Einem gefallenen Sanitätsoffizier soll die Tapferkeitsmedaille verliehen werden. Doch dann findet man die Gebeine einer Freundin in seinen Habseligkeiten. Das NCIS-Team soll den Fall klären.
Tony bekommt einen mit Lippenstift versiegelten Brief. Die Botschaft ist nicht so liebevoll, wie er gehofft hatte. Als er den Brief öffnet, kommt er mit bakterienverseuchtem Pulver in Berührung.
Auf dem Weg zu einem Tatort, an dem zwei Navy-Offiziere getötet wurden, tappt das NCIS-Team in eine Falle. Offenbar hat es ein gefährlicher Terrorist auf Gibbs' Leute abgesehen.
Nach dem Mord an Kate ist das NCIS-Team noch immer in einem emotionalen Loch gefangen. Gibbs will ihren Mörder, den Terroristen Ari, eigenhändig zur Strecke bringen.
Ari lenkt Gibbs auf eine falsche Spur. Der Terrorist hat vor, mit Hilfe von Ziva und falschen Papieren unterzutauchen. Zuvor will er mit Gibbs noch eine Rechnung begleichen.
Vor zehn Jahren überführte Gibbs den Serienkiller Kyle Boone, der daraufhin zum Tode verurteilt wurde. Doch kurz vor der Vollstreckung des Urteils, soll Gibbs dem Psychopathen Informationen entlocken.
Eine Anthropologin öffnet für das Fernsehen einen Eisensarg aus der Zeit des Bürgerkriegs. Neben den Überresten des Toten findet sich ein Mobiltelefon. Das NCIS-Team soll den merkwürdigen Fall klären.
Jerry Smith wird angeschossen, stürzt mit seinem Auto einen Abgrund hinunter und stirbt. Bei den Ermittlungen stoßen Ziva und Tony auf eine andere Person namens Jerry Smith.
Ein Online-Video zeigt, wie der Frau eines Soldaten die Kehle durchgeschnitten wird. Gemeinsam mit einer Nachbarin betrieb sie eine Sex-Webseite. Die Spuren führen zu deren Webmaster.
Der sechsjährige Sohn eines Offiziers wird Zeuge, wie sein Vater gekidnappt wird. Bald kommt der Verdacht auf, die Entführung sei inszeniert. Doch der Kleine ist sicher, dass sein Vater ehrlich ist.
Auf einem Marines-Ball soll ein Killerpaar einen Auftragsmord begehen. Doch die beiden starben kurz zuvor in Kuwait. Tony und Ziva schlüpfen in ihre Rollen, um die Hintermänner zu fassen.
Auf einem Militär-Übungsgelände werden die abgetrennten Beine einer Frau gefunden. Alle Indizien deuten darauf hin, dass Tony der Mörder ist. Das Team findet den Verdacht absurd.
McGee fühlt sich in einer dunklen Gasse von einem Mann bedroht und erschießt ihn. Wie sich herausstellt, war das Opfer ein Polizist im Undercover-Einsatz auf der Suche nach einem Drogenboss.
In einem Ausbildungslager finden Dreharbeiten für eine Reality-Show statt: Drei Supermodels sind die Stars der Produktion. Als eine von ihnen tot aufgefunden wird, muss das NCIS-Team ermitteln.
Tony und Ziva suchen im Hafen von Norfolk einen Container, in dem Waffen geschmuggelt werden. Bei einem Schusswechsel mit Gangstern werden sie in einem der Container eingeschlossen.
Eine Navy-Offizierin ruft hilfesuchend beim NCIS an: Sie sei entführt worden - plötzlich bricht die Verbindung ab. Gibbs erfährt, dass sie an der Planung eines Nukleartransports beteiligt war.
Auf einem Navy-Stützpunkt werden die Leichen zweier koreanischer Frauen gefunden. Beide waren mit Soldaten verheiratet. Stecken Familienstreitigkeiten hinter den Morden?
Gibbs und sein Team heben eine Autowerkstatt aus, in der Navy-Soldaten teure Autos zerlegt und die Einzelteile verkauft haben. Dabei finden sie eine Kühlbox mit dem Kopf eines Navy-Captains.
Ein Krankenwagen mit der Leiche des Soldaten Danforth fliegt in die Luft. Gibbs und das Team vermuten, dass Danforth eventuell noch lebt und ein anderer bei dem Unfall gestorben ist.
Die Leiche eines Offiziers wird in einem Park gefunden - angefressen von einem Bären. Der Mann hatte dort mit seiner Frau gezeltet. Die Frau ist allerdings spurlos verschwunden.
In einer Schule nimmt ein 15-jähriger mit einem Bombengürtel Geiseln und fordert, dass man seine Mutter zu ihm bringt. Doch die ist offenbar bereits vor Jahren verstorben.
Ein Junge entdeckt die Leiche eines Marines in einem zugefrorenen Teich. Gibbs und sein Team finden später drei weitere Leichen von Mitgliedern salvadorianischer Banden. War es ein Racheakt?
Im Pentagon wird die Leiche einer Frau gefunden. Alles deutet auf Selbstmord hin. Die Abteilung der Verstorbenen stand allerdings schon länger unter Beobachtung des NCIS.
Abby wird seit einiger Zeit von einem Stalker belästigt. Ein Verdächtiger ist schnell gefunden und festgenommen: ein früherer Liebhaber. Dieser beteuert jedoch vehement seine Unschuld.
Während eines Verhörs bricht ein Drogendealer tot zusammen. Ziva hatte den Mann verhört, doch sie bestreitet, dabei grobe Maßnahmen angewendet zu haben. Doch kann sie das auch beweisen?
Nach einem Bombenanschlag hängt Gibbs' Leben am seidenen Faden. Die Leitung des Teams wird auf Tony übertragen. Die Spuren des Anschlags führen zu einer Terrororganisation.
Nachdem Gibbs aus dem Koma erwacht ist, geht es ihm besser. Aber die letzten 15 Jahre sind wie aus seinem Gedächtnis gelöscht. Da entdeckt Tony, dass ein weiterer Anschlag geplant ist.
Tony führt von nun an das NCIS-Team und muss lernen, ohne Gibbs klarzukommen. Ziva beobachtet einen Mordanschlag auf einen Militärbeamten - und gerät selbst unter Verdacht.
Ein ehemaliger Offizier wird beschuldigt, eine Bank überfallen und einen Mord begangen zu haben. Er beteuert aber seine Unschuld. Als er aus dem Gefängnis ausbricht, nimmt sich Gibbs den Fall vor.
Eine Frau wird in ihrem Auto entführt. Als der Kidnapper gefasst wird, streitet er jedoch alles ab. Das Team findet heraus, dass das Opfer Akten über Männer anlegte, um den perfekten Ehemann zu finden.
Der Russe Puchenko wird verdächtigt, für den Tod eines Offiziers verantwortlich zu sein. Man kann ihm aber nichts nachweisen. Zudem wird er von einem Beamten der Heimatschutzbehörde gedeckt.
Eine Maklerin findet in einem Haus eine Leiche. Bei dem Toten handelt es sich um einen Corporal, der kurz vor seiner Dienstzeit im Irak verschwand - und offenbar zwei Verlobte hatte.
An Halloween wird ein Sergeant zuhause angegriffen und seine Tochter entführt. Der Kidnapper lässt schon bald von sich hören und stellt Lösegeldforderungen für das Mädchen.