In einem schmucken Vorort von Miami sind zwei Mädchen verschwunden: Lana Walker und ihre fünfjährige Schwester Molly. Horatio stellt jedoch schnell fest, dass in das Haus nur eine Person eingedrungen ist, die unmöglich beide Mädchen entführt haben konnte. Und tatsächlich: Molly befindet sich noch im Wäschetrockner, wo sie sich vor dem Einbrecher versteckt hat. Die akribischen kriminaltechnischen Untersuchungen lassen präzise Schlussfolgerungen auf das Fahrzeug des Täters zu. Ein Sportwagen, auf den alle Kriterien zutreffen, gehört ausgerechnet David Kendall, dem ehemaligen Tennislehrer von Lana, der just gefeuert wurde. Als man ihn verhaften will, finden die Beamten in Kendalls Haus Lana, die jedoch gar nicht entführt wurde, sondern sich in Kendall verliebt hat und von zu Hause abgehauen ist. Kendall scheint also allem Anschein nach unschuldig. Doch der Fall ist noch nicht zu Ende, denn bei der vorangegangenen Suche nach Lana machten die Ermittler eine grausigen Entdeckung: Sie fanden den von einem Krokodil abgebissenen Arm eines Mädchens, das ebenfalls Tennis gespielt hat. Durch einen abgebrochenen Krokodilzahn lässt sich das entsprechende Krokodil identifizieren und kann von den Beamten aufgespürt werden. Im Magen des Reptils finden sie ein Bein des Mädchens, das offensichtlich mit der Saite eines Tennisschlägers gefesselt war. Anhand eines Saitenrests, den man in Kendalls Sporttasche findet, kann man ihm den Mord zweifelsfrei nachweisen. Unterdessen ist Lana ein weiteres Mal von zu Hause abgehauen und zu David Kendall zurückgekehrt...
Justin Sayers und Brad Dawson wurden in ihrer noblen Nachtbar "Tropos Club" erschossen. Ein weiterer Mitinhaber des Clubs, Ricky Murdoch, ist mit zwei Schussverletzungen davongekommen. Horatio entdeckt jedoch Widersprüche in Rickys Aussage und vermutet, dass er seine Partner womöglich ermordet und sich dann selbst angeschossen hat, um den Verdacht von sich abzulenken. Die Untersuchung der Schusswunde ergibt jedoch, dass die Schüsse aus mindestens einem Meter Entfernung abgegeben wurden und somit scheidet Ricky als Täter aus. Doch welche Rolle spielt Murdochs Anwalt Aaron Schecter? Denn an der Tatwaffe finden sich Stofffasern, die eindeutig von Schecters Anzug stammen. Hat Schecter auf Ricky geschossen, um zu vertuschen, dass dieser die beiden Morde beging? Calleighs Vater Duke bittet seine Tochter unterdessen, sich einen Fall anzusehen, der ihm als Pflichtverteidiger zugeteilt wurde: Eine junge Frau hat gestanden, ihren Freund mit einem Schraubenzieher ermordet zu haben. Duke plädiert auf Notwehr, doch der Fall stellt sich schließlich ganz anderes dar...
Im New Yorker Zoo wird vor den Augen der Zuschauer ein Mann von einem sibirischen Tiger zerfleischt. Die Ermittler identifizieren das Opfer als Bobby Venetti und stellen schnell fest, dass er bereits tot war, als man ihn in den Tigerkäfig verfrachtete. Zunächst geht das Team von einem Mafia Mord aus, da Bobbys Onkel Angelo Verbindungen zur ehrenwerten Familie hat. Eine weitere Spur führt ins Kühlhaus des Fleischverarbeitungsbetriebes von Venetti, doch der Arbeiter Ryan Knight, der wegen eines heftigen Streits mit Bobby unter Verdacht steht, erweist sich als unschuldig. Erst durch den Dorn einer Rose und Düngerspuren an den Fingern der Leiche machen die Ermittler schließlich den Täter ausfindig... Im Rahmen einer feierlichen Zeremonie soll die junge Briana Freemont in die feine Gesellschaft eingeführt werden. Als sie tot aufgefunden wird, glaubt Stella zunächst an eine Alkoholvergiftung. Dann stellt sich jedoch heraus, dass Briana durch das Gift einer Wanderspinne ums Leben gekommen ist. Ihr Freund Sam Wilson, dem sie erst vor kurzem den Laufpass gegeben hatte, besitzt solche Spinnen, doch der Vergleich im Labor ergibt, dass das Gift, das Briana verabreicht wurde, synthetisch hergestellt wurde. Die Ermittler sind zunächst ratlos, aber dann führt eine heiße Spur in die Vergangenheit von Brianas Mutter Jessica...
Bei einem Straßenfest in Little Italy bricht Greg Thompson tot zusammen. Zunächst führt die Spur in einem Billard Salon, in dem sich Thompson einen Kampf mit einem Unbekannten geliefert hatte. Als jedoch im Central Park die enthauptete Leiche von Jared Stanton gefunden wird, erscheint der Fall in einem anderen Licht: Sowohl Stanton als auch Thompson hatten für den Finanzdienstleister American Pacific Worldwide gearbeitet. Wie sich herausstellt, hatte Paul Martin, der Generaldirektor von American Pacific, mit seinen Mitarbeitern asiatische Kampfsportarten praktiziert. In seinem Büro findet sich eine eindrucksvoll Waffensammlung, darunter auch das Samuraischwert, mit dem Stanton getötet wurde. Hat Martin seine Mitarbeiter auf dem Gewissen? Sheldon Hawkes bearbeitet seinen ersten eigenen Fall: Bei einem Wohnungsbrand ist der zehnjährige James Walker ums Leben gekommen. Während sich dessen Mutter Karen größte Vorwürfe macht, den Jungen allein in der Wohnung gelassen zu haben, stellt sich heraus, dass der Brand vorsätzlich gelegt wurde. Doch wer könnte ein Motiv gehabt haben, einen Zehnjährigen zu töten? Etwa Karens Freund Luke Robertson, der Karen immer wieder dazu gedrängt hatte, bei ihm einzuziehen? Oder Tom Nikkos, der von dem überdurchschnittlich begabten Jungen beim Schach besiegt wurde? Das Spiel der Könige führt Hawkes schließlich zumindest auf die richtige Spur...
Die Tänzerin Kia Rowe liegt tot auf der Straße unter der Queensborough Bridge. Zunächst geht man von einem Selbstmord aus, doch dann entdeckt man an der Leiche Stichwunden und typische Abwehrverletzungen. Die Spur führt in das Musical Theater, in dem Kia mit einem Choreographen und anderen Tänzerinnen geprobt hatte. In Verdacht geraten der Choreograph und Kias Konkurrentin Shayna. Doch erst als Detective Lindsay Monroe den Mord an Gondelführer Harold Claven untersucht, kommt langsam Licht ins Dunkel: Offenbar hängen die beiden Fälle zusammen, denn auch Kia hatte die Gondel kurz vor ihrem Tod benutzt. Musste Kia sterben, weil sie Zeugin des Mordes an Harold Claven geworden war? Danny Messer und Sheldon Hawkes bearbeiten einen rätselhaften Todesfall: Der Fischhändler Fred Bayliss wurde von einem Schwertfisch durchspießt. Schnell wird klar, dass es sich dabei nicht um einen Unglücksfall handelt. Die Spur führt zu dem Fischer McShea, der Bayliss mit Fischen beliefert und noch 14.000 Dollar von ihm zu bekommen hatte. Die Wollfasern, die man an den Kiemen des Schwertfisches findet, stammen jedoch aus dem brandneuen Jaguar von Restaurantbesitzer Richard Daly, der von Bayliss Fische für sein Restaurant bezog. Bisher fehlen jedoch sowohl ein Mordmotiv als auch hieb und stichfeste Beweise.
In einer leer stehenden Wohnung bietet sich den Beamten ein schauriger Anblick: Sie finden den bereits von Maden befallenen Körper von Peg Donovan. Doch gerade als Alexx den Todeszeitpunkt feststellen will, bemerkt Horatio, dass die Frau zwar nicht bei Bewusstsein ist, aber noch lebt. Weitere Untersuchungen ergeben, dass Peg etwa drei Tage zuvor mit einem Kantholz niedergeschlagen wurde - möglicherweise von einem Bekannten, denn es gibt keine Spuren von Gewalt am Tatort. Als die Ermittler Pegs Namen in die Datenbank eingeben, stellt sich heraus, dass sie Jahre zuvor Opfer einer Vergewaltigung wurde. Der Täter, Mason Shaw, wurde zu 15 Jahren Haft verurteilt und hatte drei Jahre zuvor eine Verhandlung zur Strafaussetzung verloren, weil Peg Donovan gegen ihn ausgesagt hatte. Nun steht eine weitere Anhörung bevor, und Pegs Aussage spielt dabei eine wichtige Rolle. In dem Gefängnis, in dem Mason Shaw einsitzt, findet Horatio im Besucherbuch den Namen Crystal Sherwood. Sie war eine Geschworene in Shaws Prozess und hat Mason anschließend häufiger besucht. Calleigh und Hagen können eine Verbindung zwischen Crystal Sherwood und Peg feststellen. Im Verhör gesteht Crystal zwar, Peg in der leer stehenden Wohnung eingeschlossen zu haben, weil sie der Vergewaltiger Shaw darum gebeten hat, aber wie kann Shaw den Mordversuch begangen haben? Die Beamten stehen vor einem Rätsel.
Justin Sayers und Brad Dawson wurden in ihrer noblen Nachtbar "Tropos Club" erschossen. Ein weiterer Mitinhaber des Clubs, Ricky Murdoch, ist mit zwei Schussverletzungen davongekommen. Horatio entdeckt jedoch Widersprüche in Rickys Aussage und vermutet, dass er seine Partner womöglich ermordet und sich dann selbst angeschossen hat, um den Verdacht von sich abzulenken. Die Untersuchung der Schusswunde ergibt jedoch, dass die Schüsse aus mindestens einem Meter Entfernung abgegeben wurden und somit scheidet Ricky als Täter aus. Doch welche Rolle spielt Murdochs Anwalt Aaron Schecter? Denn an der Tatwaffe finden sich Stofffasern, die eindeutig von Schecters Anzug stammen. Hat Schecter auf Ricky geschossen, um zu vertuschen, dass dieser die beiden Morde beging? Calleighs Vater Duke bittet seine Tochter unterdessen, sich einen Fall anzusehen, der ihm als Pflichtverteidiger zugeteilt wurde: Eine junge Frau hat gestanden, ihren Freund mit einem Schraubenzieher ermordet zu haben. Duke plädiert auf Notwehr, doch der Fall stellt sich schließlich ganz anderes dar...
2006 verschwindet die fürsorgliche Mutter Nina Sharanova im kalifornischen Oakland unter mysteriösen Umständen. Die Russin wurde beim Haus ihres Ex-Mannes Hans Reiser das letzte Mal lebend gesehen, als sie ihm ihre gemeinsamen Kinder gebracht hat. Sofort verdächtigt die Polizei den exzentrischen Computerprogrammierer Reiser, etwas mit Ninas Verschwinden zu tun zu haben, da sich das Paar bei der Scheidung bezüglich des Sorgerechts ihrer Kinder Rory und Nio im Streit befand. Während der Ermittlungen verhält sich Reiser äußerst auffällig: Sein Auto ist plötzlich unauffindbar und als die Polizei ihn verfolgt, versucht er, zu entkommen. Als er daraufhin verhaftet wird, finden die Beamten eine mit Geld gefüllte Tasche und seinen Reisepass. Außerdem hat er die SIM-Karte seines Handys entfernt, um nicht geortet werden zu können. Diese Umstände machen Reiser zum Hauptverdächtigen des Mordes an Nina. Im Laufe des Prozesses sagt Reisers achtjähriger Sohn Rory aus, sein Vater habe in der Nacht des Verschwindens seiner Mutter einen leichengroßen Sack getragen. Die Indizien sprechen gegen Reiser und bevor er wegen vorsätzlichen Mordes schuldig gesprochen wird, stimmt er einem Plädoyer zu: Er führt die Polizeibeamten in die Berge von Oakland, wo Ninas Leiche gefunden wird, und erhält dadurch eine Strafminderung auf Mord mit bedingtem Vorsatz. Nach seiner Verurteilung ging Reiser in Berufung und hat eine Zivilklage eingelegt.
Ein junger Mann, Brian Towne, wird am Rand eines kleinen Sees, an einem Baum erhängt, aufgefunden. Vor seinem Tod hatte man ihm mit einer zerschlagenen Bierflasche schwere Wunden im Brustbereich beigebracht. Als Dr. Robbins feststellt, dass der junge Mann deutlich ausgeprägte Brüste aufweist, tippt das Team, dass das Verbrechen aus Hass gegen Andersdenkende verübt wurde. Larry Ludwig, ein Arbeitskollege von Brian, gerät ins Fadenkreuz der Ermittler, weil er bereits früher durch Körperverletzungen auffällig geworden war, und die Spurensicherung belegt, dass er am Tatort war. Catherine möchte dennoch auch Brians väterlichen Freund, Paul Cyden, verhören. Das Team kommt zu spät: Cyden wurde ermordet. In seinem Haus finden die CSLer eine Kühltruhe voll mit Karpfen, die sowohl männliche als auch weibliche Geschlechtsteile aufweisen. Und darüber hinaus - genau wie bei Brian Towne - eine ganze Reihe Wasserproben und ausführliche Dokumentationen und Auswertungen dieser Proben. Was haben die beiden Hobbyforscher Brisantes herausgefunden, so dass jemand ihren Tod billigend in Kauf nahm? Bei den Bauarbeiten für Sam Browns neues Casino "Eclipse" finden die Bauarbeiter im Fundamentbereich eine Leiche. Catherine muss den Fall wegen Befangenheit an Sara abgeben, die eine interessante Entdeckung macht.
Die Schauspielerin Weatherly Adams wird vermisst. In der Nacht wurde in dem Studio eingebrochen und in der Garderobe findet man einen Blumenstrauß mit der Widmung "Herzlichen Glückwunsch zu deinem letzten Film". Nick und Catherine finden die Gesuchte schließlich in der Requisitenkammer, tot, mit einer Axt im Rücken. Die Eigner des Studios versuchen, den Verdacht auf Oliver Zarco zu lenken, einen ehemaligen Geliebten von Weatherly. Die Ermittler verdächtigen allerdings eher Zack Putrid, den Regisseur des Studios, von dem Hautpartikel unter den Fingernägeln der Ermordeten gefunden wurden. Stanley Vespucci, der Produzent der Filme, trägt wesentlich zur Aufklärung des Falles bei, indem er das Band der Überwachungskamera liefert. Mittlerweile hatte Doc Robbins herausgefunden, dass Weatherly nicht durch die Axt gestorben ist, sondern von einem scharfkantigen Rohr durchbohrt wurde und die Axt somit nur zur Vertuschung der eigentlichen Todesursache angebracht worden war. Bei einer erneuten Begehung der Örtlichkeiten finden Catherine und Ronnie Lake die Mordwaffe und den Tatort. Catherine erhält plötzlich einen Anruf von Dickie, einem Schauspieler. Er bestellt sie erneut ins Studio, damit er ihr die Wahrheit sagen kann. Doch was Catherine dort erwartet, gleicht einem Horrorfilm.
Carmen Davis wurde in ihrem Haus vergewaltigt und ermordet. Im Wohnzimmer wird die Leiche eines etwa zehnjährigen Jungen gefunden. In Boulder City wurde ein älteres Ehepaar umgebracht. Am Tatort entdecken die Ermittler einen Hammer, mit dem auch Carmen Davis und das Kind erschlagen wurden. Grissom versucht, ein verbindendes Element zwischen den beiden Verbrechen zu finden. Eile ist geboten, denn schon wieder werden zwei Menschen vermisst.
Auf dem Uni-Campus wird die Leiche von Kira Dellinger gefunden. Als die Verbindung zu einem alten Fall auftaucht, sieht Sara ihre große Chance, den mutmaßlichen Mörder Marlon West hinter Gitter zu bringen. Damals hatte, trotz erdrückender Beweislast, in letzter Minute Marlons zwölfjährige Schwester Hannah den Mord gestanden, was dazu führte, dass Marlon freigesprochen wurde. Hannah hatte Sara allerdings zu verstehen gegeben, dass sie nur ihren Bruder decke. Auch im Fall von Kira Dellinger ist die Indizienlage ziemlich eindeutig. Marlons Fingerabdrücke sind überall, und in der Faust der Toten steckt ein Zahnsplitter, der aus Marlons Mund stammt. Plötzlich tauchen erste Widersprüche auf. Bei Sara erhärtet sich der Verdacht, dass Marlon in diesem Fall unschuldig sein könnte. Sie ist sicher, dass Marlons Schwester Hannah den Mord aus Eifersucht verübt hat, um ihren Bruder für immer für sich alleine zu haben. Die Arbeit an dem Fall macht Sara noch etwas anderes klar: Sie schleppt noch Lasten aus der Vergangenheit mit sich herum. Sie schreibt Grissom einen Abschiedsbrief und verlässt die Stadt.