Daniels Seele wird durch eine Maschine mit der des früheren Goa'Uld-Feindes Machello vertauscht und er findet sich sterbend im Krankenhaus wieder. In der Gestalt von Daniel kann Machello aus der Stargate Zentrale fliehen und genießt das Leben auf der Erde. Während das SG-1-Team nach einer Lösung sucht, um den Wechsel rückgängig zu machen und Daniel zu retten, vertauschen auch Jack und Teal'C versehentlich ihre Seelen. Als sie Machello in Daniels Körper finden, teilt dieser ihnen mit, dass eine Rückkehr in die ursprünglichen Körper unmöglich ist.
Der frühere Goa'Uld Anführer Apophis, sucht in der Basis des Stargate-Teams Unterschlupf, als er von den tödlichen Strahlen der Goa'Uld verfolgt wird. Trotz seiner früheren Gewaltverbrechen gewährt SG- 1 ihm Schutz. Apophis liegt im Sterben und bietet dem Team das ganze Wissen der Goa'Uld an, sollten sie ihm einen neuen Körper besorgen. Als Jack jedoch das Angebot entschieden ablehnt, erzählt Apophis die ganze Wahrheit. Er wird von dem Todesgott Sokar verfolgt, dem Apophis einst in Ägypten besiegt hatte. Nun will Sokar sich rächen und tötet jeden, der sich zwischen ihn und Apophis stellt.
10 Jahre nach der Ausgrabung eines riesigen Rings ist dessen Bedeutung weiterhin ein Rätsel. Die junge Catherine Langford will nun herauszufinden, was es mit dem mysteriösen Objekt auf sich hat.
Die Enterprise erforscht den Planeten Pollux IV. Plötzlich hält eine gewaltige Hand das Schiff fest. Ein riesiger Kopf erscheint im All und behauptet, der antike Gott Apoll zu sein: Die Crew der Enterprise soll ihn als Gott verehren.
Die Enterprise unterliegt in einem Feuergefecht einem fremden Flugkörper. Es handelt sich um eine intelligente Sonde aus dem Jahr 2020, die sich selbst Nomad nennt. Sie hält Kirk für ihren Schöpfer und teilt ihm ihren Auftrag mit: alles Unvollkommene zerstören.
Kirk kehrt mit einem Außenteam vom Planeten Halkon zurück. Er findet die Enterprise völlig verändert vor. Unter der Besatzung ist ein Kampf jeder gegen jeden entbrannt. Kirk kennt seine Besatzung nicht wieder. Ihm kommt der Verdacht, dass es nicht sein Schiff ist.
Vollkommen nackt taucht ein ungebetener Gast auf der Enterprise auf: Q. Das Kontinuum hat ihn verstoßen und all seiner Kräfte beraubt. Trotzdem schafft Q es erneut, Picard und seine Crew in tödliche Gefahr zu bringen. Q's Feinde wollen sich an ihm rächen.
Riker wird beschuldigt, die Explosion der Raumstation Tanuga Vier ausgelöst und Dr. Apgar ermordet zu haben. Picard lässt den Tathergang von allen Beteiligten auf dem Holodeck durchspielen. So hofft er die Unschuld seines ersten Offiziers beweisen zu können. Doch jeder der Beteiligten liefert eine andere Version der Geschehnisse.
Durch einen Riss im Raum-Zeit-Kontinuum gerät die Enterprise in eine alternative Zeitlinie. Dort ist Tasha Yar noch am Leben. Die Föderation befindet sich im Krieg mit den Klingonen. Doch niemandem erscheinen diese rätselhaften Veränderungn merkwürdig. Allein Guinan, die Barkeeperin aus 10 vorne, ahnt, dass hiert etwas nicht mit rechten Dingen zugeht. Plötzlich taucht die seit Jahren verschollene Enterprise C auf.
Data baut nach seinem Muster einen neuen Androiden in Frauengestalt: Lal. Er sieht seine Schöpfung, die echte Gefühle zu haben scheint, als sein eigenes Kind an. Als Admiral Haftel von dem Androiden erfährt, will er ihn zu Forschungszwecken für die Sternenflotte in Besitz nehmen. Data will das unter allen Umständen verhinder. Da zeigt Lal plötzlich Besorgtnis erregende Fehlfunktionen.
Klingone Kurn kommt im Rahmen eines Austauschprogramm an Bord der Enterprise. Er gibt sich als Worfs Bruder zu erkennen. Worf soll mit ihm vor dem Hohen Rat der Klingonen die Ehre ihres Vaters retten. Dem wird vorgeworfen, den Khitomer-Außenposten an die Romulaner verraten zu haben.
Außerirdische entführen Captain Picard und ersetzen ihn unbemerkt durch einen Doppelgänger. Während Picard mit seinen drei Mitgefangenen einen Ausweg sucht, steuert der falsche Picard die Enterprise in gefährliche Nähe zu einem Pulsar. Da schöpft Riker Verdacht.
Scully wird von dem Außerirdischen als Geisel genommen und soll gegen Mulders Schwester Samantha ausgetauscht werden. Gemeinsam mit Direktor Skinner will Mulder den Außerirdischen während des Austausches töten. Doch der Plan schlägt fehl: Stattdessen wird Samantha getötet. Kurze Zeit später steht Mulder mehreren Frauen gegenüber, die genauso aussehen wie seine Schwester.
Mulder und Scully werden nach Fairfield in Idaho gerufen. In der kleinen Stadt häufen sich mysteriöse Todesfälle: In der Nähe des Zoos wurde ein Bauarbeiter von einem Elefanten zu Tode getrampelt, ein Tierschützer von einem Tiger zerfleischt. Das Mysteriöse daran: Keiner der Zeugen hat eines der Tiere am Tatort bemerkt.
Ein amerikanischer Zerstörer ist vor der Küste Norwegens verschwunden. Das einzige überlebende Besatzungsmitglied scheint um 60 Jahre gealtert zu sein. Mulder und Scully machen sich auf die Suche und finden das Schiff tatsächlich, allerdings in einem gespenstischen Zustand. Bis auf den Kapitän sind alle Besatzungsmitglieder tot, offenbar an Altersschwäche gestorben. Auch Mulder und Scully bemerken bald, wie sie sich verändern.
Scully und Mulder untersuchen eine rätselhafte Mordserie an missgebildeten Zirkusdarstellern. Zunächst tappen die beiden Agenten völlig im Dunkeln. Dann erfährt Mulder von einer alten Legende über die mörderische Fidschi-Meerjungfrau.
Während einer Mission trifft das SG-1-Team auf sehr freundliche und friedliche Aliens, die ein viel schlichteres Leben führen als die Menschen auf der Erde. Kurz darauf erkranken einige Bewohner des Planeten ernsthaft und eine regelrechte Seuchte bricht aus. Die plötzlichen Erkrankungen der Bewohner des Planeten legen den Verdacht nahe, dass der Ausbruch der Krankheit mit der Anwesenheit des SG-1-Teams zusammen hängt. Fieberhaft sucht das SG-1-Team nach einem Mittel, um zu verhindern, dass die gesamte Alien-Population ausgelöscht wird.
Die Reetou planen die Menschheit auszulöschen. Da ihr Planet von den Goa'Uld zerstört wurde, glauben sie nun sie können die Goa'Uld vernichten in dem Sie die Menschen als ihre potentiellen Träger töten. Eine einzige Bewohnerin ist gegen den Plan und hat ihren Sohn sichtbar gemacht und als Boten zum Team geschickt, um die Menschen zu warnen. Das Team beobachtet, dass der kleine Junge rasant wächst und bald sterben wird, wenn ihm nicht sofort geholfen werden kann. Zu dieser Sorge hinzu kommt die tödliche Bedrohung durch die Reetou, die sich vielleicht schon im Stargate-Center befinden.
Die Erschütterungen einer Sonneneruption katapultiert das SG-1-Team durch Raum und Zeit. Es landet im Jahr 1969 und wird gefilzt von einem jungen Soldaten namens Hammond, dem zukünftigen Vorgesetzten der Stargate-Truppe. Sam trägt einen Brief bei sich, den ihr Hammond vor ihrer Zeitreise zugesteckt hat. Dieser überzeugt den jungen Soldaten dem SG-1-Team zu helfen ein Stargate zu finden, das sie wieder zurück in ihre Zeit befördert. Dabei ist sie nächste Sonneneruption die einzige Möglichkeit, das Jahr 1969 zu verlassen.
Als Jack (Richard Dean Anderson) aus tiefem Schlaf erwacht umstehen in lauter fremde Menschen die behaupten, er habe knapp 80 Jahre lang im Kälteschlaf gelegen und Carter, Jackson und all die anderen seien genauso lange tot. Doch Jack erkennt, dass die Goa'ulds ihn in Hathors Festung entführt haben und mit diesem Trick wichtige Informationen von ihm erhalten wollen. Und Sam (Armanda Tapping) und Daniel (Michael Shanks) teilen sein Schicksal: Am Ende der Prozedur soll allen dreien eine Goa'uld-Larve eingepflanzt werden.
Durchgeknallter Mix aus Western, Science-Fiction und Agentenfilm: Will Smith und Kevin Kline müssen als Wild-West-Agenten Bösewicht Kenneth Branagh und seine gigantische High-Tech-Spinne aufhalten.
Das Geheimprojekt Ramrod ist in Gefahr. Chef-Entwicklerin April und Pilot Saber Rider erhalten zur Verteidigung der neuen Superwaffe Unterstützung von Rennfahrer Fireball und Kopfgeldjäger Colt.
Atlantis wird von den grausamen Wraith belagert. Die Stargate-Crew will sich aber nicht einfach geschlagen geben. Von der Erde erreicht das Team außerdem Hilfe durch Raumschiff Daedalus und dessen Mannschaft um Colonel Steven Caldwell (Mitch Pileggi). Mit der Unterstützung fällt die Verteidigung leichter, doch ein Ende der Angriffe ist nicht in Sicht. Lieutenant Aiden Ford (Rainbow Sun Francks) scheint unterdessen nach seinem Zusammenstoß mit den Wraith seltsam verändert zu sein.
Als in der Daedalus mehrere Männer unter mysteriösen Umständen ums Leben kommen, hegt Dr. McKay (David Hewlett) einen schrecklichen Verdacht. Das Raumschiff wurde offensichtlich von einem Tod bringenden Virus der Wraith infiziert, um die Macht über die Daedalus zu übernehmen. Die Bekämpfung des Eindringlings stellt sich als äußerst schwierig heraus.
Während einer Mission trifft das SG-1-Team auf sehr freundliche und friedliche Aliens, die ein viel schlichteres Leben führen als die Menschen auf der Erde. Kurz darauf erkranken einige Bewohner des Planeten ernsthaft und eine regelrechte Seuchte bricht aus. Die plötzlichen Erkrankungen der Bewohner des Planeten legen den Verdacht nahe, dass der Ausbruch der Krankheit mit der Anwesenheit des SG-1-Teams zusammen hängt. Fieberhaft sucht das SG-1-Team nach einem Mittel, um zu verhindern, dass die gesamte Alien-Population ausgelöscht wird.
Die Reetou planen die Menschheit auszulöschen. Da ihr Planet von den Goa'Uld zerstört wurde, glauben sie nun sie können die Goa'Uld vernichten in dem Sie die Menschen als ihre potentiellen Träger töten. Eine einzige Bewohnerin ist gegen den Plan und hat ihren Sohn sichtbar gemacht und als Boten zum Team geschickt, um die Menschen zu warnen. Das Team beobachtet, dass der kleine Junge rasant wächst und bald sterben wird, wenn ihm nicht sofort geholfen werden kann. Zu dieser Sorge hinzu kommt die tödliche Bedrohung durch die Reetou, die sich vielleicht schon im Stargate-Center befinden.
Die Erschütterungen einer Sonneneruption katapultiert das SG-1-Team durch Raum und Zeit. Es landet im Jahr 1969 und wird gefilzt von einem jungen Soldaten namens Hammond, dem zukünftigen Vorgesetzten der Stargate-Truppe. Sam trägt einen Brief bei sich, den ihr Hammond vor ihrer Zeitreise zugesteckt hat. Dieser überzeugt den jungen Soldaten dem SG-1-Team zu helfen ein Stargate zu finden, das sie wieder zurück in ihre Zeit befördert. Dabei ist sie nächste Sonneneruption die einzige Möglichkeit, das Jahr 1969 zu verlassen.
Als Jack (Richard Dean Anderson) aus tiefem Schlaf erwacht umstehen in lauter fremde Menschen die behaupten, er habe knapp 80 Jahre lang im Kälteschlaf gelegen und Carter, Jackson und all die anderen seien genauso lange tot. Doch Jack erkennt, dass die Goa'ulds ihn in Hathors Festung entführt haben und mit diesem Trick wichtige Informationen von ihm erhalten wollen. Und Sam (Armanda Tapping) und Daniel (Michael Shanks) teilen sein Schicksal: Am Ende der Prozedur soll allen dreien eine Goa'uld-Larve eingepflanzt werden.
Scully wird von dem Außerirdischen als Geisel genommen und soll gegen Mulders Schwester Samantha ausgetauscht werden. Gemeinsam mit Direktor Skinner will Mulder den Außerirdischen während des Austausches töten. Doch der Plan schlägt fehl: Stattdessen wird Samantha getötet. Kurze Zeit später steht Mulder mehreren Frauen gegenüber, die genauso aussehen wie seine Schwester.
Mulder und Scully werden nach Fairfield in Idaho gerufen. In der kleinen Stadt häufen sich mysteriöse Todesfälle: In der Nähe des Zoos wurde ein Bauarbeiter von einem Elefanten zu Tode getrampelt, ein Tierschützer von einem Tiger zerfleischt. Das Mysteriöse daran: Keiner der Zeugen hat eines der Tiere am Tatort bemerkt.
Ein amerikanischer Zerstörer ist vor der Küste Norwegens verschwunden. Das einzige überlebende Besatzungsmitglied scheint um 60 Jahre gealtert zu sein. Mulder und Scully machen sich auf die Suche und finden das Schiff tatsächlich, allerdings in einem gespenstischen Zustand. Bis auf den Kapitän sind alle Besatzungsmitglieder tot, offenbar an Altersschwäche gestorben. Auch Mulder und Scully bemerken bald, wie sie sich verändern.