Zwar ist Michelle Lee (Liza Lapira) als Maulwurf aufgeflogen, doch wird den Ermittlern schnell klar, dass sie nur benutzt wurde. Obwohl Lee zu verhindern versucht, dass ihr Auftraggeber geschnappt wird, gelingt es Gibbs (Mark Harmon) und seinen Leuten, ihn festzusetzen. Der Mann, ein gewisser Bankston (David Eigenberg), packt aus und gibt zu, wie Lee von einem Unbekannten erpresst zu werden, der Bankstons Frau und Lees Schwester entführt hat. Der ominöse Auftraggeber ist hinter einer "Domino" genannten Datei her, die sämtliche Sicherheitspläne des NCIS enthält.
Als Marineoffizier Steve McGarrett (Alex O'Loughlin) zur Beerdigung seines Vaters nach Honolulu kommt, wird er von der Gouverneurin Hawaiis überraschend mit der Bildung einer Task Force zur Bekämpfung des organisierten Verbrechens beauftragt. McGarrett nimmt an, ohne zu zögern, da er unbedingt den Mord an seinem Vater aufklären will. Schnell hat er ein Team aufgestellt, das aus den Polizisten Danny "Danno" Williams (Scott Caan), Chin Ho Kelly (Daniel Dae Kim) sowie dessen überaus attraktiver Cousine Kona "Kono" Kalakaua (Grace Park) besteht, die gerade die Polizeischule abgeschlossen hat.
Der Computerspezialist und Ex-NSA-Mitarbeiter Roland (Scott Cohen) wird auf dem Weg zu einem Airforce-Stützpunkt entführt. Sein Sohn Evan (Colin Ford) wird am Telefon Zeuge der Tat. Das Team versucht herauszufinden, woran der Wissenschaftler gearbeitet hat. Als auch Kono (Grace Park) und Evan in die Hände der Entführer fallen, beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn die nationale Sicherheit steht auf dem Spiel...
Steve (Alex O'Loughlin), Danny (Scott Caan), Kono (Grace Park) und Chin (Daniel Dae Kim) sehen sich gemeinsam ein Footballspiel an _ doch so geruhsam wie erhofft verläuft das nicht: Mitten im Spiel bricht eine Schießerei aus, und die vier entdecken, dass Chins Cousin Sid (Sidney S. Liufau) als verdeckter Ermittler für die Verbrecher-Gang "Samoans" arbeitet. Mit seiner Hilfe können sie sich bei einer illegalen Casino-Veranstaltung einschleusen, um mehr über die Verbindung der Samoans zu einem Mafiaboss aus Jersey zu erfahren.
Nachdem Callen (Chris O'Donnell) den Chamäleon-Killer in aller Öffentlichkeit niedergeschossen hat, ist das gesamte NCIS-Team in Aufruhr: Callen wird vom Dienst suspendiert und muss sich einer eingehenden Untersuchung stellen. Hetty (Linda Hunt) versucht sich derweil an ein Leben außerhalb der Welt des Geheimdienstes zu gewöhnen...
Nach einem US-Drohnenangriff auf ein Talibanlager in Afghanistan, in dem Bomben für Terroranschläge hergestellt wurden, kommen ungewöhnliche Beweise ans Licht: Unter den Getöteten befindet sich auch ein Marine, der erst vor kurzem in den Ruhestand gegangen war. Der NCIS muss herausfinden, ob der Mann die Taliban freiwillig unterstützt hat _ oder was ihn sonst ins Lager gebracht haben könnte...
Eine ehemalige Schulfreundin von Florence (Josephine Jobert) wird tot am Fuße einer Klippe aufgefunden. Der Fall geht ihr persönlich sehr nah. Kann sie bei den Ermittlungen einen klaren Kopf bewahren?
Martin bringt Sunny mit Hilfe von Popov ins Zeugenschutzprogramm. Sie wird gut bewacht an einem einsamen Ort festgehalten. Doch die Vorschriften verlangen es, dass sie im Gerichtsgebäude vor einem Richter und einem Staatsanwalt aussagt. Es ist klar, dass Sunny extrem gefährdet ist, vor allem, da Jaro durch Boyana erfahren hat, dass Sunny noch lebt und sich in Sofia aufhält. Ivo hat sich von Jaro abgewendet. Er will seine eigenen Geschäfte machen und will die alte Truppe um Herzog, Hantel und die Zwillinge mitnehmen, aber die winken alle ab und halten Jaro die Treue. Lediglich Herzog ist bereit, seinem alten Freund hin und wieder beizustehen. Jaro spürt, dass die Situation immer komplizierter für ihn wird und er muss einen Befreiungsschlag riskieren. Er setzt Ivo auf die Liste der zu tötenden Personen auf der auch Sunny steht. Als Sunny ins Gerichtsgebäude gebracht wird passiert das Unfassbare _ sie wird von einem Killer getötet. Martin bleibt nichts übrig, als seine Verzweiflung Popov gegenüber hinauszuschreien.
Der Häftling Dawkins (Balthazar Getty) ermordet bei seiner Flucht aus dem Gefängnis drei Menschen. Und damit ist sein blutiger Feldzug noch nicht zu Ende: Steve (Alex O'Loughlin) findet heraus, dass Dawkins hinter einem Pärchen her ist, das in einer Fernsehshow eine Million gewonnen hat _ doch Steve kommt zu spät, Dawkins hat Dana (Maite Schwartz) angeschossen und Craig (Kenneth Mitchell) als Geisel genommen. Es stellt sich heraus, dass Dawkins und Craig einst Komplizen waren, die gemeinsam einen Bankraub begangen hatten. Craig hat das Geld versteckt, und das will Dawkins jetzt haben.
Während eines Familienurlaubs auf Hawaii werden die zwei jugendlichen Töchter von US-Botschafter Reeves entführt. Eine der beiden wird wenig später tot aufgefunden. Die Gouverneurin verspricht deren Mutter, dass sie die andere lebend finden wird und setzt Steve (Alex O'Loughlin) auf den Fall an. Er und sein Team finden allerdings heraus, dass US-Botschafter Reeves (Kyle Secor) der Polizei gegenüber nicht mit offenen Karten spielt.
Bei den berühmten Coral Prince Surfmeisterschaften wird der Chef von Coral Prince, Ian Adams (Mark Cunningham), auf dem Board stehend erschossen. Kono (Grace Park) trifft sich mit Ben Bass (Josh Dallas), dem Sohn von Ians Geschäftspartner und altem Freund Carlton Bass (Kevin Srorbo). Doch Ben hat mit seinem früheren Leben gebrochen. Er lebt in einem Zelt zusammen mit Gleichgesinnten in einer Strandsiedlung. Als sich herausstellt, dass Ian Adams ein Auge auf dieses Grundstück geworfen hatte, wird Ben auf einmal zum Verdächtigen...
Ein Mann kommt nachts schwer verletzt an einen Strand und bricht dort tot zusammen. Das NCIS-Team wird hinzugezogen, weil der Tote scheinbar durch einen Autounfall ums Leben gekommen ist. Er weist allerdings Verletzungen auf, die darauf hinweisen, dass er ernsthaft verprügelt wurde. Man vermutet, dass sein Tod mit einem illegalen Fight Club zusammenhängt.
Kurz vor Weihnachten wird ein Ehepaar ermordet. Zeugenaussagen weisen darauf hin, dass ein Vietnam-Veteran der Täter war. Am Tatort finden sich die Fingerabdrücke des Petty Officers Ned Quinn (Peter Coyote). Als der Mann gefunden wird, gibt er jedoch an, für die Tatzeit ein Alibi zu haben. Merkwürdig ist aber vor allem, dass Quinn offiziell tot ist, er soll 1981 bei einem Brand ums Leben gekommen sein. Ausgerechnet Ducky (David McCallum) hatte damals den Totenschein ausgestellt.
Gibbs (Mark Harmon) wird an einen 10 Jahre zurückliegenden Fall erinnert, als das Skelett des Navy-Lieutenants Poletto gefunden wird. Damals wurde unter großer öffentlicher Aufmerksamkeit die Prostituierte Celia Roberts (Martha Hackett) für den Mord an Poletto verantwortlich gemacht und sitzt dafür seither auch im Gefängnis. McGee (Sean Murray) reist nach Maryland, um Celia Roberts zu verhören und endlich Licht ins Dunkel dieses Falles zu bringen. Im Gefängnis kommt es zu einem Zwischenfall.
Vier Menschen, die an einem geheimen Regierungsprojekt beteiligt waren, kommen bei einer Explosion in einem Diner ums Leben. Offenbar hatten alle Opfer über das Internet Kontakt zu ein- und derselben Person: Doch wer verbirgt sich wirklich hinter deren Social-Media-Profil? Bei ihren Ermittlungen stoßen Deeks (Eric Christian Olsen) und Kensi (Daniela Ruah) auf ein Mädchen im Teenager-Alter, das offenbar auf Abwege geraten ist...
Der Wahlkampfberater eines Senatskandidaten wird überfahren. In kürzester Zeit avanciert der Fall zu einer Frage der nationalen Sicherheit: Handelt es sich um einen gewöhnlichen Unfall oder um ein Mordkomplott? Callen (Chris O'Donnell) und der Rest des NCIS-Teams arbeiten auf Hochtouren, um die Hintergründe des Vorfalls aufzudecken...
Scarletts Fans sind enttäuscht von ihr, weshalb sie beschließt die Journalistin Mackenzie Rhodes direkt zu konfrontieren. Bei Highway 65 ist der neue Wind zu spüren, den Alyssa Greene (Rachel Bilson) mitbringt: Will (Chris Carmack) steht für seinen ersten Werbespot vor der Kamera. Außerdem hat Avery (Jonathan Jackson) wichtige Neuigkeiten für Juliette (Hayden Panettiere)...
Rachel (Meghan Markle) erhält einen Brief, der für Harvey (Gabriel Macht) und Louis (Rick Hoffman) unerwartet Probleme schafft. Mikes (Patrick J. Adams) Stellung als Mentor für Oliver und Marissa wird auf die Probe gestellt. Und für Donna (Sarah Rafferty) hält die IT-Abteilung eine Überraschung bereit.
Eine Sammelklage, bei der Mike (Patrick J. Adams) und Harvey (Gabriel Macht) sich zusammentun, wird für beide zur Gratwanderung. Louis (Rick Hoffman) will bei einer Jahrespräsentation einen Klienten beeindrucken _ dazu braucht er Rachels (Meghan Markle) Hilfe. Währenddessen arbeiten Donna (Sarah Rafferty) und Benjamin (David Reale) daran, ihr Produkt weiterzuentwickeln.
Vier Menschen, die an einem geheimen Regierungsprojekt beteiligt waren, kommen bei einer Explosion in einem Diner ums Leben. Offenbar hatten alle Opfer über das Internet Kontakt zu ein- und derselben Person: Doch wer verbirgt sich wirklich hinter deren Social-Media-Profil? Bei ihren Ermittlungen stoßen Deeks (Eric Christian Olsen) und Kensi (Daniela Ruah) auf ein Mädchen im Teenager-Alter, das offenbar auf Abwege geraten ist...
Der Wahlkampfberater eines Senatskandidaten wird überfahren. In kürzester Zeit avanciert der Fall zu einer Frage der nationalen Sicherheit: Handelt es sich um einen gewöhnlichen Unfall oder um ein Mordkomplott? Callen (Chris O'Donnell) und der Rest des NCIS-Teams arbeiten auf Hochtouren, um die Hintergründe des Vorfalls aufzudecken...
Scarletts Fans sind enttäuscht von ihr, weshalb sie beschließt die Journalistin Mackenzie Rhodes direkt zu konfrontieren. Bei Highway 65 ist der neue Wind zu spüren, den Alyssa Greene (Rachel Bilson) mitbringt: Will (Chris Carmack) steht für seinen ersten Werbespot vor der Kamera. Außerdem hat Avery (Jonathan Jackson) wichtige Neuigkeiten für Juliette (Hayden Panettiere)...
Rachel (Meghan Markle) erhält einen Brief, der für Harvey (Gabriel Macht) und Louis (Rick Hoffman) unerwartet Probleme schafft. Mikes (Patrick J. Adams) Stellung als Mentor für Oliver und Marissa wird auf die Probe gestellt. Und für Donna (Sarah Rafferty) hält die IT-Abteilung eine Überraschung bereit.
Eine Sammelklage, bei der Mike (Patrick J. Adams) und Harvey (Gabriel Macht) sich zusammentun, wird für beide zur Gratwanderung. Louis (Rick Hoffman) will bei einer Jahrespräsentation einen Klienten beeindrucken _ dazu braucht er Rachels (Meghan Markle) Hilfe. Währenddessen arbeiten Donna (Sarah Rafferty) und Benjamin (David Reale) daran, ihr Produkt weiterzuentwickeln.
Lily und Marshall warten immer noch darauf, dass Lily endlich schwanger wird. Als sie den Fruchtbarkeitsspezialisten Dr. Stangel konsultieren, erkennen sie in ihm Barneys Doppelgänger. Die Ähnlichkeit ist so verblüffend, dass sie glauben, Barney würde ihnen einen Streich spielen. Erst als Barney, mit einer Augenbinde ausgestattet, der Untersuchung beiwohnt, lassen sie sich darauf ein. Robin tritt ihren neuen Job an und trifft dort einen alten Bekannten.
Wie es sich für echte Freunde gehört, begleitet die Clique Marshall auf einen seiner schwersten Gänge: die Beerdigung seines geliebten Vaters. Alle geben sich die größte Mühe, dem traurigen Freund zu helfen. Während Lily sich bereitwillig von Marshalls Mutter niedermachen lässt, versuchen Barney und Ted, den trauernden Sohn mit Internet-Videos auf andere Gedanken zu bringen. Robin wiederum setzt auf die Klassiker: Nikotin, Alkohol und Tabletten.
Zoey meint es gut mit Ted. Sie versucht, ihn mit ihrer hübschen Cousine Honey zusammenzubringen und organisiert ein Treffen im McLaren's. Da sich Ted nicht allzu interessiert zeigt, schlägt Barney gnadenlos zu und schleppt Honey ab. Obwohl Zoey im Stillen froh darüber ist, distanziert sich Ted auch von ihr. Die Tatsache, dass Zoey verheiratet ist, verbietet ihm, tiefere Gefühle zuzulassen. Als Zoey daraufhin eine Erklärung verlangt, kann er ihr jedoch nicht die Wahrheit sagen.
Eigentlich wollte Marshall seine Mutter nach dem Tod des Vaters unterstützen und ist noch in Minnesota geblieben. Statt ihr ein hilfreicher und guter Sohn zu sein, mutiert er zum pubertären Jugendlichen und lässt sich von vorne bis hinten bedienen. Lily, die ihn am Valentinstag überraschen will, erkennt Marshall kaum wieder. Auch zwischen Ted und Zoey knistert es wieder gewaltig, was vor allem Ted schwer beunruhigt.
Als ein Wissenschaftler beim Erklimmen eines aktiven Vulkans überraschend den Tod findet, deutet alles auf natürliche Ursachen hin. Doch der Fall erweist sich für Humphrey (Kris Marshall) und sein Team als ausgesprochen schwierig...