Ein kleines Privatflugzeug stürzt in Küstennähe ins Meer. Gerichtsmediziner Max stellt noch am Tatort fest, dass die einzige Insassin bereits vor dem Aufprall tot war. Bei der Toten handelt es sich um die Zollbeamtin Monica Jennsen. Ihr Chef Morrison steht dem Ermittlerteam mit Rat und Tat zur Seite, um diesen Mord aufzuklären. Offiziell war Monica Jennsen damit beschäftigt, Frachtbriefe zu kontrollieren. Doch offenbar war sie einer grösseren Sache auf der Spur ... Ex-Navy-Seal Steve McGarrett bildet nach der Ermordung seines Vaters durch Terroristen eine neue Spezialeinheit. 'Five-0' operiert in direktem Auftrag der Gouverneurin und mit kompletter Immunität. Dies führt zur Anwendung von Methoden, die bei Steves Partner, dem Cop 'Danno' Williams nicht immer auf Gegenliebe stossen. Das Team wird zudem verstärkt durch Chin Ho Kelly, einem Ex-Cop, der durch einen Bestechungsskandal in Ungnade gefallen war, sowie dessen Cousine Kono, die gerade die Polizeiakademie absolviert hat. Während der in Gammel-Look herumlaufende Steve McGarrett oft Risiken eingeht und so mitunter auch das Team in Gefahr zu bringen droht, ist sein Kollege Danno Williams eher ruhig-introvertiert und setzt auf bedächtige Ermittlungen. Klar, dass die beiden gegenseitigen Typen so des Öfteren miteinander anecken.
Gibbs und sein Team haben es mit einem unsichtbaren Feind zu tun: Mehr als 30 Kinder, die auf Militärstützpunkten leben, infizieren sich beinahe gleichzeitig mit einer rätselhaften Krankheit. Abby und Jimmy arbeiten fieberhaft daran, den Erreger zu identifizieren. Dabei kommen in Jimmy angesichts der bevorstehenden Adoption eines Babys Zweifel an seinen Vaterqualitäten auf. Kann Abby seine Sorgen vertreiben und den Fall lösen? Die Ermittler des Naval Criminal Investigative Service (NCIS) treten immer dann auf die Bühne, wenn Mitglieder der U.S. Navy oder des U.S. Marine Corps in Verbrechen verwickelt sind. Chef des Ermittlungsteams ist Special Agent Leroy Jethro Gibbs, der zunächst Unterstützung von Tony DiNozzo und Kate Todd. Ebenfalls im Team sind die Forensiker Abby Sciuto und der Gerichtsmediziner Donald "Ducky" Mallard. Gemeinsam mit dem jungen Agenten Timothy McGee, der im Laufe der ersten Staffel zu der Truppe stösst, gilt es, Morde und andere Straftaten aufzuklären.
Der zuletzt etwas glücklose Kautions-Cop Milo Boyd hat soeben seinen persönlichen Traumjob ergattert: Er soll seine Ex ins Gefängnis bringen! Denn seine geschiedene Frau, die Reporterin Nicole Hurley, ist nicht rechtzeitig vor Gericht erschienen. Zunächst glaubt Milo, dass dieser Auftrag leicht verdientes Geld für ihn bedeutet, doch als Nicole ihm abermals entwischt, merkt er, dass es offenbar nichts gibt, das in ihrer Beziehung jemals glatt läuft. Nicole versucht fortan mit allen Mitteln, ihren Ex abzuschütteln, denn sie recherchiert gerade in einem Mordfall und verfolgt selbst die Spur eines Tatverdächtigen. Das zerstrittene Paar versucht fortan, sich gegenseitig nach allen Regeln der Kunst auszutricksen - bis die beiden plötzlich um ihr eigenes Leben rennen müssen. Milo und Nicole glaubten, ihr Versprechen, sich für immer zu lieben, zu ehren und einander zu gehorchen, bis dass der Tod sie scheidet, war bereits schwer einzuhalten - doch wie sich jetzt herausstellt, ist es noch weit schwieriger für die zwei, am Leben zu bleiben.
Obwohl der smarte und coole Beck sich weigert, mit Pistolen zu arbeiten, ist er als knallharter Kopfgeldjäger im Untergrund von L.A. gefürchtet. Eigentlich aber plant Beck seinen Ausstieg aus der Headhunter-Branche: Er will stattdessen seinen Traum von einem kleinen, feinen Restaurant verwirklichen. Doch so einfach will ihn sein Boss Billy Walker nicht ziehen lassen. Zuvor muss Beck noch ein letztes Mal sein Können unter Beweis stellen: Er soll Travis, den vorlauten Sohn seines Chefs, aus dem brasilianischen Dschungel zurückholen. Auf der Flucht hat dieser sich in den Amazonas verzogen und sucht dort nach einem wertvollen Schatz. Der anfangs simple Routine-Job entpuppt sich schon bald als wilde Hetzjagd durch den Urwald.
Herbst 1989 in der Metropole Berlin: Der Zusammenbruch des Kommunismus steht zwar kurz bevor, doch der Kalte Krieg zwischen den Supermächten USA und Sowjetunion hat hier seinen Höhepunkt erreicht. Die MI6-Agentin Lorraine Broughton wird nach Berlin entsendet, um den Mord eines anderen Undercover-Agenten zu untersuchen. Er ist von einem rücksichtslosen Spionage-Ring getötet worden, wobei noch unklar ist, was das Motiv für die Tat war. Sie soll den Mord aufklären und die Täter zur Verantwortung ziehen. Ausserdem erhält sie den Auftrag, ein wichtiges Dokument sicherstellen, das die Identitäten aller Doppelagenten aus Ost- und Westberlin enthält und das der Tote bei sich getragen haben soll. Um ihre Mission erfolgreich zu meistern, muss Lorraine sich trotz Unbehagen mit David Percival, dem Leiter der Berliner MI6-Niederlassung, zusammenschliessen. Denn nur durch die Kombination ihrer Fähigkeiten kann die Gefahr vielleicht noch gebannt werden, die alle Geheimdienst-Operationen bedroht.