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Wer hat Rod entführt? Wo ist das Mutagen? Warum benimmt sich Rods Familie so seltsam? Alles führt zu einer Konfrontation mit Rods Vater. Aber können Mikey und seine Brüder mit Rods Hilfe den Mutanten Schmodderman besiegen?
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Die Ninja Turtles sind auf der Flucht und auf sich gestellt. Leonardo ist der Anführer. Aber wer ist er, wenn er keinen anführen kann? Leo muss nun Bishop und ihre Mechazoids aufhalten und gleichzeitig versuchen, seine Brüder zu retten.