Mulder und Scully sollen in Virginia das Schicksal einiger Vermisster klären. Was zunächst nach einem Routinefall aussieht, erweist sich bald als äußerst mysteriös: Alle Opfer hinterließen am Ort ihres Verschwindens rätselhafte Brandflecken. Die beiden Agenten kommen bei ihren Nachforschungen, gefährlichen Experimenten des Kernphysikers Banton, der die Existenz dunkler Materie nachweisen will, auf die Spur.
In Dudley, einer verschlafenen Kleinstadt in Arkansas, verschwinden seit Jahren auf unerklärliche Weise Menschen. Nach dem Verschwinden des letzten Opfers George Kearns mehren sich plötzlich unter der Bevölkerung die Symptome der seltenen Creutzfeld-Jakob-Krankheit, die nur durch den Verzehr von infiziertem Fleisch übertragen werden kann. Mulder schöpft bald den Verdacht, dass dabei offenbar Kannibalismus eine Rolle spielt
Catherine kann sich befreien und versucht, zwei Soldaten zu überzeugen, das Stargate zu passieren. Brücke und Professor Langford machen währenddessen Bekanntschaft mit einem unbekannten Wesen.
Die Enterprise erhält ein neues Crewmitglied: den Androiden Norman. Dieser entführt das Schiff zu einem unbekannten Planeten, der ausschließlich von Robotern bevölkert wird, die ihrem Anführer Henry Mudd treu untergeben sind, ihn allerdings auf ihrem Planeten festhalten. Mit Hilfe der Enterprise-Crew will Mudd fliehen. Doch sein Fluchtplan verläuft ganz anders als erwartet.
Die Diplomatin Nancy Hedford muss dringend medizinisch behandelt werden. Als Kirk, Spock und McCoy sie zur Enterprise bringen wollen, wird ihr Shuttle auf einem Planeten zur Landung gezwungen. Dort werden sie von Cochrane, dem Erfinder des Sol-Antriebes begrüßt.
Die Enterprise bringt eine Gruppe von Diplomaten zu einer wichtigen Konferenz auf den Planeten Babel. Auch Spocks Eltern sind an Bord der Enterprise. Spock ist mit seinem Vater seit Jahren zerstritten. Da droht ein Saboteur, die Konferenz zum Scheitern zu bringen.
Die Enterprise rettet einen Mann, der sein Gedächtnis verloren hat. John, wie Dr. Crusher ihn tauft, verfügt über große Heilkräfte. Die Enterprise bringt John zu seinem Heimatplaneten zurück. Dort stellt sich heraus, dass er als vermeintlicher Verbrecher gesucht wird.
Nachdem eine Kolonie spurlos verschwunden ist, erhärtet sich der Verdacht, dass die Borg dahinter stecken. Auf Befehl des Oberkommandos der Sternenflotte wird die ehrgeizige Borg-Expertin Shelby auf die Enterprise abkommandiert. Sie soll das Schiff auf den Angriff vorbereiten. Als es tatsächlich zum Gefecht kommt, wird Captain Picard auf das Borg-Schiff entführt.
Picard scheint verloren: Er ist Locutus, ein Borg. Die Flotte der Föderation, die sich den Borg bei Wolf 359 in den Weg stellt, wird vernichtend geschlagen. Riker, der neue Captain der Enterprise, setzt alles auf eine Karte, um die Borg aufzuhalten und Picard zu retten.
Die Enterprise liegt zur Reparatur im Orbit der Erde. Captain Picard will sich bei seinem Bruder und dessen Familie von der Entführung durch die Borg erholen. Aber die beiden Brüder haben sich noch nie gut verstanden. Worf erhält währenddessen Besuch von seinen Eltern.
Ein schwerkranker Junge muss schnellstens zu einer Sternenbasis mit medizinischer Einrichtung geflogen werden. Data aber durchkreuzt die Pläne. Er blockiert die Kommandofunktionen der Enterprise und steuert einen unbekannten Planeten an. Dort soll ihm sein Schöpfer Dr. Soong einen Emotionschip einbauen. Hinter dem aber ist auch Datas Bruder Lore her. Der Chip fällt ihm in die Hände.
Die Enterprise hilft einem Trainingsschiff der Talarianer, das in Not geraten ist. An Bord: vier verletzte junge Talarianer und ein Mensch. Der enpuppt sich nach einer Genanalyse als Jeremiah Rossa, der als Kleinkind den Talarianer in die Hände fiel. Picard will den jungen Mann zurück zur Erde bringen. Doch der will nicht von seinem Ziehvater Endar getrennt werden.
Der Hacker Soona dringt in den Zentralcomputer des Pentagons ein und stiehlt eine geheime Akte, deren Inhalt in der Sprache der Navajo-Indianer verschlüsselt ist. Er lässt die Akte Mulder zukommen. Kurz darauf ist Soona tot. Mulder nimmt die Ermittlungen auf, die ihn in die Wüste von New Mexico führen, wo ein Indianerjunge einen vergrabenen Eisenbahnwagon entdeckte.
Die Navajos finden den verletzten Mulder. Mit Hilfe eines alten Rituals versuchen sie, ihn vor dem Tod zu bewahren. Scully entdeckt unterdessen, dass ihr im Nacken ein Chip unter die Haut gepflanzt wurde. Mithilfe eines Psychotherapeuten will sie die in ihrem Unterbewusstsein verschütteten Erinnerungen an ihre Entführung freilegen.
Mulder und Scully finden heraus, dass die geheimnisvolle Akte etwas mit einem Geheimprojekt zu tun hat, an dem auch Mulders Vater beteiligt war. Wenig später stoßen sie in einem alten Bergwerk auf eine riesige Sammlung von Akten - darunter auch ihre eigenen.
In Johnson County werden kurz nacheinander fünf Männer vom Blitz getroffen. Nur einer von ihnen, Darren Oswald, überlebt aus unerklärlichen Gründen. Mulder und Scully untersuchen den eigenartigen Fall. Mulder glaubt schon bald, dass Oswald selbst etwas mit der Sache zu tun hat.
Nach einer Reise des SG-1-Teams auf den Planeten der Orbaner, begleitet das Mädchen Merrin Jack (Richard Dean Anderson) zurück auf die Erde, um im Stargate Center einen Nacquadah Reaktor zu präsentieren. Jack und Sam wird bald klar, dass Merrin keine gewöhnliche Elfjährige ist, sondern extrem intelligent ist. Sie finden heraus, dass die verblüffende Intelligenz der Kinder auf diesem Planeten nicht natürlichen Ursprungs ist und die Kinder-Genies von den Orbanern als Wissenspeicher benutzt werden. Indem sich Jack für Merrin einsetzt, riskiert er vor das Kriegsgericht gestellt zu werden.
Das SG-1-Team ist erstaunt, als sie Doppelgänger von Sam und dem verstorbenen Major Kawalsky im geheimen Arreal 51 finden. Die Beiden stammen aus einer alternativen Realität. In ihrer Parrallelversion der Erde wurde die Menschheit von den Goa'Ulds angegriffen, was sie in die Flucht getrieben hat. In der alternativen Realität hatte Dr. Carter Jack geheiratet, der aber vor kurzem von den Goa'Uld getötet wurde. Daher flüchteten die Beiden durch den Quanten Spiegel und bitten nun das wahre SG-1 um Hilfe.
Bei einem Routineausflug zum Planeten PJ-877 wird das SG 1-Team kurz nach ihrer Landung von dem Alienjäger Aris Boch (Sam J. Jones), mit Hilfe eines unsichtbaren Kraftfeldes gefangen genommen. Boch, der im Auftrag des Systemlords Soker den Goa'Uld Kel'Tar fangen soll, verlangt die Hilfe des Teams. Im Gegenzug dafür verspricht er ihnen die Freiheit. Ansonsten werde er sie selbst an Sokar ausliefern, da auch auf die Mitglieder von SG1 ein Kopfgeld ausgesetzt ist. Dem SG-1-Team bleibt keine andere Wahl. Sie erfahren jedoch, dass der gesuchte Kel'Tar ein Tok'Ra ist, woraufhin sie versuchen Aris umzustimmen.
Auf einem Planeten entdeckt das SG-1-Team zufällig ein mittelalterliches Dorf. Das Team kommt gerade noch rechtzeitig, um eine junge Frau namens Mary, vor dem Tod am Scheiterhaufen zu retten. Der Mönch Simon (David McNally) erklärt ihnen, dass sie sterben sollte, um einem Dämon geopfert zu werden, der auf dem Planeten wütet. Das SG-1-Team beschließt dem Dorf zu helfen und die Bewohner vor dem Dämon zu befreien. Der Dorfrat hingegen plant dem Dämon die Mitglieder des SG-1 zu opfern um ihr Dorf zu retten.
Einer der größten Actionhits der 80er: Bruce Willis wurde als Einzelkämpfer mit staubtrockenem Humor quasi über Nacht zum Action-Superstar. - Von wegen fröhliche Weihnachten: Gerade als Cop McClane (Bruce Willis) seine Frau von der Arbeit abholen will, stürmen Gangster das Konzerngebäude. Sie nehmen alle als Geiseln. Nur den Polizisten übersehen sie. Während die Cops vor der Tür ratlos verhandeln, beginnt McClane einen Ein-Mann-Feldzug gegen die Kidnapper.
Bei einem Erkundungsgang auf dem Planeten Olesia wird das Stargate-Team von barbarischen Angreifern überrascht. Bewohner des Himmelskörpers kommen zu Hilfe, doch Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und seine Kollegen sind skeptisch. Schließlich wurde das Volk der Olesianer bisher von den Wraith verschont. Offensichtlich arbeiten diese mit den Feinden zusammen und das Gefängnis auf einer olesianischen Insel scheint damit in Zusammenhang zu stehen.
Auf einem Planeten, der einst von den Wraith angegriffen und verwüstet wurde, entdeckt das Stargate-Team eine alte Anlage, in der die Antiker offenbar an einer neuen Energiequelle geforscht haben. Dr. McKay (David Hewlett) hofft, dort Erkenntnisse zu bekommen, die ihm bei der energetischen Versorgung des Schutzschildes von Atlantis weiterhelfen können. Unterdessen entdeckt Ronon Dex (Jason Momoa), dass es von seinem Volk offenbar noch Überlebende gibt.
Nach einer Reise des SG-1-Teams auf den Planeten der Orbaner, begleitet das Mädchen Merrin Jack (Richard Dean Anderson) zurück auf die Erde, um im Stargate Center einen Nacquadah Reaktor zu präsentieren. Jack und Sam wird bald klar, dass Merrin keine gewöhnliche Elfjährige ist, sondern extrem intelligent ist. Sie finden heraus, dass die verblüffende Intelligenz der Kinder auf diesem Planeten nicht natürlichen Ursprungs ist und die Kinder-Genies von den Orbanern als Wissenspeicher benutzt werden. Indem sich Jack für Merrin einsetzt, riskiert er vor das Kriegsgericht gestellt zu werden.
Das SG-1-Team ist erstaunt, als sie Doppelgänger von Sam und dem verstorbenen Major Kawalsky im geheimen Arreal 51 finden. Die Beiden stammen aus einer alternativen Realität. In ihrer Parrallelversion der Erde wurde die Menschheit von den Goa'Ulds angegriffen, was sie in die Flucht getrieben hat. In der alternativen Realität hatte Dr. Carter Jack geheiratet, der aber vor kurzem von den Goa'Uld getötet wurde. Daher flüchteten die Beiden durch den Quanten Spiegel und bitten nun das wahre SG-1 um Hilfe.
Bei einem Routineausflug zum Planeten PJ-877 wird das SG 1-Team kurz nach ihrer Landung von dem Alienjäger Aris Boch (Sam J. Jones), mit Hilfe eines unsichtbaren Kraftfeldes gefangen genommen. Boch, der im Auftrag des Systemlords Soker den Goa'Uld Kel'Tar fangen soll, verlangt die Hilfe des Teams. Im Gegenzug dafür verspricht er ihnen die Freiheit. Ansonsten werde er sie selbst an Sokar ausliefern, da auch auf die Mitglieder von SG1 ein Kopfgeld ausgesetzt ist. Dem SG-1-Team bleibt keine andere Wahl. Sie erfahren jedoch, dass der gesuchte Kel'Tar ein Tok'Ra ist, woraufhin sie versuchen Aris umzustimmen.
Auf einem Planeten entdeckt das SG-1-Team zufällig ein mittelalterliches Dorf. Das Team kommt gerade noch rechtzeitig, um eine junge Frau namens Mary, vor dem Tod am Scheiterhaufen zu retten. Der Mönch Simon (David McNally) erklärt ihnen, dass sie sterben sollte, um einem Dämon geopfert zu werden, der auf dem Planeten wütet. Das SG-1-Team beschließt dem Dorf zu helfen und die Bewohner vor dem Dämon zu befreien. Der Dorfrat hingegen plant dem Dämon die Mitglieder des SG-1 zu opfern um ihr Dorf zu retten.
Der Hacker Soona dringt in den Zentralcomputer des Pentagons ein und stiehlt eine geheime Akte, deren Inhalt in der Sprache der Navajo-Indianer verschlüsselt ist. Er lässt die Akte Mulder zukommen. Kurz darauf ist Soona tot. Mulder nimmt die Ermittlungen auf, die ihn in die Wüste von New Mexico führen, wo ein Indianerjunge einen vergrabenen Eisenbahnwagon entdeckte.
Die Navajos finden den verletzten Mulder. Mit Hilfe eines alten Rituals versuchen sie, ihn vor dem Tod zu bewahren. Scully entdeckt unterdessen, dass ihr im Nacken ein Chip unter die Haut gepflanzt wurde. Mithilfe eines Psychotherapeuten will sie die in ihrem Unterbewusstsein verschütteten Erinnerungen an ihre Entführung freilegen.
Mulder und Scully finden heraus, dass die geheimnisvolle Akte etwas mit einem Geheimprojekt zu tun hat, an dem auch Mulders Vater beteiligt war. Wenig später stoßen sie in einem alten Bergwerk auf eine riesige Sammlung von Akten - darunter auch ihre eigenen.