idee, in einem scheinbar verlassenen Schiff der Goa'Uld zu landen. Bei ihrer Ankunft merken die Vier, dass Replikatoren den Raumgleiter übernommen haben. Auf einmal taucht Teal'C auf, der einer Gehirnwäsche unterzogen wurde und nochmals zum treuestem Primus von Apophis gemacht wurde.
Nachdem Teal'C seine Nähe zu Apophis zugegeben hat, kehrt er auf die Erde zurück. Er hat sich sehr zum Schlechten verändert, denn er ist ein kompromissloser Anhänger Apophis' geworden und würde am liebsten alle Menschen ermorden. Jack O'Neill bittet Bra'tac auf die Erde, um ihm dabei zu helfen, Teal'C seine Erinnerungen wieder zu geben und ihn zurück auf die rechte Bahn zu bringen. Um sich selber wieder zufinden, muss sich Teal'C nun einer Prüfung unterziehen, die ihn nahe an den Tod bringt.
SYFY zu Gast auf der Star Wars Celebration: Auf dieser Fan-Convention können kleine und große Sternenkrieger ihrer Begeisterung für die beliebteste Science-Fiction-Saga aller Zeiten nachgehen. Mit dabei: Kostüme und Kulissen, Fan-Artikel, Frage-Antwort-Runden mit den Machern der Filme und vieles, vieles mehr.
Pike sucht mit einem Team nach der vermissten U.S.S. Peregrine. Er findet sie ohne Crew auf einem Eisplaneten. Offenbar war eine Person an Bord mit gefährlichen Gorn-Eiern infiziert.
Gerade als Captain Pike glaubt, seinem Schicksal entkommen zu können, erhält er denkwürdigen Besuch: Sein zukünftiges Ich lädt ihn per Zeitsprung ein, in die Zukunft zu schauen.
Nach einer Pandemie droht jetzt ein Krieg zwischen Menschen und hyperintelligenten Affen: bildgewaltige Fortsetzung des Prequels zur berühmten Affen-Saga.
Von ihrem alten Widersacher Alex Krycek erhalten Mulder und Scully einen Hinweis auf ein außerirdisches Virus. Der Erreger soll in Diplomatengepäck in die USA geschmuggelt werden. Um die Hintergründe aufzuhellen, reist Mulder mit Krycek nach Tunguska in Sibirien, wo im Jahre 1908 ein geheimnisvolles meteoritenähnliches Objekt niedergegangen ist.
Mulder kehrt aus Tunguska in Sibirien in die USA zurück. Mittlerweile ist er überzeugt davon, dass seit Jahren mit Stoffen, die vom Tunguska-Meteor stammen, an hilflosen Menschen experimentiert wird. Mysteriöse Todesfälle in einem Altenheim scheinen seine Vermutung zu bestätigen.
Durch einen Traum findet Mulder die Leiche eines Mädchens. Es ist das 14. Opfer des Serienmörders Roche. Doch der hat nur 13 Morde gestanden. Nun will Mulder alles über Roches weitere Opfer in Erfahrung bringen. Aber der Killer treibt ein gefährliches Spiel mit ihm.
Mehrere Menschen, die mit dem Mexikaner Eladio Buente in Berührung kamen, starben an einer normalerweise harmlosen Pilzinfektion. Eladios Landsleute glauben, er sei der Dämon Chupacabra. Mulder aber findet in den Körpern von Eladios Opfern ein außerirdisches Enzym.
Sanitäter Leonard Betts wird bei einem schrecklichen Unfall mit dem Krankenwagen enthauptet. Kurz darauf verschwindet seine Leiche. Scully und Mulder finden nur den Kopf wieder. Bei der Obduktion zeigt der Kopf verblüffende Reaktionen. Es hat den Anschein, als würde er noch leben.
Scully lernt in Philadelphia den attraktiven Ed Jerse kennen, der ihr sofort sympathisch ist. Fasziniert von seiner Tattoo lässt sich Scully ebenfalls tätowieren. Dann stellt sie fest, dass mit Eds Tattoo etwas nicht stimmt.
Bei Scully wird ein bösartiger Gehirntumor festgestellt. Doch statt sich in die Hände von Spezialisten zu begeben, versucht sie zusammen mit Mulder, Kontakt zu den Frauen der UFO-Netzwerk-Gruppe aufzunehmen, denen sie vor einem Jahr begegnete. Den Frauen wurden, ebenso wie Scully, Implantate aus dem Nacken entfernt. Doch bis auf eine sind alle Frauen der Gruppe bereits gestorben.
Isaac Luria wird wenige Tage vor seiner Hochzeit in seinem Laden ermordet. Kurz darauf wird einer der Täter erwürgt. Auf dessen Hals findet man die Fingerabdrücke Lurias. Ist Luria von den Toten auferstanden? Das FBI beauftragt Mulder und Scully mit dem Fall.
Das FBI bekommt den Auftrag, hochrangige Militärs zu schützen, da General MacDougal das Opfer eines Attentats wurde. Unter Verdacht steht der Anführer einer paramilitärischen Gruppe. Aber dann werden Mulder zugespielt, die ihn auf eine andere Spur aufmerksam machen.