Captain Trent Reynolds wird von seiner Frau und deren Freundin tot aufgefunden. Das soll gemeinsam mit Gibbs' Freundin Colonel Mann ermitteln. Doch Gibbs hat Probleme, sich unterzuordnen.
Während der Autopsie eines Unbekannten passiert etwas Sonderbares: Quecksilber tritt aus dem Hirn aus. Die Ermittlungen ergeben, dass es sich bei dem Toten um einen gesuchten Mann handelt.
Ein Lieutenant will sich von einem Hochhaus stürzen. Kurz nachdem Gibbs den Mann retten kann, wird er erschossen. Das Team ermittelt unter Hochdruck, denn er war in brisante Geheimnisse eingeweiht.
Mordermittlungen auf einem Navy-Forschungsschiff bringen das NCIS-Team in Gefahr. Denn die Spurensuche führt sie auf ein weiteres Schiff - auf dem ein tödlicher Virus grassiert.
Maddie, eine alte Bekannte von Gibbs verstorbener Tochter Kelly, steckt in der Klemme. Als sie sich deshalb hilfesuchend an Gibbs wendet, kommen bei ihm verdrängte Erinnerungen wieder hoch.
Das NCIS-Team hat eine Pfadfindergruppe zu Besuch. Als einem der Jungen zu Demonstrationszwecken der Fingerabdruck genommen wird, entdeckt das Team eine Verbindung zu einem Verbrechen.
Als ein Soldat aus dem Krankenhaus ausbricht, richtet er enorme Verwüstung an. Er glaubt, noch immer im Irakkrieg zu sein. Das Team stößt bei den Ermittlungen auf ein geheimes Experiment.
Ein muslimischer Soldat wird tot aufgefunden. Rechtsmediziner Ducky weigert sich, die Autopsie vorzunehmen. Gibbs muss auf anderem Weg an Informationen zur Todesursache kommen.
Das NCIS-Team überwacht einen Lagerraum. Dabei beobachten Gibbs und Ziva zufällig einen Mord an einem reichen Drogenkäufer. Kurz danach ist das Überwachungsgerät verschwunden.
Das Team erstürmt das Gebäude eines Diensthundetrainers der Militärpolizei. Da greift ein Schäferhund McGee an. Zudem finden sie die Leiche des Herrchens - mit Bisswunden übersät.
Die Leiche des Waffenhändlers La Grenouille wird entdeckt. Das FBI beginnt die Fahndung. Jenny Shepard zählt zu den Tatverdächtigen. Doch Gibbs hält Jenny für unschuldig und forscht nach.