Für Brennans und Booth' kleine Tochter steht der erste Kindergartentag an. Obwohl der Kindergarten im Jeffersonian ist, hat Brennan ein mulmiges Gefühl. Sie bittet die Kindergartenleiterin ihr alle Stunde ein Foto von Christine zu schicken, damit sie weiß, dass es ihrer Tochter gut geht. Derweil fährt eine Familie mit dem Auto in den Kurzurlaub und verliert mitten auf der Autobahn wegen eines Gegenstandes auf der Straße das gesamte Dachgepäck. Beim genauen Hinsehen wird klar, dass es sich bei dem Gegenstand nicht um ein überfahrenes Tier, sondern um einen Menschen handelt. Alles deutet auf einen Unfall mit Fahrerflucht hin, doch die Untersuchungen ergeben, dass das Opfer offensichtlich von einem Lkw mitgeschleift wurde. Bei dem Opfer handelt es sich um Barb Berquist, eine passionierte Schnäppchenjägerin. Sie war geradezu besessen davon, Coupons von Supermärkten zu sammeln. Während das Team von Dr. Brennan versucht, den Täter zu ermitteln, hat Cam ganz andere Sorgen. Ihre Tochter Michelle scheint sich in den vorbestraften Praktikanten Finn Abernathy verliebt zu haben.
Auf einer Müllkippe soll das Gemeindezentrum einer Freikirche entstehen. Plötzlich fängt es an zu regnen, doch es fallen nicht nur Wassertropfen vom Himmel, sondern auch tote, blaue Möwen. Eine der Möwen hat Leichenteile im Schnabel. Das eilig herbeigerufene FBI und die Spezialisten vom Jeffersonian finden eine komplett blaue Leiche auf der Müllkippe. Eine schwere Aufgabe für Hodgins, der zwar die einzelnen chemischen Bestandteile der Farbe ermitteln kann, aber dennoch nicht weiß, was das für ein Zeug ist, mit dem die Leiche übergossen wurde. Aber nicht nur die blaue Farbe der Leiche ist besonders, sondern auch die Tatsache, dass sie keine Haare hat. Anscheinend wurde sie skalpiert. Dank Angelas Gesichtsrekonstruktion ist das Opfer schnell ermittelt. Es handelt sich um einen Haarstylisten, der bereits von drei seiner Kundinnen als vermisst gemeldet wurde. Anscheinend hat der Friseur sich nicht nur um die Haare seiner Kundinnen gekümmert, und so liegt es nahe, dass der Mord aus Eifersucht geschah. Doch alle Damen haben ein wasserdichtes Alibi. Brennan kämpft mit den körperlichen Veränderungen, die mit einer Schwangerschaft einhergehen und nach der Geburt nicht einfach wieder verschwinden. Sie fühlt sich in ihren alten Kleidern nicht wohl und lässt dieses Unwohlsein an Booth aus. Sweets hat einen Plan, wie Booth Brennan zeigen kann, dass er sie auch weiterhin körperlich attraktiv findet. Ein in der Nähe befindliches Dessous-Geschäft kommt da wie gerufen.
Booth und Brennan werden zu einem Tatort gerufen. Leider fehlt dem Opfer der Kopf, dennoch möchte Booth die Arbeiten beschleunigen, um sich privaten Dingen zuzuwenden. Sein Sohn Parker kommt nach einem längeren Auslandsaufenthalt nach Washington zurück und wird seine kleine Schwester Christine kennenlernen. Doch Parker scheint sich über sein kleines Schwesterchen nicht so sehr zu freuen, wie sich das Booth und Brennan vorgestellt haben. Sweets ist der Meinung, dass der Konkurrenzgedanke bei Geschwistern kein Grund zur Besorgnis und völlig normal sei. Derweil hat Hodgins ganz andere Probleme. Er hat für viel Geld neues Equipment für seine Arbeiten bestellt. Doch Cam macht ihm einen Strich durch die Rechnung. Das Budget ist knapp, und da sogar die Gründungsfeier des Jeffersonian wegen Geldmangel ausfällt, muss auch Hodgins sein neues Spielzeug wieder zurückschicken. Neben all den kleinen privaten Dramen schafft es das Team um Brenann dennoch, das Opfer zu identifizieren. Vermutlich wurde das Opfer vor seinem Tod verprügelt. Als sich herausstellt, dass der Tote der kleinwüchsige Tony Cole ist, der Streit mit dem Karatelehrer seines Sohnes hatte, ist der erste Verdächtige schnell ermittelt. Doch auch die Tochter des Karatelehrers, Blake, ist eine Verdächtige. Sie ist mehrfache Regionalliga-Meisterin in Karate und hatte eine Auseinandersetzung mit dem Opfer.
Beim Sortieren von Papier finden Mitarbeiter der Müllabfuhr von San Diego eine Plastiktüte mit zwei abgetrennten Händen. Eine Röntgenaufnahme ergibt, dass die Hände einem älteren Mann gehört haben. Ein weiteres Merkmal ist, dass am rechten Daumen der Fingernagel fehlt. Die Ermittler sind zunächst ratlos, bis die Schwestern Mary Mead und Terri Holland ihren Vater Don Hardin als vermisst melden. Nachdem ihm die beiden Hände zweifelsfrei zugeordnet werden konnten, findet eine Hausdurchsuchung statt. Die Spurensicherung stellt fest, dass jemand versucht hat, sowohl in der Küche als auch im Bad Blutspuren, die zweifelsfrei von Don Hardin stammen, zu beseitigen. Das Opfer muss mehrere Liter Blut verloren haben, was zum Tode geführt haben muss. Der Obdachlose Dale Witmer, der für Don gearbeitet hat und der einen Tag vor der Tat mit dem Opfer zusammen gesehen wurde, gerät ins Visier der Ermittler. Aus Mangel an Beweisen kann Dale jedoch nicht verhaftet werden - bis die Polizei ein Jahr nach der Tat einen anonymen Brief erhält, der so detailliertes Wissen enthält, das eigentlich nur der Täter haben kann... In Phoenix, Arizona, erkranken elf Schüler einer katholischen Grundschule an Leukämie. Im 4.000 Kilometer entfernten Guilford, Connecticut, ist die Rate an Erkrankungen durch einen Hirntumor auffällig hoch. Fünf von insgesamt neun Haushalten der Meadow Street sind betroffen. Die Bewohner beider Städte sind beunruhigt und glauben nicht an einen Zufall. Während sich in Arizona unweit der Schule ein großer Tank, aus dem krebserregendes Benzol ausgetreten sein könnte, befindet, machen die Bewohner der Meadow Street die magnetischen Felder eines Umschlagwerks für die Erkrankungen verantwortlich, doch in beiden Fällen stehen die Experten vor einem großen Rätsel...
Kim Medlin arbeitet in einem Stripclub und ist daher Ärger gewohnt. Doch als sie eines Nachts von einem Autofahrer auf ihrem Heimweg bedrängt wird, kriegt sie es mit der Angst zu tun. Sie ruft die Polizei, die beschließt, die Straße in den kommenden Wochen verstärkt zu überwachen. Wenige Tage später wird Kims Auto am Straßenrand entdeckt. Am Morgen danach finden die Polizisten ihre Leiche zwei Kilometer vom Straßenrand entfernt. Schnell scheint festzustehen, dass der Täter ein Polizist gewesen sein muss. An einem Sonntagnachmittag ist Diane Maxwell auf dem Weg zur Arbeit, doch ankommen wird sie dort nie. Ein Obdachloser wird auf einen Schuppen aufmerksam, aus dem kurz zuvor ein Mann herauskam. Als der Obdachlose nachsieht, findet er Diane lebendig gefesselt in der Ecke kauern. Doch und statt sie zu befreien, lässt er die junge Frau dort liegen und ruft die Polizei. Als die wenig später am Tatort eintrifft, ist Diane tot. Die Ermittler finden nur eine Stichwunde, aber die wurde mit chirurgischer Präzision zugefügt. War der Mörder etwa ein Arzt?
Am 20. November 2000 klingelt Loraine Womble hysterisch bei der Nachbarin ihres Freundes Derrick Tolliver. Derrick wurde angeschossen. Nachdem die Polizei von San Antonio das Haus abgesichert hatte, war Derrick bereits tot. Die ersten Hinweise ließen vermuten, dass es sich um einen Einbrecher handelt. Weitere Ermittlungen deuteten jedoch auf eine regelrechte Hinrichtung hin. Doch was war das Motiv?
Die Frau eines Air-Force-Officers wird tot in ihrem Bett gefunden - mit einem Wäschesack aus Plastik nah an ihrem Gesicht. Auf den ersten Blick sieht alles nach einem unglaublichen Unfall aus: Die Frau muss beim Wäschewaschen eingeschlafen und im Schlaf so unglücklich mit dem Gesicht auf den Plastiksack gerollt sein, dass sie erstickt ist. Die Ermittlungen der Spezialisten ergeben jedoch, dass die ganze Szenerie am Tatort inszeniert wurde und es sich keineswegs um einen Unfall handelt: Die Frau wurde kaltblütig ermordet... Szenenwechsel: Nach einem verheerenden Feuer wird ein kleiner Junge vermisst. Da er sich vermutlich nicht in dem inzwischen abgebrannten Haus befand, startet die Polizei die größte Suchaktion in der Geschichte des kleinen Städtchens und findet den Rucksack des Kleinen fünf Meilen von seinem Zuhause entfernt. Wenig später wird weitere 50 Meilen entfernt die Leiche des Jungen gefunden. Der Mörder war allerdings unvorsichtig und hat deutliche Spuren hinterlassen...
Als ein Mann gesteht, in einem Pizza Hut-Restaurant ein junges Mädchen vergewaltigt und ermordet zu haben, scheint der Fall für die Polizei gelöst. Acht Jahre später behauptet ein wegen eines anderen Verbrechens verhafteter Mann jedoch, er sei der wahre Pizza Hut-Mörder. Doch seine Aussage wird ignoriert, weil sich die Ermittler nicht vorstellen können, dass der junge Mann, der damals verhaftet wurde, ein Verbrechen gestanden haben könnte, das er gar nicht begangen hat. Und vor allem: Warum hat er über die ganzen acht Jahre, die er mittlerweile im Gefängnis sitzt, kein Wort darüber verloren? Eine kleine Stadt in South Carolina: Die 17-jährige Crystal Faye Todd, eine äußerst beliebte Highschool-Schülerin, wurde vergewaltigt und ermordet. Ihre Leiche findet man auf einem verlassenen Acker außerhalb des Ortes. Die Polizei führt bei über 50 ihrer Freunde und Bekannten freiwillige DNA-Tests durch. Als sich herausstellt, dass das Sperma von Crystals bestem Freund Ken mit dem am Tatort gefundenen übereinstimmt, ist das Entsetzen groß. Weder Kens Eltern noch seine Freundin und noch nicht einmal Crystals Mutter können glauben, dass Ken die Tat begangen hat. Auch Ken selbst, der im übrigen ein Alibi für die Tatzeit hat, scheint überrascht. Hat er seine Freundin tatsächlich ermordet?
Am 10. Oktober 1998 warten mehrere Kunden an der 24-Stunden-Tankstelle von Holt, Michigan, auf jemanden, der sie bedient. Als niemand kommt, sucht man nach der Angestellten Wanda Mason und findet sie schließlich auf dem Boden hinter der Kasse - erschossen! Die gerufene Polizei verhaftet kurz darauf einen Verdächtigen, doch den Mord kann man ihm nicht nachweisen. Die Bilder der Überwachungskamera zeigen, dass ein schwarzer Mann den Überfall verübt hat, aber sein Gesicht ist nicht klar erkennbar. Man kann jedoch in etwa sein Aussehen rekonstruieren und erstellt ein Phantombild. Unzählige Hinweise gehen daraufhin bei der Polizei ein, doch alle führen in eine Sackgasse. Eine Spur führt zu Ronald Allen, der dem Phantombild auffallend ähnelt. Er wird verdächtigt, einen Monat zuvor einen Drogendealer erschossen zu haben. Offenbar wurde der Mann mit derselben Waffe erschossen wie Wanda, doch um ganz sicher zu gehen, brauchen die Ermittler die Waffe selbst. Die Ermittler geben nicht auf und versuchen, Allen mit Hilfe neuester Technologien zu überführen... Spokane, Washington: Kurz nach ihrem neunten Geburtstag verschwindet die kleine Valiree Jackson spurlos. Ihr Vater Brad hatte sie am Morgen noch in die Schule bringen wollen, doch alles, was er fand, war Valirees Rucksack an der Eingangstür des Hauses, in dem er zusammen mit seinen Eltern und seiner Tochter lebt. Brad durchkämmt die ganze Nachbarschaft und mobilisiert auch die Nachbarn, ihm zu helfen, doch die Suche bleibt erfolglos. Die Polizei wird eingeschaltet. Die Ermittler durchsuchen noch einmal die ganze Gegend und hängen überall Fotos des Mädchen auf - ohne Erfolg. Mittlerweile verdächtigt man Valirees Mutter Roseanne der Entführung. Vor sieben Jahren hatte sie aufgrund von Prostitution und Drogenabhängigkeit das Sorgerecht an Brad verloren und die Stadt verlassen. Doch außer Gerüchten gibt es keinerlei Hinweise darauf, dass sie in ihre Heimatstadt zurückgekehrt ist. Unterdessen finden die Ermittler heraus, dass Brad seine Freundin Dannette heiraten wollte, sie jedoch nicht mit seiner Tochter klargekommen ist. Die Polizei durchsucht noch einmal Haus und Autos von Brad. Was Brad nicht weiß: Die Ermittler installieren in seinem Wagen ein GPS-System, durch das sie ihn jederzeit orten können. Beim anschließenden Lügendetektortest wird Brad eine Falle gestellt: Detective Madsen behauptet zu wissen, dass Brad der Mörder ist - und dass er seine tote Tochter nicht tief genug begraben hat. Die Leiche würde schnell wieder an die Oberfläche kommen. Das scheint zu wirken: Kurz darauf fährt Brad in einen nahegelegenen Wald und bleibt dort lange genug, um ein Grab auszuheben. Hat er - alarmiert von den Worten des Detectives - dort Valirees Leiche umgebettet? Und welches Motiv hatte er, seine eigene Tochter umzubringen?