Dem letzten Goa'uld-Lord Ba'al soll bei einer Zeremonie der Symbiont entfernt werden. Doch die Prozedur endet in einer Katastrophe. SG-1-Anführer Jack O'Neill wird von Ba'al getötet, der sich als Klon entpuppt. Teal'c und Vala Mal Doran verschwinden plötzlich, und Jackson landet mit dem Rest der Truppe auf einem eingefrorenen Schiff mitten in der Arktis. Sie ahnen noch nicht, dass der echte Ba'al in das Jahr 1939 zurückgereist ist, um das komplette Stargate-Programm zu verhindern.
König Jared findet im Kampf gegen die Outrider drei weitere Verbündete. Oberbösewicht Nemesis erfährt von der Allianz und versucht mit seinen Phantomwesen die Herrscher in seine Gewalt zu bringen.
In einer fernen Zukunft sieht sich die Menschheit einer außerirdischen Bedrohung ausgesetzt. In der Special-Episode nehmen die Starsheriffs erneut den Kampf gegen die feindlichen Outrider auf.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Major Sheppard und sein Team stoßen während einer Erkundungsmission auf ein merkwürdiges kleines Dorf. Dessen Bewohner scheinen ihrem Anführer Lucius völlig hörig zu sein. Auch Dr. Beckett lässt sich von Lucius schnell einwickeln und erklärt sich bereit, ihn nach Atlantis mitzunehmen. Ein schlimmer Fehler. Mithilfe einer Droge gelingt es dem hinterlistigen Scharlatan in kurzer Zeit sämtliche Bewohner abhängig zu machen.
Während einer Mission auf einem fremden Planeten geraten Colonel Sheppard, Teyla und Ronon in einen Hinterhalt und werden gefangen genommen. Es stellt sich heraus, dass Ronon bereits zuvor auf dem Planeten war und damals unbeabsichtigt die Wraith auf die Bewohner aufmerksam machte. Als die Wraith angriffen, konnten die Siedler einen Pakt aushandeln: Sie versprachen, Ronon an die Wraith auszuliefern, sollte er jemals wieder den Planeten betreten.
Die Vorräte der Destiny gehen zur Neige und Rush steuert einen Planeten an, der nicht im Navigationssystem des Schiffs vermerkt ist. Young und Wray streiten wegen der luzianischen Gefangenen.
Sanitäter Leonard Betts wird bei einem schrecklichen Unfall mit dem Krankenwagen enthauptet. Kurz darauf verschwindet seine Leiche. Scully und Mulder finden nur den Kopf wieder. Bei der Obduktion zeigt der Kopf verblüffende Reaktionen. Es hat den Anschein, als würde er noch leben.
Scully lernt in Philadelphia den attraktiven Ed Jerse kennen, der ihr sofort sympathisch ist. Fasziniert von seiner Tattoo lässt sich Scully ebenfalls tätowieren. Dann stellt sie fest, dass mit Eds Tattoo etwas nicht stimmt.
Bei Scully wird ein bösartiger Gehirntumor festgestellt. Doch statt sich in die Hände von Spezialisten zu begeben, versucht sie zusammen mit Mulder, Kontakt zu den Frauen der UFO-Netzwerk-Gruppe aufzunehmen, denen sie vor einem Jahr begegnete. Den Frauen wurden, ebenso wie Scully, Implantate aus dem Nacken entfernt. Doch bis auf eine sind alle Frauen der Gruppe bereits gestorben.