Chris Farraday hat seine Karriere als Schmuggler hinter sich gelassen. Er installiert Alarmanlagen und lebt glücklich mit seiner Frau Kate und den gemeinsamen Kindern. Als sein Freund und Schwager Sebastian , der sich weiterhin als Schmuggler durchschlägt, in Schwierigkeiten gerät, will Chris ihn nicht im Stich lassen. Es bleibt ihm nichts anderes übrig, als sich auf einen letzten großen und gefährlichen Coup einzulassen.
Der Student Jonathan soll für den Ornithologen Max Bohm die Flugroute von Störchen erforschen, da in letzter Zeit immer weniger Vögel aus ihrem Winterquartier in Afrika zurückkehren. Doch dann wird Bohm tot in einem Storchennest gefunden. Kommissar Hervé Dumaz findet heraus, dass Bohm ein Spenderherz im Körper hatte, das nirgends registriert ist. Auch Jonathan stellt sich zunehmend Fragen und beschließt zu deren Klärung, seinen ursprünglichen Forschungsauftrag auszuführen. Ein gefährliches Unterfangen.
Jonathan hat herausgefunden, dass die Störche zum Diamantenschmuggel missbraucht werden. Die Spur der Steine führt nach Antwerpen. Doch während Jonathan noch im Kongo nach Antworten über seine Vergangenheit sucht, hat sich Sarah bereits mit den Steinen in Richtung Belgien aus dem Staub gemacht. Allerdings ahnt sie nicht, dass ihr Kommissar Hervé Dumaz ganz dicht auf den Fersen ist und in Europa bereits auf sie wartet. Jonathan gerät derweil in Afrika in die Hände eines alten Bekannten und damit in große Gefahr.
In den Sümpfen wird ein weiteres Mordopfer gefunden. Man nimmt an, dass der Mann den Mord an McLane beobachtet hat und deshalb sterben musste. Alles deutet darauf hin, dass hier der Serienmörder am Werk ist, den McLane angeblich vor Jahren festgenommen hat. Nun regt sich der Verdacht, dass McLane damals Beweise gefälscht hat und der echte Mörder sich noch auf freiem Fuß befindet. Ein Junge hat gesehen, dass der Täter eine weiße Uniform trug und bringt damit Gibbs und Pride auf die richtige Spur.
McGees Freundin Delilah ist wieder zurück auf ihrem Posten im Verteidigungsministerium. Als sie in einem schwierigen Fall eine Spur findet, darf sie nicht selbst ermitteln und bittet deshalb das NCIS-Team um Hilfe. Gibbs und seine Leute müssen hier viel Fingerspitzengefühl beweisen, denn auch die Kollegen von der CIA sind in den Fall verstrickt. Während McGee darüber nachdenkt, Delilah zu fragen, ob sie zu ihm ziehen möchte, erfährt Tony von Delilah, dass sie mit dem Gedanken spielt, sich nach Dubai versetzen zu lassen.
Nachdem der Navy Officer Lester Tate auf einer abgelegenen Straße überfahren wurde, muss das NCIS-Team herausfinden, ob es sich wirklich um einen Unfall handelte. Die einzige Spur führt Gibbs in eine Bar, in der der Tote in eine Schlägerei verwickelt war. Dort stellt sich heraus, dass eine Freundin ihn um Hilfe gebeten hatte, da sie in dieser Bar unter Drogen gesetzt und später vergewaltigt wurde. Tate hatte anschließend in ihrem Namen Anzeige erstattet. Inzwischen aber streitet sie ab, dass überhaupt etwas passiert ist.