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Ein gigantisches UFO kommt der Erde immer näher. US-Präsident Whitmore und das Pentagon stehen der Situation ziemlich ratlos gegenüber - man will erst mal abwarten. Da lösen sich plötzlich kleine Flugkörper vom Mutterschiff und nehmen Kurs auf die Metropolen der Welt. Bald ist allen klar: Die Aliens planen eine Invasion. Als sie mit massiven Feuersalven angreifen, scheint das Schicksal der Erde besiegelt. Am Independence Day rüsten sich die Überlebenden zum Gegenschlag.
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Die Militärregierung der Erde hat einem fremden Volk riesiger Insekten den Krieg erklärt. Zwar weiß man noch nicht viel über die "Bugs", doch ihre Absicht ist offensichtlich: Sie breiten sich überall aus und haben nun auch die Erde ins Visier genommen. Als eines ihrer Asteroidengeschosse eine ganze Stadt auslöscht, starten die Menschen eine Großoffensive ...