Sam wird von dem todkranken Multimillionär Adrian Conrad entführt, der sich einen Goa'Uld Symbionten einsetzten lassen will um am Leben zu bleiben. Da Sam bereits Kontakt mit einem Goa'Uld Symbionten gehabt hat, will Conrad sie nach ihren Erfahrungen befragen. Im Krankenhaus besticht Conrad skrupellose Ärzte und lässt sich einen Symbionten einsetzen. Das Resultat der lebensgefährlichen Operation: Ein neugeborener Goa'Uld. Unterdesswen muss O'Neill widerwillig ein Team mit einem alten Feind bilden, um Carter zu retten.
General Hammond und das SG-1-Team verfolgen erstaunt die neue TV-Serie 'Wurmloch extrem', in der ihr Leben nachgestellt wird. Das Team hat nun Angst, dass ihre Geheimnisse in der Serie preisgegeben werden könnten und an die Öffentlichkeit gelangen. Sie stellen Nachforschungen an und stellen fest, dass der Macher der Serie der Außerirdische Martin ist, mit dem das SG-1-Team bereits vor einiger Zeit in Konflikt geraten ist. O'Neill versucht nun den Außerirdischen zu finden und zur Rede zu stellen um die weitere Produktion der Serie zu verhindern.
Brücke und Aset wollen eine Einigung erzielen, die großes Unheil bringen könnte. Catherine und ihr Team stecken in Schwierigkeiten, als Wasifs wundersame Genesung für Aufsehen sorgt.
Der Planet Merak II ist von einer Seuche befallen. Die Crew der Enterprise reist auf den Planeten Ardana, um dort Zienit zu besorgen, ein seltenes Mineral, das die Seuche stoppen könnte. Doch ihr Plan gestaltet sich schwierig, da auf Ardana die Bergarbeiter streiken. Die müssen als rechtlose Sklaven unter Tage schuften, und sind nicht länger gewillt, mit ihrer Arbeit die hoch oben in Wolkenpalästen lebende Elite zu erhalten.
Die Enterprise erforscht einen scheinbar toten Planeten. Plötzlich bietet dieser ideale Lebensbedingungen. Einer der Bewohner nimmt Kontakt mit Kirk auf: Es handelt sich um Präsident Lincoln. Kirk und Spock beamen daraufhin auf den Planeten. Sie geraten in eine Falle.
Eine Supernova droht den Planeten Sapreidon zu vernichten. Kirk, Spock und McCoy finden heraus, dass die Bewohner durch ein Zeitportal in die Vergangenheit geflohen sind. Durch ein Versehen geraten auch Spock und Pille in das Zeitportal. Sie werden 5000 Jahre zurück in eine Eiszeit geschickt.
Picard kehrt mit Data, Geordi und Troi von einer Konferenz zurück. Sie finden die Enterprise neben einem romulanischen Warbird. Dieses feuert auf die Enterprise. Beide Schiffe sind in einer Zeitstörung gefangen. Der Enterprise droht ein Bruch des Warpkerns.
Die Enterprise wird erneut von den Borg angegriffen. Data tötet im Kampf einen Borg und erlebt dabei zum ersten Mal Gefühle. Aber nicht nur der Androide, auch die Borg verhalten sich anders als sonst. Es scheint so, als würden sie wie Individuen handeln. Data beschäftigt dieses Erlebnis so sehr, dass er sich sogar von einem gefangenen Borg manipulieren und zur Flucht zu ihrem Anführer überreden lässt.
Lore ist es gelungen, seinen Bruder Data auf seine Seite zu ziehen. Gemeinsam planen die beiden die Vernichtung der Föderation: Den Anfang soll die Enterprise machen. Riker und Worf finden unterdessen den Borg Hugh, der eine Widerstandsgruppe gegen Lore anführt. Mit seiner Hilfe hoffen sie die beiden Androiden aufzuhalten.
Drei Iyaaraner sind zu Gast an Bord der Enterprise und machen der Besatzung das Leben schwer. Während Counselor Troi für Botschafter Loquel allerlei kulinarische Genüsse organisieren muss, wird Worf von Botschafter Byleth ständig provoziert. Unterdessen begleitet Captain Picard Botschafter Voval in einem Shuttle auf seinen Heimatplaneten. Als sie auf dem Weg dorthin notlanden müssen, wird Voval lebensgefährlich verletzt.
Geordi experimentiert mit einer neuen Art Sonde, dem Interface. Die Sonde öffnet den Zugang zu unzugänglichen Umgebungen. Während einer Rettungsaktion in einem Gasnebel erscheint Geordi seine Mutter. Da ihr Schiff vermisst wird, will Geordi ihr unbedingt helfen.
Captain Picard ist scheinbar spurlos verschwunden. Ein Außenteam unter Riker folgt einer Spur zum Barrardas-System. Dort stoßen sie auf den Schmuggler Baran und seine Leute. Ein Mitglied von Barans Schmugglertruppe ist Riker sehr vertraut.
In einem Waldgebiet in Florida verschwinden mehrere Menschen spurlos. Mulder sieht Parallelen zu einer X-Akte aus dem Jahre 1952 über sogenannte Motten-Menschen, die sich perfekt an ihre Umgebung anpassen können und so für das menschliche Auge unsichtbar sind. Während der Ermittlungen verschwindet plötzlich auch Scully.
Shaineh Berkowitz behauptet, zum zweiten Mal innerhalb von 18 Jahren von einem Monster geschwängert worden zu sein. Mulder und Scully entdecken eine auffallende Ähnlichkeit zwischen dem beschriebenen Vergewaltiger und einer Comicfigur, dem "Großen Mutato". Bei ihren Nachforschungen stoßen sie auf den zwielichtigen Wissenschaftler Pollidori.
Bei der Untersuchung des angeblichen Selbstmordes von Roberta Sim lernt Scully deren kleine Tochter Emily kennen. Die Ähnlichkeit mit Scullys Schwester Melissa ist verblüffend. Eine genetische Untersuchung ergibt tatsächlich eine große Übereinstimmung zwischen Emily und Melissa. Als Emilys Vater sich kurz darauf ebenfalls umbringt, ist Scully fest entschlossen, die vermeintliche Tochter ihrer verstorbenen Schwester zu adoptieren.
Mulder kommt hinter das Geheimnis der kleinen Emily, die verblüffende Ähnlichkeit mit Scullys verstorbener Schwester aufweist: Das Mädchen entstand aus Eizellen, die Scully während ihrer Entführung durch Außerirdische entnommen wurden. Scully bekommt schließlich das Sorgerecht zugesprochen. Da erfährt sie, dass Emily an einer tödlichen Krankheit leidet.
Jack O'Neill und sein Team müssen sich um neue Mitglieder für ein SG-Team kümmern. Ohne das die Neuankömmlinge es wissen, werden sie auf eine harte Probe gestellt: Das Stargate-Center wird von Außerirdischen befallen, die in die Körper von Jack, Daniel und Teal'C eingedrungen sind. Da Sam schon einmal infiziert war, bleibt wenigsten sie verschont da kein neuer Symbiont in sie eindringen kann. Die unerfahrenen Rekruten sind im Kampf auf sich alleine gestellt und versuchen aus aller Kraft, das Stargate-Center von den Außerirdischen zu befreien.
Auf einer Mission werden Jack O'Neill und sein Team plötzlich von den Goa'Uld überrascht. Jack, Sam und Daniel können in letzter Sekunde durch das Stargate fliehen, doch Teal'C hat es nicht mehr rechtzeitig zum Sternentor geschafft. Er hat ein Schiff der Goa'Uld zum Absturz gebracht und ist dann irgendwo im All verschollen. SG-1 kann ihm jedoch nicht zur Hilfe eilen, denn sollten sie jetzt das Sternentor öffnen, würde das für Teal'C und die gesamte Bevölkerung der Erde den sicheren Tod bedeuten. Dem Team bleiben nur 48h um Teal'C zu retten.
Apophis ist tot. Gemeinsam mit den Tok'ra entwickelt das Stargate-Center einen Plan, um die Goa'uld endlich zu besiegen und die Jaffa aus der Sklaverei zu befreien. Daniel soll als menschlicher Sklave auf das Raumschiff eingeschleust werden, auf dem ein Gipfeltreffen der einflussreichsten Goa'uld stattfindet. Unter den Anwesenden trifft er eine alte Freundin wieder, die mittlerweile eine Goa'uld geworden ist. Trotzdem bringt er es nicht fertig, die gesamte Delegation in die Luft zu sprengen. Währenddessen werden die Tok'ra von Goa'uld-Gleitern angegriffen. Dort soll er ein Gas freisetzen, um so alle Goa'Uld auf einen Schlag zu töten. Unter den Anwesenden...
Daniel, der sich bei einem Gipfeltreffen der Goa'uld eingeschlichen hatte, flieht gemeinsam mit Sams Vater Jacob auf den Tok'ra-Stützpunkt Revanna. Auch Jack O'Neill und weitere SG-Mitglieder befinden sich dort, als der Goa'uld Zipacna Revanna angreift. Nur wenige überleben. Unter ihnen befindet sich auch der schwerverletzte Elliot, der von Lantash als Symbiont übernommen wird. Um die Tok'ra und ihre Freunde zu retten, sind die beiden bereit ihr Leben zu lassen.
Panik in London: Die Zombieseuche wütet schlimmer als zuvor - und US-Truppen legen die ganze Stadt in Schutt und Asche. Fortsetzung von Danny Boyles Horrorkultfilm "28 Days Later".
Die Outrider provozieren einen Konflikt zwischen Eingeborenen und Siedlern. Sein alter Freund Storm Hunter bittet Saber Rider um Unterstützung. Die Phantomwesen sind jedoch schon einen Schritt voraus.
Die Replikatoren greifen Atlantis an. Kein einziger der Antiker überlebt. General O'Neill und Richard Woolsay konnten sich in einem verlassenen Bereich der Stadt verstecken. Colonel Sheppard schmiedet unterdessen von der Erde aus Pläne, wie er O'Neill und Woolsay in Sicherheit bringen kann. Die Zeit drängt denn General Landry plant unterdessen, ganz Atlantis durch eine Atombombe zu zerstören.
Teyla sieht in rätselhaften Visionen die Geister der bei dem Angriff der Replikatoren getöteten Antiker. Die haben offenbar eine Botschaft für das Stargate-Team. Doch die Athosianerin kann die Nachricht nicht genau entschlüsseln. Plötzlich tauchen auch noch zahlreiche Wale vor der Stadt auf. Noch kann sich keiner erklären, wie die Rufe der riesigen Tiere mit Teylas Visionen in Verbindung stehen.
Jack O'Neill und sein Team müssen sich um neue Mitglieder für ein SG-Team kümmern. Ohne das die Neuankömmlinge es wissen, werden sie auf eine harte Probe gestellt: Das Stargate-Center wird von Außerirdischen befallen, die in die Körper von Jack, Daniel und Teal'C eingedrungen sind. Da Sam schon einmal infiziert war, bleibt wenigsten sie verschont da kein neuer Symbiont in sie eindringen kann. Die unerfahrenen Rekruten sind im Kampf auf sich alleine gestellt und versuchen aus aller Kraft, das Stargate-Center von den Außerirdischen zu befreien.
Auf einer Mission werden Jack O'Neill und sein Team plötzlich von den Goa'Uld überrascht. Jack, Sam und Daniel können in letzter Sekunde durch das Stargate fliehen, doch Teal'C hat es nicht mehr rechtzeitig zum Sternentor geschafft. Er hat ein Schiff der Goa'Uld zum Absturz gebracht und ist dann irgendwo im All verschollen. SG-1 kann ihm jedoch nicht zur Hilfe eilen, denn sollten sie jetzt das Sternentor öffnen, würde das für Teal'C und die gesamte Bevölkerung der Erde den sicheren Tod bedeuten. Dem Team bleiben nur 48h um Teal'C zu retten.
Apophis ist tot. Gemeinsam mit den Tok'ra entwickelt das Stargate-Center einen Plan, um die Goa'uld endlich zu besiegen und die Jaffa aus der Sklaverei zu befreien. Daniel soll als menschlicher Sklave auf das Raumschiff eingeschleust werden, auf dem ein Gipfeltreffen der einflussreichsten Goa'uld stattfindet. Unter den Anwesenden trifft er eine alte Freundin wieder, die mittlerweile eine Goa'uld geworden ist. Trotzdem bringt er es nicht fertig, die gesamte Delegation in die Luft zu sprengen. Währenddessen werden die Tok'ra von Goa'uld-Gleitern angegriffen. Dort soll er ein Gas freisetzen, um so alle Goa'Uld auf einen Schlag zu töten. Unter den Anwesenden...
Daniel, der sich bei einem Gipfeltreffen der Goa'uld eingeschlichen hatte, flieht gemeinsam mit Sams Vater Jacob auf den Tok'ra-Stützpunkt Revanna. Auch Jack O'Neill und weitere SG-Mitglieder befinden sich dort, als der Goa'uld Zipacna Revanna angreift. Nur wenige überleben. Unter ihnen befindet sich auch der schwerverletzte Elliot, der von Lantash als Symbiont übernommen wird. Um die Tok'ra und ihre Freunde zu retten, sind die beiden bereit ihr Leben zu lassen.
In einem Waldgebiet in Florida verschwinden mehrere Menschen spurlos. Mulder sieht Parallelen zu einer X-Akte aus dem Jahre 1952 über sogenannte Motten-Menschen, die sich perfekt an ihre Umgebung anpassen können und so für das menschliche Auge unsichtbar sind. Während der Ermittlungen verschwindet plötzlich auch Scully.
Shaineh Berkowitz behauptet, zum zweiten Mal innerhalb von 18 Jahren von einem Monster geschwängert worden zu sein. Mulder und Scully entdecken eine auffallende Ähnlichkeit zwischen dem beschriebenen Vergewaltiger und einer Comicfigur, dem "Großen Mutato". Bei ihren Nachforschungen stoßen sie auf den zwielichtigen Wissenschaftler Pollidori.
Bei der Untersuchung des angeblichen Selbstmordes von Roberta Sim lernt Scully deren kleine Tochter Emily kennen. Die Ähnlichkeit mit Scullys Schwester Melissa ist verblüffend. Eine genetische Untersuchung ergibt tatsächlich eine große Übereinstimmung zwischen Emily und Melissa. Als Emilys Vater sich kurz darauf ebenfalls umbringt, ist Scully fest entschlossen, die vermeintliche Tochter ihrer verstorbenen Schwester zu adoptieren.