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Nachdem Jason Bourne in den vorangegangenen drei Teilen nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicki Parsons untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten, kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiss Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen hatten, mit ihm vorhatten. Also versucht er - verfolgt von CIA-Agenten wie Heather Lee und Robert Dewey - die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.
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'47', das sind die beiden Ziffern eines Strichcodes, den man in den Nacken des Mannes tätowiert hat, von dem nichts weiter als sein Name bekannt ist: Agent 47, ein Killer mit Prinzipien und Nerven wie Drahtseile. Doch aus dem kühlen Jäger wird auf einmal selbst ein Gejagter: Er gerät in die Fänge eines politischen Machtspiels und wird zur Zielscheibe von Interpol und dem russischen Militär. Während er den Attacken seiner Gegner ausweicht, kämpft Agent 47 darum, herauszufinden, wer ihn aus dem Weg räumen will - und vor allen Dingen: warum. Die grösste Bedrohung besteht für ihn allerdings in der geheimnisvollen, attraktiven Frau Nika.