Ein beliebter Volleyball-Coach ist ermordet worden. Die erste Spur führt Steve (Alex O'Loughlin) und sein Team zu dessen Vermietern, Karl und Trisha Joyner (Meredith Monroe). Karl ist in Geldwäschegeschäfte verwickelt. Als er erschossen wird, flüchtet Trisha. Kono (Grace Park) ist unterdessen in Fryers Auftrag mit einem riskanten Undervover-Einsatz befasst und soll den Gangsterboss Delano (William Baldwin) ausspionieren. Steve muss Kono in die Höhle des Löwen ziehen lassen, um das Leben von Trisha zu retten.
Die NCIS L.A.-Agenten und Team Red arbeiten weiter gemeinsam daran, einen geschickt agierenden Terroristen dingfest zu machen. Bei der Jagd kommen alle Mittel des NCIS zum Einsatz, von der technischen Expertise und den versierten Einsatzteams der Kollegen aus L.A. bis hin zu den Trucks "Laverne und Shirley", mit denen Team Red unterwegs ist...
Der mit Zyanid versetzte Inhalt eines Wasserspenders wird einem Navy-Lieutenant zum tödlichen Verhängnis, während ein Pilot, der sich aus dem gleichen Behälter bedient hat, noch in Lebensgefahr schwebt. Das NCIS-Team muss herausfinden, ob die Tat den beiden Soldaten galt _ oder ob es sich um den Probelauf für einen weitaus größeren und verheerenderen Giftanschlag handelt...
Toby und Michelle verfolgen einen Mordverdächtigen. Ausgerechnet der neue Polizeichef mischt sich ein und verhindert schließlich sogar die Festnahme. Dann kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall. Ein Gangster schießt auf Toby und Michelle. Um Michelles Leben zu retten, bleibt Toby nur eine Möglichkeit: Er nimmt die zu Boden gefallene Waffe _ und tötet zum ersten Mal in seinem Leben einen Menschen.
Nachdem er einen Verdächtigen erschossen hat, leidet Toby unter einem posttraumatischen Stresssyndrom. Außerdem wird wegen des Vorfalles intern gegen ihn ermittelt. Als wenn das noch nicht genug wäre, hat Toby im Krankenhaus auch noch eine äußerst beunruhigende Vision von einem bevorstehenden Attentat. Anscheinend plant jemand, einen französischen Politiker zu ermorden, der gerade das Land besucht.
Danny (Donnie Wahlberg) wird verdächtigt, unverhältnismäßig starke Gewalt angewendet zu haben. Frank (Tom Selleck) muss sich nun entscheiden, ob er zu seinem Sohn halten oder stattdessen den Ruf der ihm unterstellten Polizisten verteidigen will. Als Jamie (Will Estes) wiederum einen Obdachlosen ins Krankenhaus bringt, lernt er dort eine sehr attraktive Ärztin kennen. Eddie (Vanessa Ray) kann daraufhin ihre Eifersucht nicht verbergen.
Nach dem Mord an dem erfolgreichen Geschäftsmann Jake ermittelt die Sondereinheit im Umfeld einer Stiftung, die vom Opfer gegründet wurde: Diese holt Jugendliche von der Straße und ermöglicht ihnen das Kampfkunst-Training in Sporthallen. Dort hofft das Team auch den Täter zu finden. Unterdessen taucht Wo Fat (Mark Dacascos) in Joes Wohnung auf, es kommt zu einem spektakulären Kampf. Joe (Terry O'Quinn) warnt Steve (Alex O'Loughlin) daraufhin noch einmal vor den Folgen weiterer Ermittlungen, doch Steve will einfach nicht aufgeben.
Die Dokumentarfilmer Christian (Ryan Devlin) und Kat (Tani Lynn Fujimoto) wollen auf einem alten Friedhof Geister von hawaiianischen Kriegern filmen. Wenig später wird das Team zum Friedhof gerufen, da dort eine Hand aus einem flachen Grab herausragen soll. Die Durchsuchung des Geländes erweist sich jedoch als schwierig, da es sich um heilige Erde handelt, und ein Priester erst die Erlaubnis erteilen muss. Danny (Scott Caan), der keinen Respekt vor der fremden Kultur hat, begibt sich auf eigene Faust auf Spurensuche. Prompt handelt er sich einen Fluch ein.
Als ein Privatflugzeug in Küstennähe ins Meer stürzt, ruft das Steve McGarrett (Alex O'Loughlin) und sein Team auf den Plan. Wie sich herausstellt, war die einzige Insassin, die Zollbeamtin Monica Jennsen, bereits vor dem Absturz tot. Ihr Chef Morrison (Greg Grunberg) steht dem Ermittlerteam mit Rat und Tat zur Seite, um diesen Mord aufzuklären. Offiziell war Monica Jennsen damit beschäftigt, Frachtbriefe zu kontrollieren. Doch offenbar war sie dabei einem Verbrechen ungeahnten Ausmaßes auf die Spur gekommen...
Gibbs (Mark Harmon) wird angeschossen. Der Täter ist der Sohn von Michael Rose (MacKenzie Rose). Gibbs hatte Rose Senior kurz zuvor des Mordes überführt. Rose war in einer verzweifelten finanziellen Lage und hat sich deshalb auf krumme Geschäfte eingelassen. Sein Sohn (Jordan Garrett) ist völlig außer sich, weil Gibbs seinem Vater nicht helfen wollte. Während Gibbs bewusstlos wird, läuft sein Leben noch mal vor seinem geistigen Auge ab, und er fragt sich, wie sein Leben verlaufen wäre, wenn er einiges anders gemacht hätte...
Ein Navy-Offizier und ein Blumenhändler werden in dessen Laden erschossen. Beide gehörten der "Real Life Superhero"-Bewegung an, einer Art Bürgerwehr, die in Vierteln mit hoher Kriminalität für Ordnung sorgt. Das NCIS-Team ermittelt unter den Möchtegern-Superhelden und wird dabei von der Journalistin Wendy Miller (Perrey Reeves) unterstützt, mit der Tony (Michael Weatherly) früher verlobt war. Die Spuren führen zu einem Immobilienhai, dem die Superhelden ein Dorn im Auge sind.
Robert Banks (Richard Gleason), ein hochgeachteter Psychologe, der für eine Geheimabteilung des Pentagons tätig war, wird erhängt in seinem Haus aufgefunden. Dr. Cranston (Wendy Makkena), eine Freundin und seine Ärztin, ist erschüttert und überzeugt, dass sich Banks niemals umgebracht hätte. Bei seinen Ermittlungen lernt Gibbs (Mark Harmon) auch Cranstons Kollegin Samantha Ryan (Jaime Lee Curtis) kennen, die ebenfalls gut mit Banks bekannt war. Die beiden Frauen sind einander in herzlicher Rivalität verbunden.
Ein Einsatzkommando hat einen berüchtigten mexikanischen Kartellboss getötet _ doch dessen Leiche verschwindet kurz darauf spurlos. Kensi (Daniela Ruah) und Deeks (Eric Christian Olsen) reisen nach Mexiko, um sich vor Ort ein Bild von der Lage zu machen. Callen (Chris O'Donnell) und Sam (LL Cool J) kümmern sich unterdessen um eine undichte Stelle: Die NCIS-Agenten vermuten, dass es bei ihren Kollegen von der Drogenvollzugsbehörde DEA einen Verräter gibt...
Hetty (Linda Hunt) beauftragt Callen (Chris O'Donnell) und den Rest ihres Teams, eine vermisste Person ausfindig zu machen. Callen kommt schon bald der Verdacht, dass mehr hinter dem Fall steckt: Offenbar war die gesuchte Frau früher als Undercover-Agentin für den NCIS tätig und ist bestens mit Hetty bekannt...
In Woodbury trifft der Governor (David Morrissey) alle Vorbereitungen für den Kampf gegen die Gruppe um Rick (Andrew Lincoln). Er gibt den Befehl aus, alle zu töten, die das Gefängnis verlassen und in die Stadt kommen _ bis auf Michonne (Danai Gurira). Milton ist entsetzt, als er von diesem Plan erfährt. Er erzählt Andrea (Laurie Holden) davon, die sich umgehend zum Gefängnis aufmacht, um Rick und die anderen zu warnen. Der Governor erfährt von Andreas Flucht und verfolgt sie. In einem alten Fabrikgebäude kann er sie stellen. In der Zwischenzeit kommt es zu einem Kampf zwischen Tyreese und Allen.
Anscheinend hat Rick über Michonnes Schicksal endgültig entschieden. Er bittet Merle, ihm zu helfen, sie nach Woodbury zu entführen. Doch auf dem Weg zu dem Treffen mit dem Governor kann Michonne Merle überzeugen, sie wieder freizulassen. Merle beschließt daraufhin, stattdessen seinen Auftraggeber zu töten. Mit einer Horde Zombies gelangt er tatsächlich unbemerkt zu dem Gebäude, in dem sich der Governor aufhält. Er kann sogar einige von dessen Männern erschießen, doch das Attentat misslingt, und Merle wird gefangen genommen. Im Gefängnis macht Glen währenddessen Maggie einen Heiratsantrag.
Frank (William H. Macy) fürchtet, dass er und sein neuer "Gallagher-Clan" bald die nächste Unterkunft verlieren könnten. Daher entwickelt er einen kreativen Plan, um dies schnellstmöglich zu verhindern. Auch Fiona (Emmy Rossum) wird kreativ, um die Geschäfte im "Patsy's Pies" anzukurbeln: Sie veranstaltet eine 20er-Jahre-Party samt illegalem Alkoholausschank, um neue Kundschaft anziehen. Kevin (Steve Howey) und Veronica (Shanola Hampton) streiten sich unterdessen darüber, wie sie mit Svetlanas Vater Yvon verfahren sollen...
Ein Einsatzkommando hat einen berüchtigten mexikanischen Kartellboss getötet _ doch dessen Leiche verschwindet kurz darauf spurlos. Kensi (Daniela Ruah) und Deeks (Eric Christian Olsen) reisen nach Mexiko, um sich vor Ort ein Bild von der Lage zu machen. Callen (Chris O'Donnell) und Sam (LL Cool J) kümmern sich unterdessen um eine undichte Stelle: Die NCIS-Agenten vermuten, dass es bei ihren Kollegen von der Drogenvollzugsbehörde DEA einen Verräter gibt...
Hetty (Linda Hunt) beauftragt Callen (Chris O'Donnell) und den Rest ihres Teams, eine vermisste Person ausfindig zu machen. Callen kommt schon bald der Verdacht, dass mehr hinter dem Fall steckt: Offenbar war die gesuchte Frau früher als Undercover-Agentin für den NCIS tätig und ist bestens mit Hetty bekannt...
In Woodbury trifft der Governor (David Morrissey) alle Vorbereitungen für den Kampf gegen die Gruppe um Rick (Andrew Lincoln). Er gibt den Befehl aus, alle zu töten, die das Gefängnis verlassen und in die Stadt kommen _ bis auf Michonne (Danai Gurira). Milton ist entsetzt, als er von diesem Plan erfährt. Er erzählt Andrea (Laurie Holden) davon, die sich umgehend zum Gefängnis aufmacht, um Rick und die anderen zu warnen. Der Governor erfährt von Andreas Flucht und verfolgt sie. In einem alten Fabrikgebäude kann er sie stellen. In der Zwischenzeit kommt es zu einem Kampf zwischen Tyreese und Allen.
Anscheinend hat Rick über Michonnes Schicksal endgültig entschieden. Er bittet Merle, ihm zu helfen, sie nach Woodbury zu entführen. Doch auf dem Weg zu dem Treffen mit dem Governor kann Michonne Merle überzeugen, sie wieder freizulassen. Merle beschließt daraufhin, stattdessen seinen Auftraggeber zu töten. Mit einer Horde Zombies gelangt er tatsächlich unbemerkt zu dem Gebäude, in dem sich der Governor aufhält. Er kann sogar einige von dessen Männern erschießen, doch das Attentat misslingt, und Merle wird gefangen genommen. Im Gefängnis macht Glen währenddessen Maggie einen Heiratsantrag.
Frank (William H. Macy) fürchtet, dass er und sein neuer "Gallagher-Clan" bald die nächste Unterkunft verlieren könnten. Daher entwickelt er einen kreativen Plan, um dies schnellstmöglich zu verhindern. Auch Fiona (Emmy Rossum) wird kreativ, um die Geschäfte im "Patsy's Pies" anzukurbeln: Sie veranstaltet eine 20er-Jahre-Party samt illegalem Alkoholausschank, um neue Kundschaft anziehen. Kevin (Steve Howey) und Veronica (Shanola Hampton) streiten sich unterdessen darüber, wie sie mit Svetlanas Vater Yvon verfahren sollen...
Robin und Barney haben die Notbremse gezogen und sich getrennt. Während Robin von Männern erst einmal die Nase voll hat, stürzt sich Barney voller Elan in seine alten Gewohnheiten und schleppt mit Hilfe seines legendären "Playbooks" Frauen ab. Lily findet dieses Handbuch für Aufreißer verachtenswert und bringt es deshalb an sich. Doch sie hat ihre Rechnung ohne Barney gemacht.
Es könnte alles so schön sein: Lily und Marshall feiern bei sich zu Hause mit ihren Freunden Thanksgiving. Die Stimmung ist ausgezeichnet, bis Lilys Vater auftaucht. Auf ihn ist Lily überhaupt nicht gut zu sprechen, weil er sie als Kind vernachlässigt hat. Währenddessen durchleidet Barney ein Martyrium. Denn Marshall hat noch zwei Ohrfeigen gegen ihn gut und schenkt Ted und Robin eine davon. Doch die beiden können sich nicht einigen.
Ted ist außer sich vor Freude. Endlich ist Maggie, die schon seit Jahren seine Traumfrau ist, wieder Single. Und er will diese Chance nicht ungenutzt verstreichen lassen. Doch Maggie ist ein wahrer Männermagnet, so sieht sich Ted innerhalb kürzester Zeit mit einer ganzen Reihe von Rivalen konfrontiert. Einer davon ist ausgerechnet Barney. Unterdessen findet Marshall einen Brief, den er vor vielen Jahren an sein erwachsenes Ich geschrieben hat.
Toby und Michelle verfolgen einen Mordverdächtigen. Ausgerechnet der neue Polizeichef mischt sich ein und verhindert schließlich sogar die Festnahme. Dann kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall. Ein Gangster schießt auf Toby und Michelle. Um Michelles Leben zu retten, bleibt Toby nur eine Möglichkeit: Er nimmt die zu Boden gefallene Waffe _ und tötet zum ersten Mal in seinem Leben einen Menschen.