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Molly stösst neu zu den Men in Black. Als Kind hat sie Dinge beobachtet, die sie 20 Jahre lang nicht vergessen konnte - anders als bei ihren Eltern, wurde ihre Erinnerung nämlich nicht gelöscht bzw. geblitzdingst. Also hat sie sich auf die Suche nach der strenggeheimen Organisation gemacht, die damals alles vertuschte. Nun will sie selbst auf die Jagd nach Aliens gehen - bzw. mit ihnen zusammenarbeiten, um den Planeten sicherer zu machen. Tatsächlich wird Molly von Agent O bei den Men in Black willkommen geheissen - und für eine ihrer ersten Missionen gleich nach London geschickt. Dort teilt High T sie ihrem neuen Partner zu: Agent H. Bald sehen sie sich auf internationaler Ebene einer unmöglichen Bedrohung ausgesetzt: Als Schwarm macht sich eine ausserirdisches Wesensform auf der Erde breit, die ihre Gestalt verändern kann. Es wird immer unklarer, wem das Duo noch vertrauen kann und mit dem Alien Pawny im Schlepptau muss zu allem Übel auch noch ein Maulwurf in den eigenen Reihen enttarnt werden.
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Ohne sich an sein bisheriges Leben zu erinnern, wacht Thomas plötzlich in einem Fahrstuhl auf. Als sich die Tür öffnet, wird er von einer Gruppe Jungen in einer The Glade genannten Beton-Konstruktion willkommen geheissen. Er erfährt von Gally und Newt, dass seit zwei Jahren jeden Monat ein Junge auf dieselbe Weise im Glade angekommen ist, welches von einem tödlichen Labyrinth umgeben ist. Jede Nacht schliesst sich das Labyrinth und ändert die Stellung der Wände. Falls die Runner es vor Ende des Tages nicht zurück aus dem Labyrinth schaffen, drohen sie ein Opfer der Grievers genannten Monster zu werden, die nachts das Labyrinth bevölkern. Ihre Stiche führen zu einer schmerzhaften Umwandlung, zu der auch Erinnerungen an das vorherige Leben gehören. Kurze Zeit später kommt erstmals ein Mädchen ins Glade und verkündet, dass sie die letzte sei, bevor sie ins Koma fällt. Als sie erwacht, prophezeit sie, dass sich alles ändern wird. Daraufhin werden plötzlich die wöchentlichen Versorgungslieferungen aus der Aussenwelt eigestellt und die Tore des Labyrinths schliessen sich nicht mehr über Nacht. Damit sind die Jugendlichen den Grievers schutzlos ausgeliefert.
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