Drei Navy-Veteranen werden erschossen in einem Motelzimmer aufgefunden. Das NCIS-Team ermittelt und bekommt Verstärkung von Sam Hanna, der nach seiner Rückkehr aus Hawaii Politiker in D.C. über die militärische Sicherheitslage auf dem Laufenden hält. Knight und Torres haben einen Verdächtigen aufgegriffen, der nur mit Sam sprechen will. Der denkt zuerst an seinen alten Kameraden und Freund Mark Davis, doch der Verdächtige entpuppt sich als dessen Bruder Roger. Er hat mit dem Dreifachmord nichts zu tun und sucht nach dem verschwundenen Mark. Die Spur führt zu der Arbeitsvermittlerin Beth Allen, die Mark und den drei Veteranen Jobs bei der privaten Militärfirma Iron Horizon besorgt hat. Wie sich herausstellt, setzt diese Firma die Veteranen als Personenschützer für Verbrecher und Diktatoren ein. Mark wollte dem ein Ende machen und hat das Allen erzählt. Daraufhin verschwand er in den Fängen russischer Söldner, die ihn umbringen sollten. Allen steckt hinter diesen schmutzigen Geschäften. Das NCIS-Team findet Mark auf einem Transportschiff, wo er gefoltert wurde. Sie befreien ihn und legen den Verbrechern das Handwerk. Vance bietet Sam an, der nach dieser Ermittlung seinen Job in der Politik kündigen will, jederzeit wieder beim NCIS anzufangen. Er hat auch von McGees geheimer Ermittlung gegen LaRoche erfahren und schärft ihm ein, dass er nur aktiv werden soll, wenn er sich absolut sicher ist, dass sich LaRoche etwas hat zu Schulden kommen lassen. Die Ermittler des Naval Criminal Investigative Service (NCIS) treten immer dann auf die Bühne, wenn Mitglieder der U.S. Navy oder des U.S. Marine Corps in Verbrechen verwickelt sind. Chef des Ermittlungsteams ist Special Agent Leroy Jethro Gibbs, der zunächst Unterstützung von Tony DiNozzo und Kate Todd. Ebenfalls im Team sind die Forensiker Abby Sciuto und der Gerichtsmediziner Donald "Ducky" Mallard. Gemeinsam mit dem jungen Agenten Timothy McGee, der im Laufe der ersten Staffel zu der Truppe stösst, gilt es, Morde und andere Straftaten aufzuklären.
Kai und Jesse sollen den Personenschutz für eine Informantin übernehmen, die dem FBI im Fall eines Waffenhändlers wichtige Anhaltspunkte liefern soll. Dabei ahnen sie nicht, dass das Mädchen etwas im Schilde führt. Derweil ist Milius zurück auf Hawaii und macht Alex ein Geständnis. Der Special Agent in Charge der NCIS-Niederlassung im Marinestützpunkt auf Pearl Harbor führt ein Team von Agenten, die versuchen, ihren Pflichten für Familie ebenso nachzukommen wie denen für ihr Heimatland. Sie ermitteln in Fällen, die Marine-Angehörige, die nationale Sicherheit und Geheimnisse der Inseln betreffen.
Das Team geht in den Strassen von Los Angeles auf Streife, um wieder mehr Kontakt mit der Bevölkerung zu bekommen. Da kommt es zum Mord an einem jungen Schwarzen. Hondo ermittelt. Daniel 'Hondo' Harrelson ist ein in L.A. aufgewachsener Lieutenant der Polizei. Er ist hin- und hergerissen zwischen seinen Verbindungen zur Strasse und seinem Pflichtbewusstsein, als ihm die Leitung einer Spezialeinheit übertragen wird, die als Ultima Ratio für die Aufklärung von Verbrechen in der Millionen-Metropole gilt: dem Special Weapons and Tactics Team.
Nachdem Geheimdokumente in falsche Hände gelangen, muss Hondos Team Anschläge auf Ex-Militärs vereiteln. Luca steht nach einem Krankheitsfall in der Familie vor einer schwierigen Entscheidung. Daniel 'Hondo' Harrelson ist ein in L.A. aufgewachsener Lieutenant der Polizei. Er ist hin- und hergerissen zwischen seinen Verbindungen zur Strasse und seinem Pflichtbewusstsein, als ihm die Leitung einer Spezialeinheit übertragen wird, die als Ultima Ratio für die Aufklärung von Verbrechen in der Millionen-Metropole gilt: dem Special Weapons and Tactics Team.