Mac und Jack reisen nach Boston zur Trauerfeier von Frankie, einer Kommilitonin von Mac. Sie starb in ihrem Labor, das völlig ausgebrannt ist. Allerdings war es kein Unfall, wie Mac herausfindet: Jemand hat dort einen Sprengsatz hochgehen lassen. Anhand von Daten auf einem USB-Stick, den das Team findet, können sie den vermeintlichen Attentäter aufspüren - und entdecken Frankie, die quicklebendig ist und berichtet, warum sie ins Visier eines Bombenlegers geraten ist.
Phoenix bekommt den Hinweis, dass eine Terrororganisation namens Omnus plant, einen Mann mit dem Codenamen "Der Architekt" töten zu lassen. Als Killer haben sie Murdoc angeheuert - nicht wissend, dass er inhaftiert ist. Also beschließt Mac, sich als Murdoc auszugeben, um über den Auftragsmord an Omnus heranzukommen. Doch als Mac den Architekten in seiner Gewalt hat, ergibt plötzlich nichts mehr einen Sinn.
Murdoc ist es gelungen, mit einem Trick einen seiner Leute bei Phoenix einzuschleusen. Der befreit Daniel Holt, zusammen bringen sie das gesamte Gebäude in ihre Gewalt. Ihr Ziel: Alle Mitarbeiter der Phoenix Corporation sollen im Auftrag Murdocs getötet werden. Mac und Jack haben alle Hände voll damit zu tun, die Angreifer auszuschalten. Riley und Bozer geraten bei diesem außergewöhnlichen Einsatz an die Grenze dessen, was sie ertragen können.
Nach einer missglückten Jagd fehlt von Maggie plötzlich jede Spur. Die Winchesters machen sich sogleich auf die Suche nach ihr und werden dabei von Mary und Bobby unterstützt. Noch weiß der Rettungstrupp jedoch nicht, dass sie bald selbst in großer Gefahr schweben werden. Und dann wäre da noch Bobby, der etwas vor seinen Freunden zu verheimlichen scheint ...
Deputy Stevens meldet eine mysteriöse Geschichte aus Virginia: Ein Dämon soll ein Baby entführt haben. Agent Fox Mulder geht der Geschichte nach. Laura, der Schwester des Deputy, ist das Ungeborene angeblich bei lebendigem Leib entnommen worden. Jeder glaubt, dass Laura eine illegale Abtreibung vorgenommen hat - bis auf Mulder. Er findet heraus, dass Lauras Mann Wayne tatsächlich ein Dämon ist. Wayne hat noch eine andere Frau, Betsy, und diese ist ebenfalls von ihm schwanger.
Scully und Mulder ermitteln in dem Städtchen Kroner in Kansas gegen Daryl Mootz, der behauptet, ein Regenmacher zu sein. Viele zufriedene Kunden bestätigen seine unglaublichen Fähigkeiten. Doch Scully glaubt an einen Schwindel - auch der örtliche TV-Meteorologe Holman Hardt hält das alles für natürliche Wetterphänomene. Mulder hingegen findet heraus, dass Hardts aufgestaute Gefühle gegenüber seiner Jugendfreundin Sheila der Grund für den sintflutartigen Regen sind.
Barry will herausfinden, was mit Iris los ist und stößt schon bald auf vielsagende Hinweise. Währenddessen versucht das Team, eine künstliche Speed Force zu erschaffen, die Flash wieder zu seinen ursprünglichen Fähigkeiten verhelfen soll. Kann der Speedster neue Kraft schöpfen und seine Frau dadurch retten oder muss er sich dieses Mal völlig auf seine menschlichen Fähigkeiten verlassen?
Der Kampf um Iris und das Ende der Speed Force haben dem Team stark zugesetzt. Die Situation spitzt sich zu, als plötzlich auch noch ein schier unschlagbarer Godspeed auftaucht, um Barrys Kräfte zu stehlen. Doch der Speedster bekommt unerwartet Hilfe. Und auch die Suche nach seiner Frau steht kurz vor einer entscheidenden Wendung - aber Barry muss sich beeilen, denn Iris bleibt nicht mehr viel Zeit.
Barry hat alle Hände voll damit zu tun, Eva ausfindig zu machen und damit seine Frau aus dem Mirrorverse zu befreien. Eva feilt währenddessen weiter an ihrem Racheplan und schreitet bald darauf zur Tat. Nun braucht es die vereinten Kräfte von Team Flash, um die Frau aus der Spiegelwelt endgültig auszuschalten und die bereits geschwächte Iris rechtzeitig zu befreien. Aber wird Barrys große Liebe danach überhaupt noch dieselbe sein?