Gibbs bekommt von der Anwältin Carrie Clark (Salli Richardson-Whitfield), einer ehemaligen FBI-Agentin, den vertraulichen Hinweis, dass an einem Unfall mit Fahrerflucht etwas faul sei. Auf dem Navy-Stützpunkt Quantico wurde eine Soldatin überfahren. Der Täter beging Fahrerflucht. Der NCIS ermittelt Justin Dunne als den Besitzer des Fahrzeugs. Der behauptet aber, nicht selbst gefahren zu sein. Der Anwältin hat er allerdings im Vertrauen gestanden, während der Unfallzeit einen Mord begangen zu haben. Gibbs deckt bald ein perfides Mordkomplott auf.
Offenbar wurden als Werbegeschenke getarnte, verwanzte Kugelschreiber gezielt an Navy-Angehörige und Entscheidungsträger in der Wirtschaft verschickt. Auch SecNav Sarah Porter hatte einen bekommen und unterstützt jetzt das NCIS-Team bei seinen Ermittlungen. Sie hatte schon vor längerer Zeit vor genau diesem Szenario gewarnt. Obwohl sie keine ausgewiesene Teamplayerin ist, kann sie Gibbs' in seinen Bemühungen voranbringen.
Don Dell, ein zu lebenslanger Haft verurteilter Mörder, entkommt auf einer Überführungsfahrt zu einem Krankenhaus. Den Weg des hochgefährlichen Flüchtigen quer durch Texas pflastern viele - allesamt mit einem Markenzeichen versehen, dass den Profilern der BAU äußerst bekannt vorkommt: zugenähte Münder. Hotch sieht sofort Parallelen zu einem Serienkiller, der niemals gefasst werden konnte: "Der Silencer".
Innerhalb weniger Stunden geschehen in San Diego und Los Angeles zwei Morde. Zunächst scheinen sie nichts miteinander gemein zu haben, doch Hotch findet dann doch grausame Parallelen: Beide Opfer wurden erschlagen und anschließend hinter einem Fahrzeug hergezogen. Die BAU geht von zwei Killern aus, die diese Morde gemeinsam begehen.
Ein rätselhafter Mord führt Hotch und sein Team nach Kansas City, wo eine dreiköpfige Familie tot aufgefunden wurde. Nur Sohn Scott überlebte das Massaker, für das zunächst der Vater verantwortlich gemacht wird. Als eine weitere wohlhabende Familie kurze Zeit später verschwindet, ist das Team der BAU in Alarmbereitschaft und sucht fieberhaft nach der Verbindung zwischen beiden Familien. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.
Ein Serientäter treibt in New Mexiko sein Unwesen. Er amputiert Männern die Beine und hinterlässt die verstümmelten Opfer in der Wüste. Als man weitere Leichen findet, denen die zuvor amputierten Gliedmaßen transplantiert wurden, gehen die Profiler der BAU von einem Narzissten aus, der mit seinen abartigen Experimenten, etwas Göttliches verbringen will.
In La Grande, Oregon, verschwinden binnen kurzer Zeit vier Männer. Weder die örtliche Polizei noch die BAU können Überschneidungspunkte zwischen den Vermissten feststellen. Nachdem der Erste tot aufgefunden wird, geht das Team von einer Täterin aus, die nach einem zeugungsfähigen Mann sucht. Als dann aber eine Schwangere mit entfernter Plazenta in ein Krankenhaus eingeliefert wird, glaubt Reid an einen okkulten Hintergrund der Tat.
Als eine junge Prostituierte in Miami übel zugerichtet und erstickt aufgefunden wird, stellen die Profiler der BAU erschreckende Parallelen zu einigen Morden an Tieren fest. Während die erste Tat noch schlampig ausgeführt wurde, scheint der Mörder bei der zweiten Prostituierten, die kurze Zeit später aufgefunden wird, genauer gearbeitet zu haben. Ist hier ein Profi am Werk, der seinen Lehrling heranzieht?
Bull betreut die Firmenchefin Ginny Bretton . Ihr Unternehmen soll für den Tod eines Mitarbeiters verantwortlich sein, der bei einem Unfall mit einem selbstfahrenden Auto ums Leben gekommen ist. Schon bald hat Bull den Verdacht, dass Bretton ihm nicht die ganze Wahrheit erzählt.
Bull wird zu einem Zivilprozess hinzugezogen, den die Eltern eines 17-jährigen Jungen angestrengt haben, der von seiner Lehrerin verführt wurde und ein Verhältnis mit ihr hatte. Sie hat bereits ihren Job und ihre Lehrerlizenz verloren, doch den Eltern ist das nicht genug. Als der Teenager plötzlich die Seiten wechselt, muss Bull seine komplette Verhandlungsstrategie neu ausrichten.
Nach dem Mord an einem Marine finden Gibbs und sein Team heraus, dass das Mordopfer in Verbindung zu Eddie Macklin stand. Das ist der aktuelle Lebensgefährten von Diane Sterling , mit der sowohl Gibbs als auch Agent Fornell verheiratet waren. Schnell wird Gibbs klar, dass mit Eddie etwas nicht stimmt. Unterdessen versucht sich die frühere NSA-Agentin Ellie Bishop als neue Mitarbeiterin ins NCIS-Team zu integrieren.
Die Hoffnung des NCIS-Teams auf besinnliche Weihnachtsfeiertage ist schnell dahin, als einige Dutzend Kinder von Militärangehörigen fast gleichzeitig an einer rätselhaften Infektion erkranken. Gibbs und seine Leute schließen einen Terror-Anschlag mit Biowaffen nicht aus. Abby und Jimmy tun sich mit dem Naval Medical Research Center zusammen, um die Krankheit schnellstmöglich eindämmen zu können. Vance bekommt unterdessen Besuch von seinem Schwiegervater.
Der berüchtigte Terrorist Benham Parsa hat mit einer gestohlenen Drohne einen Navy-Angehörigen getötet und plant offenbar einen noch größeren Anschlag. Um das zu verhindern, kooperiert Gibbs' Team mit dem Verteidigungsministerium. Dabei kommt es zu einem Treffen zwischen Gibbs und seiner Ex-Freundin Hollis Mann , die inzwischen Lt. Colonel bei der Army ist. Ziel des geplanten Anschlags ist die Conrad-Gala. Dort soll McGees Freundin Delilah ausgezeichnet werden.
Einer der drei afghanischen Soldaten, die sich zur Ausbildung in Los Angeles aufhalten, wurde erstochen aufgefunden. Das NCIS-Team verdächtig eine Terrorzelle, die Al-Kaida nahesteht. Als auch die beiden anderen Afghanen vermisst werden, arbeiten die Team-Mitglieder auf Hochtouren. Sie wollen verhindern, dass die Terroristen die Männer foltern und ihnen Militärgeheimnisse entlocken. Inzwischen meldet sich Sam nach seiner Verwundung zum Dienst zurück. Einige Kollegen finden, das sei zu früh.