In Chicago verschwindet ein Teenager spurlos. Ins Visier der Ermittler gerät der 36-jährige John Wayne Gacy. Was zunächst nach Entführung aussieht, stellt sich als Verbrechen weit größeren Ausmaßes heraus: Unter seinem Haus werden 29 Leichen entdeckt, der "Killer Clown" wird zum Tode verurteilt. Jahrzehnte später enthüllen neue Informationen, dass er Teil eines landesweiten abartigen Mordnetzwerks war.
Als Crockett bei einem Einsatz gewaltsam in ein Apartment eindringen muss, sieht er, wie plötzlich aus einer der Zimmertüren ein Revolver auf ihn gerichtet wird. Crockett feuert und stellt wenig später zu seinem Entsetzen fest, dass er Jeffrey, einen 13-jährigen Jungen, getroffen hat. Nachdem der verletzte Jeffrey ins Krankenhaus gebracht wurde, verhören Tubbs und Switek den jugendlichen Gangleader Holiday. Sie finden heraus, dass Holiday, ebenso wie Jeffrey, im Besitz einer Waffe des Typs "Browning High Power" ist. Weitere Nachforschungen bringen ans Licht, dass beide Jungen zu einer organisierten Bande gehören, deren minderjährige Mitglieder von mächtigen Drahtziehern gezielt für Mordaufträge eingesetzt werden. Crockett, der durch das Erlebnis mit Jeffrey tief erschüttert ist, setzt alles daran, die Hintermänner dieses gnadenlosen Geschäftes dingfest zu machen...
Felipe Cruz, jüngster Spross der für ihre verbrecherischen Machenschaften bekannten Familie Cruz, kehrt überraschend nach Miami zurück, nachdem er sein Studium in Yale absolviert und eine erfolgreiche Laufbahn als Broker begonnen hatte. Das Vice-Department will unbedingt in Erfahrung bringen, aus welchem Grund Felipe sich in Miami aufhält. Es steht zu befürchten, dass ein gefährlicher Machtwechsel in der Familienführung bevorsteht. Gina trifft sich mit Felipe im St. Vincents Hospiz, einer Klinik für Aidskranke, die von Felipes Onkel, Vater Ernesto, geleitet wird. Unterdessen führt Castillo ein Gespräch mit Vater Ernesto, der ihm jedoch trotz eindringlicher Befragung nichts über die Pläne seines Neffen Felipe verraten will. Die Befürchtungen der Vice-Cops, einen bevorstehenden Familienkrieg betreffend, scheinen sich auf schreckliche Weise zu bewahrheiten, als Vater Ernesto nur wenig später brutal ermordet wird...
In einer Hafenanlage von Miami ist die junge Cindy Castiano Opfer einer Haiattacke geworden. Da sich die Tiere aber gewöhnlich nicht in die Nähe von starkem Schiffsverkehr begeben, stellt sich für die Ermittler die Frage, warum Cindy an diesem Morgen angegriffen wurde. Die Obduktion ergibt, dass die junge Frau zunächst angeschossen wurde und der Hai durch das ausströmende Blut angelockt wurde. Cindy arbeitete als Treuetesterin für ein Detektivbüro. Viele Männer waren anschließend derart wütend über die Konsequenzen ihres Treffens mit Cindy, dass sie diese massiv bedrohten. In der Tat wird an einem Hotel schließlich Cindys Auto gefunden: Beschmiert und mit einem Vorschlaghammer bearbeitet. Es gelingt den Beamten, Carl Purdue, eines von Cindys "Opfern", als Täter zu identifizieren. An dem Mord aber ist er unschuldig. Unterdessen wird ein gewisser Matthew Warner dabei erwischt, wie er in Cindys Wohnung eine Art Totenschrein errichtet. Er sagt aus, ein Verhältnis mit Cindy gehabt zu haben. Sie sei zwar auf ihn angesetzt gewesen, habe sich aber genauso in ihn verliebt wie er sich in sie - und trug sogar die Frucht ihrer Liebe in sich. Bei den CSIlern keimt ein Verdacht auf: Hat Matthews Frau Leslie Cindy ermordet, weil sie es nicht ertragen konnte, dass ihr untreuer Gatte nun auch noch ein Kind mit einer anderen Frau bekommt?
Einem jungen Liebespaar fällt eine tote Frau vor die Füße, die offenbar von einem Parkhausdach gesprungen ist. Bei der Autopsie stellt man jedoch fest, dass die Frau schon vor Stunden erstickt und anschließend vom Dach geworfen wurde. Über eine teure Uhr, die das Opfer am Handgelenk trug, stößt man auf Thomas Chandler, dem Käufer dieser Uhr. Von ihm erfahren die CSIler, dass es sich bei der Toten um die steinreiche Erbin Nikki Wilcox handelt, die sich bewusst riskanten Unternehmungen aussetzte, um einen Ausgleich zu ihrem luxusgeschwängerten Leben zu finden. Zuletzt habe Thomas ihr über eine Agentur eine fingierte Entführung geschenkt, bei der offenbar etwas schief gelaufen sei. Von den Ermittlern befragt, geben die "Entführer" zwar zu, Nikki gekidnappt zu haben, zum Zeitpunkt des Mordes sei sie aber längst nicht mehr in ihrer Gewalt gewesen. Dann finden die Ermittler das Stück Plastikplane, mit dem Nikki erstickt wurde. Es zeigt eindeutige Spuren des Täters... Unterdessen sorgt sich das Team um Eric, der einer Bande Autoschieber auf die Schliche gekommen ist und auf eigene Faust ermittelt. Dabei kommt es jedoch zu Komplikationen: Er wird entdeckt und brutal zusammengeschlagen. Doch dass ist noch nicht alles: Durch seinen Übereifer hat er die Ermittlungen von Detective Frank Tripp durchkreuzt, der in einem Mordfall ermittelt. So wird eine Kontaktlinse zu einem wichtigen Indiz.
Dr. Carlos Garza, Anästhesist an einer renommierten Beauty-Klinik, wird erhängt in seinem Appartement aufgefunden. Ein Selbstmord ist ausgeschlossen, denn an seinem Hals entdeckt Alexx Würgemale, die beweisen, dass der Mediziner vor dem Aufhängen erwürgt wurde. Nachforschungen in der Klinik ergeben, dass vor kurzem die Patientin Sara Foster während einer Brustoperation starb. Deshalb wird der Ehemann der Toten, Brad Foster, vernommen. Der Verdacht gegen ihn erhärtet sich, als man feststellt, dass Foster in Garzas Wohnung war. Foster leugnet zwar nicht, in der Wohnung gewesen zu sein, streitet aber den Mord ab. Aufgrund von weiteren Spuren in Garzas Wohnung gerät nun auch Klinikchef Winters unter Verdacht. Eine überraschende Wendung nimmt der Fall, als die Ermittler an dem Seil, mit dem Garza aufgehängt wurde, weibliche DNS-Spuren finden. Hat die eifersüchtige Oberschwester Debbie etwas mit dem Mord zu tun?
An Halloween verfolgen Riley Adams und Nick Stokes einen als Polizisten verkleideten Mann, der zahlreiche Schnapsläden ausraubt. Als es Nick gelingt, den Räuber in die Enge zu treiben, springt dieser durch ein Fenster und landet tot in einem Müllcontainer. Erstaunlicherweise liegt unter ihm eine weitere Leiche. Es handelt sich um Angela Carlos, Tochter eines kolumbianischen Drogenbosses. Riley und Catherine beginnen ihre Ermittlungen in der "Dark-Water-Bar", wo ihnen ein mit allen Wassern gewaschener Clubbesitzer Craig Hess begegnet. Bei der Todesursache von Angela herrscht Uneinigkeit, doch dann tritt Wendy den Beweis an, dass es sich bei dem etwas absurden Saft in Angelas Venen um die Mischung drei verschiedener Blutsorten handelt: Dem von Angela und dem von zwei unbekannten männlichen Personen. Da die Blutgruppen nicht zueinander passten, war es zu einer tödlichen Abstoßungsreaktion gekommen. Doch was hat das fremde Blut in Angelas Venen zu suchen? Außerdem hatte sie Atropin in der Nase, ein giftiges Alkaloid, das zum Strecken von Kokain und zur Beruhigung von nervösen Fischen benutzt wird. Da die Dark-Water-Bar von Craig Hess mit Aquarien ausgestattet ist, wird Hess erneut zur Befragung ins Präsidium bestellt und gibt den entscheidenden Tipp... Das Rätsel um den falschen Polizisten kann ebenfalls gelöst werden - es handelt sich um ein fatales Ende einer Junggesellenparty...
Bei der Explosion einer Autobombe kommt Renos ehemaliger Ausbilder und Vorbild Jack Varnell ums Leben. Reno verspricht daraufhin Jacks Ehefrau, dass er den Mörder finden wird. Da Jack zuletzt in Mexiko in einem Rauschgiftfall ermittelt hat, fahren Reno und Bobby ebenfalls nach Mexiko, um sich dort auf die Suche nach Hinweisen für einen möglichen Mord zu machen. Allerdings finden sie dort Jack, und zwar lebendig. Dieser hatte seinen Tod selbst inszeniert, um untertauchen zu können.
In einem Waldstück werden seit längerem immer wieder Medikamentenboten überfallen. Reno ist sich ziemlich sicher, dass er einen der Täter persönlich kennt. Sein ehemaliger Vorgesetzter bei einer Army Ranger-Einheit, Earl Lyons, ist seit einem schweren Unfall morphiumsüchtig und wurde unehrenhaft entlassen. Da sich Reno eine Mitschuld an der Entlassung gibt, möchte er Lyons selber vor der Polizei aufspüren. Doch dadurch bringt er Bobby in Gefahr...
1978 gestand John Wayne Gacy die Vergewaltigung und Morde an mehr als 30 jungen Männern. Doch Jahre später erzählt er eine andere Geschichte: In nie zuvor gehörten Gesprächen im Gefängnis bringt der "Killer Clown" einige seiner Mitarbeiter in Verbindung mit John David Norman. Einen verurteilten Pädophilen, der der Kopf eines großen Kinderhandel-Rings war. Bei ihrer Arbeit entdecken die Ermittler Machenschaften landesweiten Ausmaßes.
Im Todestrakt behauptet John Wayne Gacy, dass andere für die toten Jungen, die in seinem Keller gefunden wurden, verantwortlich sind. Sie stünden in Verbindung zu John David Normans Pädophilen-Netzwerk. Namenhafte und einflussreiche Mitglieder, die nie für ihre Taten belangt wurden. Derweil lassen die bis heute andauernden Ermittlungen hoffen, dass weitere Opfer von Gacy und Corll endlich identifiziert werden können.
Eine grausam verstümmelte Leiche wird am Straßenrand gefunden. Der junge Mann, der später als Ian Wallace identifiziert wird, wurde offensichtlich über den Asphalt geschleift. Bei der Obduktion stellt Doc Robbins neben vielen Stichwunden auch Spuren von SM-Spielchen fest. Doch der Tod trat durch Erwürgen ein. Die Suche nach Ians Freundin Justine, endet mit einer weiteren Überraschung: Sie wird in der Wüste gefunden. Gefesselt und verbrannt nachdem sie zuvor mit ihrem eigenen Wagen überfahren wurde. Die Ermittler wähnen den Täter im Bereich der Sado-Maso-Szene. Gil Grissom jedoch fällt es schwer, sich auf die Arbeit zu konzentrieren, nachdem er von Sara eine Videobotschaft erhalten hat. Er beschließt, Lady Heather zu besuchen, um ihren fachlichen Rat einzuholen. Die Besitzerin des Szene-Clubs "Lower Linx", Michelle Tournay, gerät als erste ins Fadenkreuz der Ermittler. Sie gibt zwar freimütig ihre sexuelle Beziehung zu dem Ermordeten zu, streitet aber alle weiteren Anschuldigungen vehement ab. Über am Tatort gefundene DNS kommen die Ermittler dem Versicherungsvertreter Martin Devlin auf die Spur, der offensichtlich auch zum Stammkundenkreis des "Lower Linx" gehört. Doch was das CSI-Team dann entdeckt, lässt den Fall zu einem großen Verwirrspiel werden.
In der Stadt Tulsa wird ein junger Mann vermisst. Die Beamten bemühen sich, ihn wiederzufinden. Doch wenn sie Erfolg haben wollen, muss es ihnen zuerst gelingen, das beharrliche Schweigen der Familie des Vermissten zu brechen.
In der Stadt Atlanta meldet eine Frau ihren Sohn als vermisst. Kurz darauf wird der Vermisste tot in seinem eigenen Schlafzimmer aufgefunden. Der Mann ist nackt, und jemand hat zweimal auf ihn geschossen.
Im Oktober 1994 ist die Schweiz ist in Aufruhr, als auf einem Bauernhof in Cheiry und zwei abgebrannten Chalets in Salvan 48 Leichen entdeckt werden. Allen Opfern gemeinsam ist die Zugehörigkeit zu Sekte der Sonnentempler. Gegen die Gurus der Sekte erlässt die Polizei einen internationalen Haftbefehl. Schnell nimmt der Fall eine internationale Dimension an, als auch in Kanada tote Sektenmitlieder entdeckt werden.
Karen Sparks ist eine junge Tänzerin mit einer vielversprechenden Zukunft - bis sie eines Nachts Ted Bundy bei ihr einbricht und sie brutal attackiert. Wochen später erwacht sie aus dem Koma und muss zurück ins Leben finden. Innerhalb weniger Monate verschwinden immer mehr Frauen. Überlebende berichten von einem attraktiven Mann mit einer Armschlinge, der nach Hilfe fragte, um Bücher in sein Auto zu tragen.
In der Stadt Tulsa wird ein junger Mann vermisst. Die Beamten bemühen sich, ihn wiederzufinden. Doch wenn sie Erfolg haben wollen, muss es ihnen zuerst gelingen, das beharrliche Schweigen der Familie des Vermissten zu brechen.
Eine grausam verstümmelte Leiche wird am Straßenrand gefunden. Der junge Mann, der später als Ian Wallace identifiziert wird, wurde offensichtlich über den Asphalt geschleift. Bei der Obduktion stellt Doc Robbins neben vielen Stichwunden auch Spuren von SM-Spielchen fest. Doch der Tod trat durch Erwürgen ein. Die Suche nach Ians Freundin Justine, endet mit einer weiteren Überraschung: Sie wird in der Wüste gefunden. Gefesselt und verbrannt nachdem sie zuvor mit ihrem eigenen Wagen überfahren wurde. Die Ermittler wähnen den Täter im Bereich der Sado-Maso-Szene. Gil Grissom jedoch fällt es schwer, sich auf die Arbeit zu konzentrieren, nachdem er von Sara eine Videobotschaft erhalten hat. Er beschließt, Lady Heather zu besuchen, um ihren fachlichen Rat einzuholen. Die Besitzerin des Szene-Clubs "Lower Linx", Michelle Tournay, gerät als erste ins Fadenkreuz der Ermittler. Sie gibt zwar freimütig ihre sexuelle Beziehung zu dem Ermordeten zu, streitet aber alle weiteren Anschuldigungen vehement ab. Über am Tatort gefundene DNS kommen die Ermittler dem Versicherungsvertreter Martin Devlin auf die Spur, der offensichtlich auch zum Stammkundenkreis des "Lower Linx" gehört. Doch was das CSI-Team dann entdeckt, lässt den Fall zu einem großen Verwirrspiel werden.
Als Crockett bei einem Einsatz gewaltsam in ein Apartment eindringen muss, sieht er, wie plötzlich aus einer der Zimmertüren ein Revolver auf ihn gerichtet wird. Crockett feuert und stellt wenig später zu seinem Entsetzen fest, dass er Jeffrey, einen 13-jährigen Jungen, getroffen hat. Nachdem der verletzte Jeffrey ins Krankenhaus gebracht wurde, verhören Tubbs und Switek den jugendlichen Gangleader Holiday. Sie finden heraus, dass Holiday, ebenso wie Jeffrey, im Besitz einer Waffe des Typs "Browning High Power" ist. Weitere Nachforschungen bringen ans Licht, dass beide Jungen zu einer organisierten Bande gehören, deren minderjährige Mitglieder von mächtigen Drahtziehern gezielt für Mordaufträge eingesetzt werden. Crockett, der durch das Erlebnis mit Jeffrey tief erschüttert ist, setzt alles daran, die Hintermänner dieses gnadenlosen Geschäftes dingfest zu machen...
Felipe Cruz, jüngster Spross der für ihre verbrecherischen Machenschaften bekannten Familie Cruz, kehrt überraschend nach Miami zurück, nachdem er sein Studium in Yale absolviert und eine erfolgreiche Laufbahn als Broker begonnen hatte. Das Vice-Department will unbedingt in Erfahrung bringen, aus welchem Grund Felipe sich in Miami aufhält. Es steht zu befürchten, dass ein gefährlicher Machtwechsel in der Familienführung bevorsteht. Gina trifft sich mit Felipe im St. Vincents Hospiz, einer Klinik für Aidskranke, die von Felipes Onkel, Vater Ernesto, geleitet wird. Unterdessen führt Castillo ein Gespräch mit Vater Ernesto, der ihm jedoch trotz eindringlicher Befragung nichts über die Pläne seines Neffen Felipe verraten will. Die Befürchtungen der Vice-Cops, einen bevorstehenden Familienkrieg betreffend, scheinen sich auf schreckliche Weise zu bewahrheiten, als Vater Ernesto nur wenig später brutal ermordet wird...
Bei der Explosion einer Autobombe kommt Renos ehemaliger Ausbilder und Vorbild Jack Varnell ums Leben. Reno verspricht daraufhin Jacks Ehefrau, dass er den Mörder finden wird. Da Jack zuletzt in Mexiko in einem Rauschgiftfall ermittelt hat, fahren Reno und Bobby ebenfalls nach Mexiko, um sich dort auf die Suche nach Hinweisen für einen möglichen Mord zu machen. Allerdings finden sie dort Jack, und zwar lebendig. Dieser hatte seinen Tod selbst inszeniert, um untertauchen zu können.
In einem Waldstück werden seit längerem immer wieder Medikamentenboten überfallen. Reno ist sich ziemlich sicher, dass er einen der Täter persönlich kennt. Sein ehemaliger Vorgesetzter bei einer Army Ranger-Einheit, Earl Lyons, ist seit einem schweren Unfall morphiumsüchtig und wurde unehrenhaft entlassen. Da sich Reno eine Mitschuld an der Entlassung gibt, möchte er Lyons selber vor der Polizei aufspüren. Doch dadurch bringt er Bobby in Gefahr...
Im Januar 2012 verschwindet die 12-jährige Ashley Pond in einem Vorort von Portland, Oregon auf ihrem Weg zur Schule. Genau zwei Monate später verschwindet auch ihre beste Freundin und Klassenkameradin Miranda Gaddis. Die Suche des FBI verläuft sechs Monate lang ergebnislos. Der Fall nimmt eine Wendung, als Ward Weaver, ein Nachbar der beiden Mädchen, einer Lokalzeitung berichtet, er sei der Hauptverdächtige des FBI. Eine Beteiligung an dem Verbrechen streitet Weaver jedoch vehement ab.