Obwohl Mulder nicht mehr für die X-Akten zuständig ist, macht er Doggett auf den mysteriösen Tod eines Arbeiters auf einer Bohrinsel im Golf von Mexiko aufmerksam. Scully findet bei der Obduktion der Leiche heraus, dass der Tote von Natur aus gegen das Alien-Virus resistent war - im Gegensatz zu den restlichen Arbeitern auf der Plattform. Doch ihre Warnung erreicht Mulder und Doggett zu spät: Die beiden werden von der infizierten Mannschaft angegriffen.
Scully geht in Mutterschaftsurlaub und Doggett bekommt eine neue Partnerin: Agentin Leyla Harrison. Als der alte Arlen Sacks ermordet wird, ahnt Doggett, dass ein Tier der Täter war. Kurz darauf werden er und Harrison in einem unterirdischen Tunnelsystem zu hilflosen Gefangenen eines riesigen Salamanders.
Colt soll eine wichtige Lieferung zum Außenposten Tranquility vor Outrider-Angriffen schützen. Vor Ort verliebt er sich in die Lehrerin Robin, die dem Starsheriff jedoch misstrauisch gegenübersteht.
Colonel Carter (Amanda Tapping) wird vom einzigen Überlebenden über die Explosion informiert. McKay (David Hewlett) und Lorne (Kavan Smith) können schnell geborgen werden, aber es gibt noch weitere Verschüttete. Zudem befindet sich die hochschwangere Teyla (Rachel Luttrell) noch auf dem Wraith Cruiser und McKay muss als Entbindungshelfer einspringen.
Dr. Keller (Jewel Staite) entdeckt eine komische Absonderung auf ihrer Hand, ist aber zu müde um ihr weiter Beachtung zu schenken. Kurz darauf wuchert diese Absonderung aber aus und befällt ihren ganzen Körper. Dr. Beckett (Paul McGillion) geht davon aus, dass sich alle, die sich in Michaels (Connor Trinneer) Labor aufgehalten haben, mit diesem Erreger infiziert haben. Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team werden deshalb in Quarantäne geschickt. Sheppard hält sich aber nicht an die Quarantäne und kann Dr. Keller im letzten Moment mit einem Gegengift retten.
Tyre (Mark Dacascos) bekommt keine regelmäßigen Energiespenden mehr von den Wraith, da er sie enttäuscht hat. So geht es ihm ziemlich schlecht. Seine letzte Chance sieht er darin, Ronon (Jason Momoa) auszuliefern, was ihm auch tatsächlich gelingt. Allerdings wird er selber gefangen genommen und endlich in Atlantis von der Droge befreit, die seine Sinne vernebelt hat.
Plötzlich taucht ein mysteriöses Daedalus-Duplikat im Orbit über Atlantis auf. Sheppard (Joe Flanigan), McKay (David Hewlett), Teyla (Rachel Luttrell) und Ronon (Jason Momoa) fliegen mit einem Jumper an Bord, um das Schiff zu inspizieren. Als sie ankommen, wartet eine ominöse Videobotschaft auf sie. Doch bevor sie sich ein Bild machen können, werden sie mit dem Schiff in eine zweite Realität transportiert.
Sheppard und seine Crew stehen nach einem Erforschungsflug plötzlich vor einem Problem: Irgendetwas hat die Kontrolle über alle elektronischen Systeme übernommen. Über eine plötzlich auf einem Bildschirm auftauchende Schrift beginnt jemand mit der Crew zu kommunizieren und gibt sich als Elizabeth Weir aus.
Teal'c zieht nach Colorado Springs, wo er sich in seine neue Nachbarin Krista James verliebt. Doch er ahnt nicht, dass sie ein doppeltes Spiel spielt. Schließlich gerät er in den Verdacht, Kristas Freund ermordet zu haben. Daniel versucht, ihm in der schier aussichtslosen Lage zu helfen. Samantha Carter erhält indessen von ihrem Freund Pete einen Heiratsantrag. Doch sie weiß nicht recht, wie sie darauf reagieren soll.
Der Industrielle Alec Colson präsentiert den Erdenbewohnern einen Asgard, doch das Stargate-Team traut ihm nicht über den Weg. Daniel findet heraus, dass er den Asgard aus gestohlenem DNS-Material geklont hat. O'Neill beauftragt Thor, den Klon aus Colsons Labor zu beamen. Colson fliegt wutentbrannt nach Washington, doch sein Flugzeug stürzt ab. Carter entschließt sich indessen, mit ihm zu kooperieren, und lässt ihn ins SGC beamen. Sie bietet ihm an, auf die Alpha-Seite zu wechseln.
Teal'c soll Ishta, die Anführerin der Jaffa, überreden, ihren Krieg gegen die Goa'uld zu vertagen, da ihre Armee nicht groß genug ist. Doch sie lässt sich nicht von ihrem Plan abbringen. Um die Jaffa vor Angriffen zu schützen, gewährt O'Neill ihnen Unterschlupf im SGC. Doch Moloc nimmt Ishta gefangen und foltert sie. Gemeinsam mit Aron macht Teal'c sich auf den Weg, um sie zu retten.
Das Stargate verschwindet vor den Augen des ganzen SG-1-Teams. Offenbar steckte eine Organisation namens "Trust" dahinter, die die Menschheit vor außerirdischen Angriffen beschützen will. Doch Trust hat noch andere Ziele: O'Neill findet heraus, dass die Gruppe das Stargate dazu nutzen will, die Goa'uld mit Giftgas zu vernichten. Ein Plan mit schrecklichen Folgen, denn das Gas würde auch die Jaffa töten.
Eine Replikantin, die Sam bis aufs Haar gleicht, lässt dem Stargate-Team eine Warnung zukommen: Ein Angriff des Fünften auf die Erde steht unmittelbar bevor. Das SG-1-Team hofft, mit Hilfe der Replikantin den Angriff abwehren zu können. Sam hat die Idee, ihre Kopie auf dem Alpha-Stützpunkt zu treffen und sie als Medium gegen den Fünften einzusetzen. Doch Teal'C hat große Zweifel, ob man der Replikantin trauen kann.
Auf dem Weg in die Pegasus-Galaxis erhält die Promotheus einen Notruf aus 50 Lichtjahren Entfernung. Das Team folgt ihm und findet zwei Goa'uld-Schiffe, einen Frachter und ein Alkesh vor. Da wird die Crew von einem Goa'uld überrascht und auf das Alkesh gebeamt. Daniel bleibt mit dem Goa'uld auf der Prometheus zurück. Dieser entpuppt sich als attraktive Kriegerin namens Vala.
Goa'uld Lord Ares will einen Planeten zurückzuerobern, den er einst beherrschte. Es handelt sich um jenen Planeten, auf dem Colonel Harry Maybourne vor einiger Zeit ausgesetzt wurde. Teal'C, Sam und Daniel sollen Maybourne retten und zur Erde bringen. Vor Ort erwartet das Team eine handfeste Überraschung: Maybourne wurde dort zum König gekrönt, weil er offenbar die Zukunft vorhersehen kann.
Vizepräsident Robert Kinsey taucht wieder auf. Er behauptet, ein anderer Mensch geworden zu sein, und will O'Neill seine Hilfe anbieten, um den Trust auszuschalten. Doch O'Neill traut ihm nicht. Um ihm auf den Zahn zu fühlen, arrangiert der Commander ein Treffen mit dem Trust. Überraschenderweise kehrt Kinsey scheinbar unbehelligt von dem Treffen zurück. Doch in Wahrheit wurde er in einen Goa'uld verwandelt.
O'Neill bekommt überraschenden Besuch: Joe Spencer, ein Friseur aus Indiana, taucht bei ihm auf und behauptet, in Visionen alle Abenteuer des SG-1-Teams hautnah mitzuerleben. Alle Freunde und Verwandte haben sich bereits von Joe abgewandt, weil sie ihn für verrückt halten. Nun hat er nichts mehr zu verlieren und bittet O'Neill um Hilfe. Carter findet heraus, dass Joe offenbar ein Antiker-Gen besitzt.
Im Kampf gegen die Goa'uld führen Teal'c und Bra'tac die Jaffa-Rebellion an. Doch Replikatoren stürmen das Rebellenschiff. Während Daniel weggebeamt wird, bringt sich die restliche Besatzung in Sicherheit. Um die desillusionierten Jaffa zu motivieren, entscheidet sich Teal'c, einen Tempel der Goa'uld anzugreifen. Carter macht sich Sorgen um Daniel und vermutet, dass dieser entführt wurde, da die Replikatoren Informationen über die ihnen gefährlichen Antikerwaffen erhalten wollen.
Die Sternenflotte beauftragt Picard, eine Raum-Anomalie zu untersuchen, aus der ein Hilferuf empfangen wurde. Mit der USS Stargazer und seiner Crew startet er zu einer neuen Mission.
Sein alter Widersacher Q versetzt Picard in eine andere Zeitlinie. In dieser hat die Menschheit die despotische "Konföderation der Erde" gegründet, die andere Spezies versklavt und sogar auslöscht.
Picard und seine Crew reisen zurück ins Jahr 2024. Während Picard versucht, der Borg-Königin Informationen zu entlocken, sollen Raffi, Seven und Rios in Los Angeles den Wächter aufspüren.
Agnes erfährt von der Borg-Königin, dass sich die Zeitlinie in drei Tagen aufspalten wird. Picard trifft auf Guinan. Seven und Raffi suchen Rios, der als illegaler Immigrant verhaftet wurde.
Picard erfährt, dass eine Vorfahrin bei den Veränderungen der Zeitlinie eine wichtige Rolle spielt. Q setzt seine Manipulationen fort. Agnes erlebt die Folgen des Paktes mit der Borg-Königin.
Mulder und Scully kehren nach Bellefleur in Oregon zurück, wo sie vor sieben Jahren ihren ersten gemeinsamen Fall bearbeiteten. Dort sind zahlreiche Menschen verschwunden. Offenbar wurden sie von Außerirdischen entführt.
Nachdem Mulder offenbar von Außerirdischen entführt wurde, werden Scully und Direktor Skinner vom FBI plötzlich wie Verdächtige behandelt. Zudem bekommen sie Agent Doggett vor die Nase gesetzt, der die Sondereinheit leitet, die Mulder ausfindig machen soll. Aber dann stößt Scully auf Hinweise, dass nicht nur Mulder als Entführungsopfer auserkoren wurde.
Scully und Direktor Skinner tun ihr Bestes, um den kleinen Gibson Praise vor dem außerirdischen Kopfgeldjäger zu retten. Doch dabei kommt ihnen immer wieder Agent Doggett mit seiner Spezialtruppe in die Quere. Denen fehlt jegliches Verständnis für das, was Scully, Skinner und Gibson über Mulder und die Außerirdischen wissen.
Scully und Doggett ermitteln wegen einer mysteriösen Mordserie in Idaho. Vieles deutet darauf hin, dass der Täter kein Mensch, sondern ein Wesen mit Klauen und Reißzähnen ist. Tatsächlich stößt Doggett beim Studium alter Zeitungen auf Parallelen zum aktuellen Fall, die allerdings 44 Jahre zurückliegen. Offenbar treibt eine Kreatur, halb Mensch, halb Fledermaus, in der Gegend ihr Unwesen.
Scully soll in Utah einem Gerichtsmediziner helfen, der ein offenbar gesteinigtes Mordopfer untersucht. Durch Zufall gerät sie in ein abgelegenes Kaff, dessen Bewohner sie nicht mehr gehen lassen wollen, damit sie sich um einen verletzten jungen Mann kümmert. Bald stellt sie fest, dass der Ort ein grausiges Geheimnis birgt.
Zehn Jahre nach seinem Verschwinden taucht der kleine Billy Underwood wieder an seiner Schule auf. Er ist in der Zwischenzeit überhaupt nicht gealtert, obwohl er mittlerweile siebzehn Jahre alt sein müsste. Agent Doggett untersucht den Fall, erhält aber von dem rätselhaften Jungen keinerlei Hilfe, weil dieser kein Wort spricht. Und auch sonst verhält er sich ganz anders, als seine Eltern ihn in Erinnerung haben.
Staatsanwalt Martin Wells wacht eines Morgens im Gefängnis auf, ohne zu wissen, weshalb. Die Agents Scully und Doggett, ein alter Freund von Martin, sollen seine Überführung in eine andere Anstalt begleiten. Doch dazu kommt es nicht, denn Wells wird auf offener Straße von seinem Schwiegervater erschossen. Trotzdem wacht er am nächsten Morgen erneut auf und steht nun wegen Mordes an seiner Frau vor dem Haftrichter. Entsetzt erkennt er, dass er sich rückwärts durch die Zeit bewegt.
Die Observierung einer Sekte in Pittsburgh endet in einer Katastrophe: 20 Sektenmitglieder und zwei FBI-Agenten werden ermordet aufgefunden. Direktor Skinner und Agent Doggett machen sich auf die Suche nach dem Anführer der Sekte, der eine rätselhafte Macht über die Träume seiner Anhänger und Gegner zu haben scheint.
Der Immobilienmakler Carlton Chase wird in einer Gefängniszelle von einem Unbekannten erschossen. Scully und Doggett sollen herausfinden, wie der Mann in einem hermetisch abgeschlossenen Raum ermordet werden konnte. Zunächst finden sie keine andere Erklärung als den "Röntgenblick" von Superman, den der Schütze gehabt haben muss, um durch einen kleinen Lüftungsschacht vom Dach des Gebäudes aus zu treffen. Aber dann führt eine Spur sie zu einem zwielichtigen Kammerjäger.