Die Leiche eines Marine Offiziers fällt buchstäblich vom Himmel. Eine Blutspur an einer Münze, die bei der Leiche gefunden wird, führt Tony und Ziva nach Kolumbien.
Als ein Lagerhausbrand verschollene NCIS-Dokumente ans Tageslicht bringt, die eine potenzielle Gefahr darstellen, schließt sich das NCIS-Team den Ermittlungen der örtlichen Polizei an.
Bei den Untersuchungen eines Schiffsbrandes finden sich Beweise für einen Bombenanschlag. Als ein ähnlicher Sprengkörper auf einem Schiff bei Neapel gefunden wird, reisen Tony und Ziva dorthin.
Die Suche nach Harper Dearing, den Gibbs zum meistgesuchten Flüchtig des NCIS erklärt hat, nimmt eine kuriose Wende, als in Agent Dornegets Zahnimplantat eine High-Tech-Wanze gefunden wird.
Harper Dearing holt zum Vergeltungsschlag gegen das NCIS aus. Gibbs' Team ist dem Bombenleger dicht auf den Fersen. Mit Hilfe von Dr. Ryan will Gibbs ihn in die Falle locken.
Nach seinem Herzinfarkt liegt Ducky im Krankenhaus und muss Jimmy alleine nach D.C. fliegen lassen. Dort wurden Abby, Gibbs und Vance von einem Bombenanschlag im NCIS Hauptquartier überrascht.
Das Gebäude des NCIS muss nach dem Bombenanschlag komplett renoviert werden. Zwischen Vance und Abteilungsleiterin Judy entbrennt dabei ein Streit um Veränderungen in den Räumen.
Selbst ein Herzinfarkt kann Ducky nicht bremsen. Er lässt, obwohl er sich noch schonen soll, einen Toten exhumieren. Er vermutet, dass eine zwölf Jahre zurückliegende Todesursache ein Irrtum war.
Um einen Hubschrauberabsturz aufzuklären, arbeitet das Team von Gibbs mit Special Agent Borin zusammen. Dabei unterscheiden sich die Aussagen der überlebenden Crew-Mitglieder deutlich.
Der unscheinbare Polizist Boxer wird im entliehenen Ferrari eines Internet-Milliardärs tot aufgefunden. Tatverdächtig ist ein Student, der in der Firma des Fahrzeuginhabers angestellt war.
Als sich Veteran Westcott mit seinem Freund trifft, geraten die beiden in eine Schlägerei. Westcott hat Schwierigkeiten, zwischen den Ereignissen im Krieg und der Tatnacht zu unterscheiden.
Mit Hilfe eines Psychotherapeuten versuchen Gibbs und Captain Westcott die Nacht, in der Torres erschlagen wurde, zu rekonstruieren. Dabei kämpft der Soldat mit Erinnerungen aus dem Krieg.
Als Lydia und ihre Freundin Rosie auf offener Straße attackiert und offensichtlich entführt werden sollen, eilt ihnen ihr Vater zu Hilfe, der im Getümmel von den Angreifern erschossen wird.
Nach einem Schusswechsel zwischen FBI-Agent T.C. Fornell und einem Navy-Soldaten, der dabei ums Leben kommt, kreuzen sich die Wege von Fornell und Gibbs erneut.
Navy Lieutnant Commander Megan Huffner findet bei ihrer Rückkehr von einem Einsatz die Leiche ihres Mannes. Gibbs und sein Team beginnen mit der Untersuchung des Mordes.
Ein Journalist wird tot aus einem Fluss geborgen. Er hatte sich zuletzt für die Recherche zu einer Story als Soldat ausgegeben. Während der Ermittlungen bekommt Ziva überraschend Besuch.
Nach den tödlichen Schüssen auf Leons Haus, trauert das NCIS-Team nicht nur um Zivas Vater Eli, sondern auch um Leons Frau. Das Team macht sich auf die Suche nach den Mördern.
Abby übernimmt die Untersuchung eines Autos, in dem der Soldat Chad mit seiner Freundin tot aufgefunden wurde. Schnell ist klar, dass die beiden nicht an den Folgen eines Unfalls starben.
Der NCIS wird von einem Hackerangriff überrascht, durch den ein Undercoveragent enttarnt wird. Der Hacker ist schnell gefunden, doch er will den Namen seines Auftraggebers nicht preisgeben.
Die Leiche von Lance Corporal Crowe stellt den NCIS vor ein Rätsel. Crowe beteiligte sich zwar an illegalen Faustkämpfen, doch dies scheint nicht die Todesursache gewesen zu sein.
Ducky und Jimmy sind mit einer Leiche im Kofferraum unterwegs, als sie entführt werden. Es scheint, als wüssten die Kidnapper um die brisanten Informationen, die sich im Inneren des Leichnams befinden.
Ein Serienkiller hat es auf Frauen abgesehen und orientiert sich an einem Täter, der vor drei Jahren verurteilt wurde. Gibbs glaubt, im Phantombild den Sohn seines Freundes zu erkennen.
Hundeführer Ted Lemere wurde in Afghanistan aus einem Hinterhalt erschossen. Verfügte er über geheime Informationen, für die er sterben musste?
Nachdem ein Offizier auf der USS Borealis tot aufgefunden wurde, geht das NCIS-Team an Bord des Navy-Schiffs. Für Tim McGee kommt es während der Ermittlungen zu einem unerwarteten Wiedersehen.
Als die Navy-Reservistin Callie Daniels nach Hause kommt, muss sie feststellen, dass ihr Ehemann Noah verschwunden ist. Die Hinweise am Ort des Geschehens deuten auf eine Entführung hin.
Während der Rest des Teams den Mordfall eines Offiziers in Virginia untersucht, fliegen Tony und Ziva nach Berlin. Dort wurde Bodnar, der Mörder von Zivas Vater, zuletzt gesehen.
Das NCIS-Team fahndet weiter nach Bodnar, doch der ist ihnen stets einen Schritt voraus. Außerdem bekommen die Ermittler Probleme mit der Homeland Security, die sie von dem Fall abziehen will.
Scheinbar kehrt das NCIS-Team zurück zur Normalität. Richard Parsons untersucht indes das Verhalten der Ermittler im Fall Bodnar.
Parsons Untersuchung des Falls Bodnar nähert sich dem Ende und Gibbs droht ein Gerichtsverfahren. Die Jagd nach dem Mörder von Zivas Vater wird zur Hetzjagd gegen das Ermittlerteam.
In einem Hotel explodiert eine Bombe. Der zivile Leiter der Navy kommt ums Leben, während Tom Morrow schwer verletzt wird. Gibbs ist überzeugt, dass es jemand auf das NCIS-Team abgesehen hat.
Gibbs hat erfahren, dass der Terrorist Benham Parsa für die Anschläge auf die NCIS-Mitarbeiter verantwortlich ist. Dann wird auf das Mitglied einer Anti-Terror-Organisation geschossen.
Gibbs und sein Team suchen nach Navy Lieutenant Terence Keith. Tony muss mit Special Agent Vera Strickland zusammenarbeiten. Sie finden heraus, dass Keith einen Selbstmordanschlag plant.
Das NCIS untersucht den Mord an einem Sergeant. Bei der Obduktion der Leiche erwartet die Ermittler eine Überraschung. Bei dem Soldaten handelt es sich um eine verkleidete afghanische Frau.
Petty Officer Wells wird ermordet aufgefunden. Zunächst deutet einiges darauf hin, dass die Tat mit Spionageaktivitäten in Zusammenhang steht.
Bei einer Explosion auf einer Bohrinsel wurde ein Marine-Reservist getötet. Da es Hinweise auf einen Terroranschlag gibt, wird Gibbs Agent Abby Borin von der Küstenwache zugeteilt.