In einem Bergsee wird die Leiche einer vermissten jungen Frau gefunden. Frau Commissario Sonja Schwarz und Capo Matteo Zanchetti sehen sich bei den Ermittlungen im abgelegenen Heimatdorf der Toten einer Mauer des Schweigens gegenüber. Jeder der Verdächtigen, vom jähzornigen Ehemann über den jungen, unbeliebten Pfarrer bis zum machtbewussten Bürgermeister, scheint ein Geheimnis zu hüten. Die Nachfolgerin des "Gastronomen" Rossi, die gerissene Mafia-Anwältin Giulia Santoro, macht ihnen das Leben ebenfalls nicht leichter: Sie übt Druck auf einen bei der Kripo Bozen platzierten Maulwurf aus. Das dadurch entstandene Klima des Misstrauens führt auch zu Spannungen zwischen dem frisch verliebten Jonas und seinen Chefs Sonja und Matteo.
Im Innenministerium findet ein Treffen zwischen John, Gehlen, Kanzleramtsminister Globke und Innenminister Schröder statt. John wird wegen Wolfgangs "unsanften" Verhörmethoden bei Fälscher Heimann zur Rede gestellt. Wohlweislich erzählt er nichts von der verschlüsselten Liste aus Heimanns Wohnung. Unterdessen trifft Wolfgang in Belgien seinem Kontaktmann vom Mossad, der die "Heimann-Liste" entschlüsseln konnte. Mit dem israelischen Agenten handelt er einen Deal aus: Das Verteidigungsministerium bekommt Brunner, der Mossad alle anderen Kriegsverbrecher auf der Liste. Dann wird Heimann mit einer Zyankali-Kapsel im Mund tot in seiner Zelle aufgefunden. War es wirklich Selbstmord? Toni wird Gehlen gegenüber immer misstrauischer und das aufgeregte Treiben auf dem Hof ihres Vaters lässt sie zusätzlich stutzig werden. In einem unbeobachteten Moment öffnet sie eine der Kisten: Anstelle von Baustoffen wird hier etwas ganz anderes transportiert! Nach langem Ringen berichtet Toni John von ihrer Entdeckung. Johns Ehefrau Lucie, deren Familie im KZ getötet wurde, beschwört Toni, sich auf keinen Fall etwas anmerken zu lassen. Die Stimmung in der Familie ist unterkühlt, selbst der eigenen Schwester gegenüber muss Toni nun vorsichtig sein. Heimlich durchsucht sie Gehlens Büro nach Hinweisen. Und sie wird fündig: In Gehlens Kalender findet sie einen Eintrag zu "Scipio".
Zofias Vater Jan (Krzysztof Pieczynski) trifft in Berlin ein. Er lässt Josh (Ben Lloyd-Hughes) seine Verachtung spüren. Unterdessen versucht Paula (Paula Kober) ihre Schuldgefühle wegen der Tragödie im Technoclub mit Drogen zu ersticken. Ihr Vater, der Immobilienmogul Brenner (Jens Harzer), möchte indes verhindern, dass Rosa über ihn oder seine Tochter recherchiert. Rosas Freund Mark (Jerry Hoffmann) versucht unterdessen, das Immobilienprojekt mit Brenner zu retten.
Jetzt kein Risiko: Desillusioniert schreibt Jake (Ansel Elgort) lieber über Motorraddiebstähle statt über die Yakuza. Aus dem Gefängnis kehrt Hayama (Yôsuke Kubozuka), der Stellvertreter des "Oyabun", zu den Chihara-kai zurück. Sato (Show Kasamatsu) sieht es nicht gern, dass sein jüngerer Bruder Kaito (Atom Mizuishi) wie er ein Gangster werden möchte. Während sich bei der Polizei eine neue Yakuza-Taskforce bildet, nimmt Jake seine gefährliche Affäre mit Tozawas Geliebter Misaki (Ayumi Ito) wieder auf.
Sascha Zacharias alias "Rebecka Martinsson" bekommt es mit einem Fall zu tun, der die tiefen Wunden ihrer Kindheit schmerzen lässt. In "Lange Schatten" muss die Staatsanwältin ein ungeklärtes Verbrechen aufrollen, bei dem ein Kind seine Mutter verloren hat. Vernarbte Traumata, ihre Sehnsucht nach Geborgenheit und die lähmende Angst, sich auf Beziehungen einzulassen, geben der Figur der Titelheldin eine faszinierende Vielschichtigkeit, die sich unter der Fassade der lebenshungrigen Karrierejuristin befindet. Zu den Stärken der Nordic-Noir-Reihe gehört es, alle Charaktere des exzellenten Darstellerensembles zur Geltung zu bringen.