Der Schriftsteller Jose Chung schreibt gerade an einem Buch über Außerirdische. Gemeinsam mit Scully rekonstruiert er einen angeblichen Entführungsfall, der sich bald als Betrugsmanöver der Air Force entpuppt. Doch weitere Nachforschungen werfen neue Rätsel auf.
Direktor Skinner gerät unter Mordverdacht. Mulder und Scully versuchen, entlastende Beweise zu finden. Aber Skinner ist sich seiner Unschuld selbst nicht sicher. Er wird seit Jahren von einem immer wiederkehrenden Albtraum heimgesucht.
Commander Eagle und seine Flotte starten einen Angriff auf Nemesis' Basis. Der Oberkommandant der Outrider gerät in Bedrängnis und beauftragt Jesse Blue mit seiner Rettung. Doch der weigert sich.
Als das Stargate-Team eine von zwei Lebenserhaltungskapseln, die im All treiben, mit nach Atlantis nimmt, erwartet die Crew eine Überraschung. Die Frau, die in der Kapsel liegt, ist offenbar so schwach, dass sie nicht mehr lange Zeit zu leben hat. Doch der Geist der Dame nistet sich in Dr. Weirs (Torri Higginson) Körper ein und hat einen ungewöhnlichen Wunsch: Colonel Sheppard (Joe Flanigan) soll seinen Körper ihrem in der zweiten Kapsel liegenden Ehemann Thalan zur Verfügung stellen. Nur so könnte das Paar noch einmal vor dem Tod miteinander sprechen.
Während Teyla (Rachel Luttrell) und Ronon (Jason Momoa) den mysteriösen Tod von Major Lorne (Kavan Smith) untersuchen, meldet sich Ladon Radim (Ryan Robbins) von den Genii in Atlantis. Er schlägt einen ungewöhnlichen Tausch vor: Er will Dr. Weir (Torri Higginson) ein ZPM übergeben, wenn er dafür vom Stargate-Team mit Waffen ausgestattet wird. Der Genii hat vor, gegen seinen Anführer Cowen (Colm Meaney) eine Revolte zu starten.
Als der neue Lieutenant Michael Kenmore (Connor Trinneer) sich plötzlich in der Krankenstation von Atlantis wiederfindet, kann er sich an nichts mehr erinnern. Angeblich wurde er aus den Fängen der Wraith gerettet. Auch einige Zeit nach seinem Erwachen hat Michael noch keine befriedigende Erklärung für seinen Gedächtnisverlust und seine schrecklichen Alpträume gefunden. Er muss unbedingt die Wahrheit erfahren.
Auf dem Planeten Taranis gibt es eine Basis der Antiker, deren Schilde nicht mehr funktionstüchtig sind. Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und seine Crew wollen den Taranern helfen, diese wieder in Gang zu bringen. Doch auf dem Himmelskörper erwartet das Stargate-Team nicht nur ein uraltes Raumschiff der Antiker, sondern noch eine andere Überraschung: Ein riesiger Vulkan droht jeden Moment auszubrechen.
Michael Kenmore (Connor Trinneer) hat sich wieder in einen Wraith verwandelt und nähert sich mit seinem Raumschiff der Stadt Atlantis. Er will der Stargate-Crew einen Vorschlag unterbreiten. Wenn ihm Dr. Becketts (Paul McGillion) Retrovirus ausgehändigt wird, mit dem sich die Wraith in Menschen verwandeln können, dann werden die Stadt und die Erde von weiteren Angriffen verschont.
Während eines Meetings des Hohen Rates im Stargate-Center läuft Major Graham Amok, tötet einige der Anwesenden und auch sich selbst. Jack O'Neill und sein Team bemerken voller Entsetzen, dass der Major von den Goa'uld manipuliert wurde. Daraufhin beginnen die Tok'ra das Gedächtnis der Anwesenden im Center zu durchforsten und stellen fest, dass auch Jack und Sam falsche Erinnerungen haben und somit von den Goa'uld zu Tötungsmaschinen programmiert sein könnten.
Bei der Erforschung eines fernen Planeten trifft SG-1 auf den humanoiden Forscher Malikali. Dieser teilt Daniels Interesse an einem Computer, von dem er Daniel weglocken will. Doch seine Neugier lässt ihn nicht los. Der Außerirdische betäubt ihn daraufhin mit einer Waffe und beginnt, den Computer zu programmieren. Jack O'Neill und Teal'c versuchen, ihrem Freund zu Hilfe gekommen und werden dabei von einem blauen Strahl erfasst. Danach finden sie sich auf der Basis wieder und sind in einer Zeitschleife gefangen.
Das Sternentor lässt sich in der Stargate-Basis nicht mehr öffnen, sodass alle SG-Teams, die unterwegs sind, von der Basis abgeschnitten sind. Die Recherchen von SG-1 ergeben, dass es in Russland noch ein zweites Sternentor geben muss. Die russische Wissenschaftlerin Svetlana bittet Jack und sein Team um Hilfe: Auf der Basis der Russen sind indes alle Wissenschaftler tot, doch die Verbindung zu einem Planeten, der mit Wasser bedeckt ist, steht noch. Das Wasser hat scheinbar ungewöhnliche Energien, die auch verhindern, dass sich das Tor wieder schließen kann.
Während einer archäologischen Mission werden Daniel und seine Mannschaft von den Unas angegriffen und Daniel wird entführt und in die Wildnis verschleppt. SG-1 macht sich auf sein Teammitglied zu suchen. Erschrocken stellt Jack fest, dass das Trinkwasser auf dem Planeten mit Goa'uld-Symbionten verseucht ist. Währenddessen versucht Daniel mit seinem Entführer zu kommunizieren und sich mit ihm anzufreunden, obwohl er jederzeit als Mahlzeit für ihn dienen könnte.
Durch die Hilfe von SG-1 konnten sich die Enkaraner aus der Sklaverei der Goa'uld befreien und sich auf einem entfernten Planeten ansiedeln. Doch kurze Zeit später taucht ein riesiges Raumschiff am Himmel auf. Dieses hat jedoch, wie Jack O'Neill und sein Team herausfinden, keine kriegerischen Absichten. Die Gadmeer haben einen Prozess in Gang gesetzt, der den Planeten für sie bewohnbar macht. Jedoch können die Enkaraner unter diesen Bedingungen nicht überleben. SG-1 steht vor einer unlösbaren Aufgabe: Entweder sie löschen die eine Spezies aus, oder die andere.
In einem ihnen unbekannten Komplex, der sich unterhalb der Erdoberfläche eines völlig mit Eis bedeckten Planeten befindet, erwachen Jack O'Neill, Sam, Daniel und Teal'c Ihre Erinnerungen wurden beinahe komplett ausgelöscht und wissen nicht mehr, dass sie Mitglieder eines geheimen Programms sind , sondern halten sich für die Arbeiter Jonah, Therra, Carlin und Thor, die sich tagein, tagaus in den Mienen abschuften. Doch ab und zu erinnern sich die Vier, wenn auch nur bruchstückweise, an ihre wahre Existenz.
Ein merkwürdiger Mann hat Gerüchte über das Sternentor gehört und bittet im Stargate-Center telefonisch um nähere Auskünfte. Jack O'Neill trifft sich mit Martin Lloyd. Dieser behauptet ein Außerirdischer zu sein und vergessen zu haben, wo sich sein Raumschiff befindet. Jack hält Lloyd für einen harmlosen verrückten, bis etwas unvorhergesehenes passiert.
Im Stargate-Center wurde aus zwei defekten Goa'uld-Gleitern ein neues Schiff entwickelt. Beim Jungfernflug werden die beiden Piloten Jack O'Neill und Teal'c aus dem Schiff ins All geschleudert. Verzweifelt versuchen Sam und Daniel ihre Kollegen zu finden, doch sie können nicht einmal den Kurs des Raumschiffs nachvollziehen. Die beiden bitten die Tok'ra um Hilfe, doch selbst das höher entwickelte Volk kann nicht sofort eingreifen.
Daniel ist betrübt, als er vom Tod seines ehemaligen Mentors hört und macht sich auf den Weg in seine alte Uni. Dort erfährt er, dass der Professor zuletzt zwei antike ägyptische Gefäße untersucht hat, von denen eins verschwunden ist. In dem noch vorhandenen Krug findet Daniel einen vollkommen erhaltenen, aber toten Symbionten, der gestorben sein könnte, da durch einen kleinen Riss giftige Lösungsmittel in das Gefäß eingedrungen sind. Der Symbiont des vermissten Behältnisses lebt wahrscheinlich noch, zumal auf dem Campus Gerüchte umhergehen, dass oft Mysteriöses geschieht.
Teal'c besucht seinen Heimatplaneten Chulak, um mehr Anhänger gegen die bösartigen Goa'uld zu gewinnen. Währenddessen macht sich der Rest von SG-1 auf, um eine Allianz zwischen Apophis und dem ebenso mächtigen, wie gefährlichen Heru'ur zu boykottieren. Letzterer präsentiert dem erschrockenen Jack einen misshandelten Teal'c und macht somit unmissverständlich klar, dass er bereit ist, nicht mit Apophis zu koalieren, wenn er bereit ist, seinen geschätzten Kollegen und Freund zu opfern.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Commander Eagle und seine Flotte starten einen Angriff auf Nemesis' Basis. Der Oberkommandant der Outrider gerät in Bedrängnis und beauftragt Jesse Blue mit seiner Rettung. Doch der weigert sich.
Die Enterprise bleibt in einem seltsamen Nebel stecken und die Crewmitglieder werden bewusstlos. Als sie wieder erwachen, scheinen sie allesamt Figuren aus einem Märchen zu verkörpern.
Pike sucht mit einem Team nach der vermissten U.S.S. Peregrine. Er findet sie ohne Crew auf einem Eisplaneten. Offenbar war eine Person an Bord mit gefährlichen Gorn-Eiern infiziert.
Nach einer Pandemie droht jetzt ein Krieg zwischen Menschen und hyperintelligenten Affen: bildgewaltige Fortsetzung des Prequels zur berühmten Affen-Saga.
Am Lake Heuvelman sind zahlreiche Menschen auf unerklärliche Weise verschwunden. In der Bevölkerung kursiert seit Generationen die Legende von einem Seeungeheuer. Nach der Ankunft von Mulder und Scully ereignen sich zwei weitere rätselhafte Todesfälle. Nachdem auch Scullys Hund eines Nachts von einem unbekannten Wesen zerfleischt wurde, erkunden die beiden Agenten in einem Boot das unheimliche Gewässer.
Scully und Mulder untersuchen einige Mordfälle in Maryland. Die Täter behaupten stets, sie hätten ihr jeweiliges Opfer für eine andere Person gehalten. Mulder entdeckt bald einen Kabelfernsehdecoder, der rätselhafte elektronische Signale aussendet. Wurden den Zusehern durch das Gerät unterschwellige Botschaften übermittelt? Auch Scully, die sich einige Videokassetten aus den betreffenden Haushalten angesehen hat, legt plötzlich ein merkwürdiges Verhalten an den Tag.
Mulder und Scully werden zum Ort eines Amoklaufs gerufen. Trotz einer wilden Schießerei gab es aber kaum Verletzte. Zeugen sagen aus, dass ein Mann die Verwundeten durch Handauflegen geheilt hat Das ruft nicht nur Scully und Mulder auf den Plan, sondern auch Mr. X und den notorischen Raucher, der den Mann gefangen nimmt - und Mulder Überraschendes offenbart.
Der Außerirdische Jeremiah Smith führt Mulder in die kanadische Provinz Alberta, wo er ihm eine riesige Farm zeigt. Dort werden offenbar außerirdische Pflanzen angebaut und tödliche Bienen gezüchtet. Zudem trifft Mulder dort auf seine Schwester Samantha, die noch genauso alt wie zum Zeitpunkt ihrer Entführung ist.
In dem kleinen Ort Home findet man die vergrabene Leiche eines vielfach missgebildeten Säuglings. Bald fällt der Verdacht auf die Peacock-Familie. Über diese Außenseiter kursieren die wildesten Gerüchte. Unter anderem werden sie verdächtigt, Inzest zu praktizieren, doch es gibt angeblich seit zehn Jahren keine Frau mehr in der Familie. Mulder und Scully sollen die Anschuldigungen überprüfen.
Vier schwarze Männer verschwinden in Philadelphia spurlos. Als das erste Opfer tot gefunden wird, beauftragt das Seuchenkontrollzentrum Scully mit der Untersuchung. Man vermutet eine bisher unbekannte Krankheit, denn der Leiche fehlen alle Hautpigmente.
Eine junge Frau wurde entführt. Kurz vor ihrem Verschwinden hatte sie Passfotos von sich anfertigen lassen. Nach der Entführung weisen die Fotos rätselhafte Veränderungen auf. Mulder hat eine Theorie: Er glaubt, dass der Kidnapper sogenannte Gedankenfotos machen kann.
Sektenführer Vernon Epheser wird beschuldigt, Kinder zu missbrauchen. Bei dem Verhör des Sektenmitglieds Melissa stellt sich heraus, dass sie unter einer multiplen Persönlichkeit leidet. Sie behauptet, in einem früheren Leben die Geliebte von Mulder gewesen zu sein. Und der Fall wird noch rätselhafter, denn auch Mulder kann sich unter Hypnose an Melissa erinnern.
Mysteriöse Morde werden auf der Station für Plastische Chirurgie eines Krankenhauses verübt: Die operierenden Ärzte scheinen von einer fremden Macht besessen zu sein und schlachten ihre Patienten im Blutrausch regelrecht ab. Mulder entdeckt am Tatort ein Pentagramm.