Die Special Agents sind in Aufruhr, denn noch immer fehlt jede Spur von Anna. Vor allem Callen geht die Situation nahe, weshalb er zu allem bereit ist, um endlich einen Hinweis zum Aufenthaltsort von Katya zu bekommen. Auch Nell ist mit vollem Einsatz dabei und versucht, sich unter den strengen Augen von Admiral Kilbride als neue Führung zu beweisen.
Auf einem historischen Schlachtfeld werden Leichenteile gefunden, die von vermissten jungen Frauen stammen. Der Fall weist starke Ähnlichkeiten mit einer Mordserie vor 27 Jahren auf, allerdings ist der damalige Täter bereits gestorben. Eines der Opfer hat die Misshandlungen jedoch überlebt und sogar ein Kind, Stephen, von seinem Peiniger zur Welt gebracht. Der Verdacht fällt aber nicht nur auf Stephen, sondern auch auf den älteren Sohn des damaligen Mörders ...
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Ein Fall aus der Vergangenheit holt die Navy CIS-Agenten ein, als die Vermutung laut wird, dass sich ein russischer Spion bei ihnen eingeschleust haben könnte. Nach einem Verhör mit einem Besatzungsmitglied eines abgestürzten Kampfflugzeuges gerät Callen, der den Fall vor Monaten untersucht hat, in den Verdacht der Ermittler. Wird der Special Agent zu Unrecht beschuldigt oder spielt er in der Tat ein falsches Spiel?
Anna steht unter hohem Druck, als eine alte Bekannte wiederauftaucht. Damit ist nicht nur ihr eigenes Leben in Gefahr, sondern auch das der C.I.A. Agentin Joelle Taylor. Für Special Agent Callen und sein Team ist klar, dass sie eingreifen müssen.
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Die Situation bei den Special Agents spitzt sich zu, als Katya ihnen ein Ultimatum stellt: Joelle wird freigelassen, wenn sie zum Tausch Anna bekommt. Callen und sein Team wollen sich auf den Deal einlassen, aber die Folgen kann noch keiner absehen ...
Kensi befindet sich immer noch in der Gewalt von Sullivan, und das Team setzt alles daran, sie zu finden. Ihre Suche führt sie auch in eine Kirche, in der sie allerdings nicht Kensi, sondern Callens Ex-Freundin Joelle gefesselt vorfinden. Offenbar ist sie auch in die Maulwurf-Sache verwickelt. Außerdem versuchen die Agents weiterhin, Informationen aus Sabatino herauszupressen, doch der hält dicht. Dann kommt plötzlich Hilfe von unerwarteter Seite.
Kono hat ein heimliches Verhältnis - ausgerechnet mit Adam Noshimuri. Der schwört ihr, dass er die Familiengeschäfte in anständige Bahnen lenken will - doch so ganz traut Kono ihm nicht. Chin glaubt, er könnte mit den Yakuza unter einer Decke stecken. Steve ist in Japan, um Wo Fat bei einem Überraschungsangriff zu verhaften. Während die Verhaftung seines Erzfeindes erstaunlich reibungslos verläuft, gestaltet sich seine Überführung nach Hawaii kniffliger als gedacht ...