Das NCIS-Team untersucht ein Feuer auf einem Schiff, das als Gefangenenlager für angeklagte Terroristen dient. Unklar ist, ob es sich bei dem Brand um einen Unfall oder doch um Brandstiftung handelt. Nachdem Gibbs eine tragische Nachricht erhält, kehrt er in seine Heimatstadt zurück.
Als in Morgans altem Viertel in Chicago mehrere Männer brutal getötet werden, stellt sich schnell heraus, dass die Morde im Zusammenhang mit seiner traumatischen Jugend stehen. Denn der Täter hinterlässt an jedem Tatort dieselbe Nachricht, die darauf hinweist, dass eine Verbindung zu Carl Buford besteht. Dieser hatte während seiner Zeit als Leiter eines Jugendzentrums mehrere Jungen, u.a. auch Morgan, sexuell missbraucht. Um den Täter stellen zu können, bleibt Morgan keine andere Wahl, als sich an seinen Peiniger zu wenden.
Bei der feierlichen Öffnung einer Zeitkapsel entdecken die Bewohner einer Kleinstadt in Colorado einen menschlichen Schädel. Kurz darauf wird dann auch das dazugehörige Skelett gefunden. Als der Täter erneut zuschlägt, werden Hotch und sein Team gerufen. Wie sich herausstellt, hat es der Mörder auf scheinbar aufrichtige Bürger abgesehen, die allesamt ein dunkles Geheimnis hüten.
In South Dakota werden zwei zerstückelte Männerleichen gefunden. Die örtliche Polizei ruft die BAU zu Hilfe. Die Spuren an den Toten sprechen dafür, dass die Morde im Rahmen eines Fruchtbarkeitsrituals geschahen. Die Profiler glauben, dass es sich bei dem Täter um eine trauernde Mutter handelt, die versucht wieder schwanger zu werden. Dann verschwindet ein weiterer Mann.
In Kalifornien werden seit Jahren immer kurz vor dem 13. Mai Kindermädchen und ihre Pflegekinder entführt. Während die Kinder innerhalb eines Tages wieder freigelassen werden, haben die Nannys weniger Glück: Sie werden brutal ermordet. Entgegen seines Musters entführt der Täter die Nanny Gina Mendes und ihr Pflegekind Phoebe früher als die vorherigen Jahre. Außerdem lässt er Phoebe nicht binnen seines üblichen Zeitplans frei. Gelingt es Hotch , Rossi & Co. die beiden rechtzeitig zu finden?
Die BAU untersucht einen Fall in Detroit, bei dem zwei Paare ermordet im Kofferraum ihrer Autos gefunden wurden. Die Opfer haben Stichwunden am Bauch und wurden anscheinend vor ihrer Ermordung eine Woche lang gefangen gehalten. Um seine Spuren zu verwischen löschte der Täter auch den Speicher der Navigationsgeräte. Das Team arbeitet fieberhaft daran, den brutalen Mörder zu finden und weitere Opfer zu vermeiden.
Hotch besucht zusammen mit Jack Beth in New York und erhält einen unerwarteten Anruf seines Bruders Sean, zu dem er jahrelang keinen Kontakt hatte. Sean arbeitet in einer Bar, in der eine junge Frau grausam starb. Weil ihr Blut aus Nase, Augen und Mund heraustrat, vermuten die Ermittler, dass eine gefährliche Droge für ihren Tod verantwortlich ist. Aber als weitere Opfer auftauchen, die die Droge nicht konsumiert haben, beginnt die Suche von neuem.
Bull lässt Benny die wegen Geheimnisverrats angeklagte Armeeanalystin Lt. Tamsin Dale verteidigen. Es kommt zu einer Vertrauenskrise, als sich Benny weigert, nicht freigegebene Geheimakten der Regierung mit dem Team zu teilen. Die IT-Spezialistin Marissa besteht unterdessen darauf, dass die Firma während des Prozesses auf die sonst üblichen technischen Hilfsmittel verzichtet, weil sie fürchtet, gehackt zu werden.
Bull unterstützt die U.S.-Staatsanwaltschaft bei einer Anklage wegen Totschlags gegen den Immobilienmagnaten Andrew Withrow . Dabei steht Bull erneut der attraktiven Diana Lindsay gegenüber. Im Verlauf des Prozesses läuft Bull, angetrieben vom Ehrgeiz, unbedingt gewinnen zu wollen, zu Hochform auf. Bis er merkt, dass der Angeklagte ein klinischer Soziopath ist, der Diana nur dazu benutzt, Bull während des Verfahrens aufzustacheln.
Gibbs und McGee reisen nach Russland, um einen IT-Spezialisten des NCIS sicher in die Vereinigten Staaten zurückzubringen, der über streng geheime Informationen verfügt. Doch das Unternehmen gerät außer Kontrolle, als ihr Helikopter nahe der finnischen Grenze abgeschossen wird. Bei dem Versuch, die Verschollenen aufzuspüren, finden die NCIS-Kollegen in Washington heraus, dass Söldner den Hubschrauber mit einer russischen Rakete angegriffen haben.
Ein Lieutenant Commander der Navy wird kurz vor einem privaten Gesprächstermin mit dem US-Präsidenten in der Nähe des Weißen Hauses ermordet. Gibbs und seine Leute versuchen herauszufinden, ob der Ermordete das Opfer einer aktuellen Überfallserie wurde oder ob er wegen seiner persönlichen Beziehung zum Präsidenten sterben musste. Doch auch die Witwe des Mordopfers gerät ins Visier der Ermittler. Unterdessen muss Direktor Vance mit einer schlechten Nachricht fertig werden.
Der Brite Angus Walker wurde von einem Unbekannten ermordet. Er war Duckys bester Freund aus Kindertagen, zu dem Ducky allerdings schon lange keinen Kontakt mehr hatte. Zusammen mit Special Agent Ellie Bishop fährt Ducky nach London, um dort mit der Familie und den Arbeitskollegen seines einstigen Freundes zu sprechen. Dort wird Ducky noch einmal vor Augen geführt, welche Auswirkungen seine in jungen Jahren getroffenen Entscheidungen auf sein späteres Leben hatten.
Ohne Sam einzuweihen, versucht Callen mehr über Kolcheck und seine eigene Vergangenheit herauszufinden. Als ihm Anatoli Kirkin einen eindeutig illegalen Handel vorschlägt, lässt sich Callen darauf ein. Er soll für Kirkin einen Einbruch begehen und ein Kunstwerk stehlen, im Gegenzug werden ihm Informationen versprochen. Als Hetty von der Sache Wind bekommt, lässt sie das Team nach Callen suchen.