Mulder und Scully finden heraus, dass die geheimnisvolle Akte etwas mit einem Geheimprojekt zu tun hat, an dem auch Mulders Vater beteiligt war. Wenig später stoßen sie in einem alten Bergwerk auf eine riesige Sammlung von Akten - darunter auch ihre eigenen.
In Johnson County werden kurz nacheinander fünf Männer vom Blitz getroffen. Nur einer von ihnen, Darren Oswald, überlebt aus unerklärlichen Gründen. Mulder und Scully untersuchen den eigenartigen Fall. Mulder glaubt schon bald, dass Oswald selbst etwas mit der Sache zu tun hat.
Catherine, Beal und Wasif landen in einer ihnen unbekannten Welt und müssen mit einer außerirdischen Kriegerin kämpfen.
Die Enterprise kreist im Orbit des Planeten Capella. Kirk soll mit den Bewohnern einen Schürfvertrag für das Mineral Topalin abschließen. Allerdings ist eine Delegation der Klingonen bereits vor ihnen eingetroffen. Es kommt zum Kampf.
Die Besatzung der Enterprise hat sich mit einer tödlichen Krankheit infiziert. Der normale Alterungsprozeß wird ernorm beschleunigt. Als Kirk zusehends seniler wird, übernimmt Commodore Stocker das Kommando. In Unkenntnis der Lage steuert er romulanisches Gebiet an.
Zwei Crewmitglieder der Enterprise werden von einem wolkenförmigen Wesen getötet. Den Opfern fehlen sämtliche rote Blutkörperchen. Kirk ist wie besessen, das Wesen zu vernichten. Denn als junger Offizier, als er der tödlichen Wolke schon einmal begegnete, fielen ihr bereits Hunderte Menschen zum Opfer.
Seltsames geht auf der Enterprise vor sich. Ein Besatzungsmitglied nach dem anderen verschwindet spurlos. Schlimmer noch: Keinen scheint es zu beunruhigen. Außer Dr. Beverly Chusher. Die schlägt sofort Alarm. Doch der verhallt unerhört bis es zu spät und auch das letzte Mitglied der Enterprise-Crew veschwunden ist.
Die Enterprise folgt einem Notruf der Arcos zum Planeten Turkana-Vier. Die Erdenkolonie, die sich dort befindet, ist gespalten und völlig zerstritten. Die Crew wird in den Konflikt hineingezogen. Ishara, die Schwester eines verstorbenen Besatzungsmitglieds, kommt an Bord, um zu vermitteln. Data freundet sich mit ihr an.
Picard wird von K'Ehleyr, der Botschafterin der Klingonen, herbeigerufen. K'Mpec, Führer des klingonischen Hohen Rates, liegt im Sterben. Er wurde vergiftet, und zwar von einem seiner beiden potentiellen Nachfolger. Picard soll nun herausfinden, von wem. Ein gefährlicher Auftrag, der schon bald zwei Klingonen das Leben kostet.
Während einer Mission auf Alpha Onias III verliert Riker durch eine Gaswolke das Bewusstsein. Als er wieder zu sich kommt, ist er Captain der Enterprise und hat eine eigene Familie. Inzwischen sollen 16 Jahre vergangen sein. Den Gedächtnisverlust erklärt Dr. Crusher mit einer Krankheit, die sich Riker einst zuzog. Allmählich findet sich Riker mit seiner neuen Rolle ab, doch dann bemerkt er merkwürdige Fehler.
Wesley begleitet Captain Picard und Captain Dirgo nach Pentarus Fünf, wo sie einen Streit zwischen Bergleuten schlichten sollen. Doch ihr Shuttle muss notlanden. Ohne Vorräte und dem Verdursten nah kämpfen sie sich durch die Wüste. Picard wird schwer verletzt.
Troi fürchtet, ihre empathischen Kräfte verloren zu haben. Ausgerechnet jetzt wird die Enterprise in einem Gravitationsfeld gefangen. Das Schiff bewegt sich unausweichlich auf ein kosmisches Band zu, in dem die totale Vernichtung droht. Verzweifelt versucht die Besatzung, die Gefahr abzuwenden.
Mulder und Scully erhalten in einer rätselhaften Mordserie an Wahrsagern Hilfe von dem Hellseher Clyde Bruckman. Der weist ihnen den Weg zu den Opfern des Serienkillers. Er sieht allerdings auch voraus, dass der Täter ihn selbst ebenfalls ermorden wird. Mulder und Scully setzen alles daran, dass Bruckmans Prophezeiungen nicht eintreten.
Der zum Tode verurteilte Neech Manley schwört, dass er wiederauferstehen und sich an fünf Männern rächen werde. Kurz nach der Hinrichtung stirbt einer der Gefängniswärter unter rätselhaften Umständen. Mulder und Scully schalten sich in den Fall ein.
Mulder und Scully untersuchen eine rätselhafte Mordserie: Den Opfern wurde Fettgewebe entzogen und die Körper verwesen innerhalb weniger Stunden. Mulder hat bald eine heiße Spur. Offenbar lernte das letzte Opfer den Mörder über Kontaktanzeigen im Internet kennen.
Im Militärkrankenhaus von St. Evanston geschehen mysteriöse Morde. Zudem versucht Lieutenant Colonel Stans mehrmals vergeblich, sich das Leben zu nehmen. Er behauptet, eine unsichtbare Person würde ihn jedes Mal daran hindern. Mulder glaubt, dass der Soldat Trimble mit der Sache zu tun hat. Doch der hat im Golfkrieg Arme und Beine verloren.
Während einer Mission befindet sich das SG-1-Team plötzlich inmitten einer Schlacht zwischen einer Gruppe von Stargate-Soldaten und der Jaffa Armee. O'Neill und sein SG1 Team glauben, dass es sich bei den Stargate-Soldaten um die vermisste SG-11-Truppe handelt und unterstützen diese im Kampf. Zu ihrer großen Überraschung richten die Stargate Soldaten aber plötzlich ihre Waffen auf das SG-1 Team und schaltet sie aus. Als das SG-1-Team wieder zu sich kommt, befindet es sich in einem Militär Trainingslager indem junge Männer trainiert werden SG Soldaten zu imitieren.
Als das SG 1-Team eine Rettungsaktion aufgrund der gefangengenommenen Abydonia unternimmt, erblickt Daniel (Michael Shanks) seine lang vermisste Frau Sha'Re (Vaitiare Bendera). Er folgt ihr in ein nahegelegenes Zelt, um mit ihr zu sprechen. Es handelt sich jedoch nicht um seine Ehefrau, sondern um den Goa'Uld Amaunet, der Sha'Re nur benutzt hat, um Daniel in eine Falle zu locken. Gerade als er versucht Daniel zu töten, kommt Teal'C (Christopher Judge) mit seinen Waffen zu Hilfe. Daniel erwacht erst wieder auf der Krankenstation und erfährt, dass Teal'C seine Frau Sha'RE töten musste um ihn zu retten. Daraufhin verlässt Daniel das SG-1-Team.
SG 1 erfährt von einem Planeten, auf dem alle Bewohner an Amnesie leiden. Keiner kann sich noch an etwas erinnern vor dem 'Vorlix', einem Ereignis, bei dem alle Kinder und alten Menschen verschwunden sind und scheinbar alle Erinnerungen ausgelöscht wurden. Ke'Ra (Megan Leitch), die Anführerin der Einwohner, fliegt mit SG 1 zur Erde, um Nachforschungen über die "Vorlix" voran zu treiben und ihr Volk vor dem Gedächtnisschwund zu retten. Doch scheinbar ist Ke'Ra nicht die, für die sie sich ausgibt und das SG-1-Team zweifelt zunähmest an ihrer Aufrichtigkeit.
Sams Vater Jacob (Carmen Argenziano) und sein Tok'Ra-Symbiont Selmak wurden von dem System Lord Sokar (David Palffy) gekidnappt und auf den Mond Netu verbannt, der von Sokar in einen höllischen Ort verwandelt wurde. Martouf (J.R. Bourne) macht sich auf den Weg, um Jacob zu retten. Doch dafür benötigt er die Hilfe von Jolinar, denn sie ist die Einzige, die sich bislang aus den Fängen Sokars befreien und von dem Mond Netu fliehen konnte. Das Geheimnis der Flucht hütet sie jedoch wie einen Schatz. Sam muss nun versuchen, diese Erinnerung in sich wach zu rufen um ihren Vater aus Sokars Gefangenschaft zu retten.
Bizeps gegen Bytes: Bruce Willis liefert in seinem vierten Auftritt als Cop-Legende McClane erneut wuchtige Old-School-Action. - Cyber-Terrorist Thomas Gabriel (Timothy Olyphant) will die Energieversorgung, Telekommunikation und Finanzwelt der USA lahm legen. Doch auf Online-Spielchen lässt sich Supercop John McClane (Bruce Willis) gar nicht erst ein. Mit Hacker Matt (Justin Long) macht er sich auf, den Terrorboss persönlich zur Strecke zu bringen.
In einem Dorf herrscht seit mehreren Jahren Angst und Schrecken. Seit im Wald ein Raumschiff der Wraith abgestürzt ist, gib es dort einen Überlebenden der grausamen Alien-Art. Dieser stillt seinen Hunger mit den Bewohnern des Ortes. Doch es hat noch ein weiterer Wraith den Absturz überstanden: Ellia (Jewel Staite) wurde von Wissenschaftler Zaddik (John Innes) aufgezogen. Durch die Behandlung mit einer speziellen Flüssigkeit konnte dieser anscheinend den Jagdinstinkt der Wraith unterdrücken.
Colonel Sheppard (Joe Flanigan) wurde von der Wraith Ellia (Jewel Staite) gebissen, die das von Dr. Beckett (Paul McGillion) entwickelte Retrovirus in sich trägt. Tatsächlich wurde das Virus auch auf Major Sheppard übertragen. Doch das hat schreckliche Konsequenzen. Der Infizierte verwandelt sich immer mehr selbst in einen Wraith. Für Dr. Beckett bleibt nur wenig Zeit ein Mittel zu finden, mit dem die Metamorphose gestoppt werden kann.